Ближайшими сотрудниками Алексея Александровича по морскому делу были управляющие Морским министерством адмиралы И. А. Шестаков (с 1882 по 1888 г.) и Н. М. Чихачёв (с 1888 по 1896 г.), сыгравшие выдающуюся роль в развитии отечественного флота.

Совершенствование системы руководства флотом при Александре III нашло своё выражение в «Положении об управлении морским ведомством» 1885 г. и «Наказе по управлению морским ведомством» 1888 г., разработанных комиссией члена совета государственного контроля вице-адмирала Жандра. Эта система учитывала замечания адмирала Шестакова и обеспечивала централизованное руководство флотом как боевой единицей. Она устанавливала управление технической частью в соответствии со значением различных специальных отраслей морского дела и строго отделяла функции управления личным составом флота от управления хозяйственной его частью.

Период управления морским ведомством и флотом Алексея Александровича при Александре III характеризуется созданием мореходного броненосного флота, сравнительно быстрым развитием артиллерийского и минно-торпедного оружия, появлением минно-тральных сил и средств и изменением тактики военно-морского флота.

Осложнение международной обстановки в связи со складыванием Тройственного союза поставило перед морским ведомством новые задачи.

Первый шаг к созданию нового броненосного флота был сделан в 1881 г., когда при Морском министерстве под председательством великого князя Алексея Александровича состоялось специальное совещание с участием военного министра и министра иностранных дел по вопросу дальнейшего развития военно-морских сил. На этом совещании были определены стратегические задачи по наращиванию морской мощи на Черноморском, Балтийском и Тихоокеанском театрах военных действий. В частности, совещание признало необходимым в случае возникновения войны на Дальнем Востоке войны с Японией или Китаем «откомандирование в воды Тихого океана эскадры из состава Балтийского и Черноморского флотов» (38 г., оп. 1, д. 35382, л. 9-11). Морское министерство тревожилось о скорейшем оборудовании Владивостока, ибо он являлся единственным военным портом открытого моря, способным стать базой крейсерских сил русского флота, и планировался использоваться для дислокации крупных эскадр, перебрасываемых сюда при необходимости с запада. Пока же корабли эскадры Тихого океана, состав которой менялся от условий военно-политической обстановки, вынуждены были проводить большую часть года в зарубежных портах, даже стран — потенциальных наших противников. В 1888 г. на тихоокеанской эскадре компетентная комиссия, председателем которой являлся капитан 1-го ранга С. О. Макаров, а в числе членов были капитаны 1-го ранга Н. И. Скрыдлов и Ф. К. Авелан, выработала план действий на случай войны. В то же время комиссия пришла к выводу, что порт Владивосток из-за своей неподготовленности не в состоянии снабдить целиком ни один корабль. К сожалению, своевременных мер по укреплению флота в этом регионе принято не было (см. 369, 2002 г., № 9, с. 48—49).

В отличие от 60-70-х гг., когда в России создавался оборонительный флот, в начале 80-х гг. было решено строить мощный мореходный флот, способный вести активные наступательные действия. При этом броненосный флот по своей силе должен был превосходить на Балтике германский, а на Чёрном море турецкий флот. В соответствии с поставленными задачами Морским министерством была разработана обширная кораблестроительная программа, рассчитанная на 20 лет (1881-1900 гг.), утверждённая 20 мая 1882 г. Она предусматривала создание 217 боевых кораблей, в том числе 26 броненосцев, 32 крейсеров 1 и 2 рангов, 28 канонерских лодок и 131 миноносца (38 г., оп. 1, д. 14788, л. 38—40). Реализация этой программы началась в 1883 г., когда на верфях С. — Петербурга были заложены для Балтийского флота броненосец и два крейсера, а на верфях Николаева и Севастополя — три броненосца и четыре миноносца для Черноморского флота.

Казалось, дело воссоздания Черноморского флота шло быстро. Неслучайно в 1888 г. при посещении Александром III Кавказа на новороссийском рейде уже находились 2 новопостроенных броненосца, 5 броненосных канонерских лодок, 1 крейсер и 2 парохода — целый строй первенцев возрождающегося флота. Александра III не мог не порадовать этот успех, что было вскоре отмечено в высочайшем приказе № 233 от 15 октября 1888 г. на имя генерал-адмирала. «… В настоящее пребывание моё на юге, — говорилось в этом документе, — я убедился, что воля моя иметь там флот приводится в исполнение под руководством Вашим с настойчивостью и успехом. Я не мог без истинной радости смотреть на целую эскадру боевых судов, готовую стоять за права наши на Чёрном море. Труды по сооружению флота признательно оценят вместе со мной все, кому дороги честь, значение и спокойствие Отечества» (198а, с. 219).

В связи с тем, что Германия опережала Россию по наращиванию морской мощи, намеченная программа по строительству флота несколько раз корