А в полосе наступления 9-й гвардейской армии, переданной 3-му Украинскому фронту, где 19 марта была введена в бой 6-я гвардейская танковая армия, немецкая оборона еще не была прорвана и танкисты понесли большие потери, не сумев развить высокий темп наступления. Медленное же наступление 9-й гвардейской армии во многом объяснялось тем, что все ее дивизии первый раз пошли в бой. Конечно, в составе армии был какой-то процент бойцов и командиров, имевших боевой опыт, но командиры никогда еще не руководили своими частями и подразделениями в бою, что негативно сказывалось и на взаимодействии, и на сколоченности подразделений. 3-я и 5-я танковые дивизии СС оказались под угрозой окружения. Для ликвидации советского прорыва и предотвращения окружения соединений 4-го танкового корпуса СС и всей балатонской группировки группы армий «Юг» был направлен 1-й танковый корпус СС.

21 марта после ожесточенных боев части 5-й танковой дивизии СС «Викинг» сдали Секешфехервар.

22 марта войска 3-го Украинского фронта почти закончили окружение соединений 4-го танкового корпуса СС (3-й тд СС «Мертвая голова» и 5-й тд СС «Викинг») и 6-й танковой армии СС. Было лишь 3 километра между передовыми отрядами советской 6-й гвардейской танковой армии и озером Балатон, где оставался путь отхода для немецких войск. Чтобы удержать открытым у Берхиды севернее Балатона небольшой коридор для выхода окруженных дивизий, туда была направлена 9-я танковая дивизия СС «Гогенштауфен». Понеся большие потери, она продержалась до 23 марта, чем обеспечила выход из окружения главных сил 6-й танковой армии СС и 4-го танкового корпуса СС.

Замысел Ставки заключался в том, чтобы с помощью танкистов Кравченко окружить 6-ю танковую армию СС. Однако сделать это не удалось, армия Дитриха отступила на запад через узкий коридор в 2,5–3 км в районе Фюзфо, а советские танкисты понесли большие потери и уже 2 апреля 6-ю гвардейскую танковую армию пришлось вывести из боя для пополнения. Только 20 марта 1-й танковый корпус СС заявил об уничтожении 66 советских танков. Общие же советские безвозвратные потери бронетехники в Венской операции, по официальным данным, составили 603 танка и САУ. Между тем если бы 6-я гвардейская танковая армия была введена в бой в полосе наступления 46-й армии, как это первоначально планировалось, то советские войска на этом направлении, имея втрое больше танков и САУ, продвигались бы еще быстрее и достигли еще больших успехов, наступая уже прямо на Вену. Тем более, что танковая армия была бы введена в сражение уже после прорыва обороны противника. В этом случае 6-й танковой армии СС пришлось бы спешно отступать, бросив из-за отсутствия горючего большую часть бронетехники. Вероятно, тогда и потери 6-й гвардейской танковой армии и других армий 3-го Украинского фронта были бы меньше, и Вену бы удалось взять на несколько дней раньше.

Части 6-й танковой армии СС отступали в направлении Северного Бургенланда, а затем Вены, преследуемые тремя гвардейскими армиями (6-й танковой, 4-й и 9-й), в то время как 6-я полевая армия отходила в направлении Южного Бургенланда и Штирии, преследуемая 26-й и 27-й армиями.

Тем временем 46-я армия с 2-м гвардейским механизированным и 23-м танковым корпусами, быстро продвигаясь вдоль южного берега Дуная, 28 марта овладели венгерским Комаромом, тогда как словацкий Комарно на противоположном берегу Дуная оставался у немцев. Малиновский приказал командующему 46-й армией генерал-лейтенанту А.В. Петрушевскому повернуть 23-й стрелковый корпус на север и форсировать Дунай западнее Комарно, где также высадился десант с кораблей Дунайской флотилии. Во взаимодействии с 25-м гвардейским стрелковым корпусом 7-й гвардейской армии они должны были наступать на Братиславу, которую и освободили 4 апреля.

В 12.30 2 апреля 1945 года Малиновский отправил Сталину внеочередное боевое донесение: «Доношу, войска фронта, развивая наступление на Венском направлении южнее р. Дунай — сегодня, 2 апреля 1945 г., штурмом овладели крупным узлом дорог, сильным опорным пунктом противника, важным центром авиационной и танковой промышленности городом Мадьяровар и вступили на территорию Австрии.

В боях захвачено 130 танков и более 4 000 пленных».

13 апреля такое же донесение последовало по поводу взятия города Годонин, одного из райцентров Моравии на подступах к Брно. В тот же день была освобождена Вена, в штурме которой наряду с войсками 3-го Украинского фронта также участвовала 46-я армия 2-го Украинского фронта. А 26 апреля в 17.40 Малиновский донес об овладении Брно, «центром крупнейшего военно-промышленного района», «мощным узлом обороны», «крупным узлом путей сообщения».

В этот же день Малиновский вместе с Толбухиным были награждены высшим полководческим орденом «Победа». Этой награды они были удостоены за освобождение территории Венгрии и Австрии, причем Родион Яковлевич получил орден за № 8, а Федор Иванович — за № 9. И здесь Сталин постарался подчеркнуть старшинство Малиновского.

А потом был поход на Прагу, в освобождении которой войска Малиновского участвовали вместе с войсками 1-го и 4-го Украинских фронтов. Главной задачей операции было не допустить ухода группы армий «Центр» к американцам. И эта задача была в основном выполнена.

11 мая 1945 года в 23.15 последовало последнее боевое донесение 2-го Украинского фронта. Там, в частности, говорилось:

«Войска фронта 11.5.45 года продолжали преследование противника, к исходу дня продвинулись до 50 км, заняли города Ледеч, Нетворжице, Невеклов, Быстржице, Седельчаны, Вотице, Янков, Седлец, Вышибилунец, Петровице, Боротин, Леденице, Ньем, Бенешов и на фронте Писек, Ческе Будеевице, Перг частями 9 гв. и 46 армий встретились с союзными нам американскими войсками.

По предварительным данным, 9, 10 и 11.5 захвачено 135.000 пленных, принадлежащих 13, 6, 15, 16, 19 тд, тд «Великая Германия», 46, 48, 75, 78, 96, 211, 320, 253, 154, 371, 70, 76, 357, 711 пд, 97, 8 лпд, 3, 101 гсд и различным отдельным батальонам и дивизионам. В числе пленных шесть генералов — командир 72 ак генерал-лейтенант Вернер Шмидт, командир 6 тд генерал-майор Ванденфельс, командир 76 пд генерал-майор Рернер, командир 320 пд генерал-майор Гилиан, командир аэродромного района генерал-майор Нихус, начальник штаба 440 строительного участка генерал-майор Готшильк.

По неполным данным, за 9, 10 и 11.5 захвачены трофеи: танков и СУ — 291, орудий разных калибров — 668, бронетранспортеров — 269, автомашин — 9000, самолетов — 10, лошадей — 2000, радиостанций — 12. Подсчет трофеев продолжается».

Дочь Малиновского Наталья вспоминала:

«В пятидесятилетие Победы я спросила маму: “А что было тогда 9 мая — в сорок пятом?” И услышала: “Праздник. Из Модры мы с папой поехали в Вену. Были в Венском лесу, в зоопарке. Там всех зверей сохранили!” Так я узнала, что любимая моя фотография — та, где они, кажется, безоглядно счастливы, сделана в венском зоопарке. Как много было уже позади! У мамы — блокадная зима 41-го, эвакуация в Грозный, фронт, окружение… и встреча с папой — в 1943-ем он вручал ей орден Красной Звезды. На этом снимке она еще не знает, что для них война не кончилась, что дорога к мирной жизни лежит через Хинган».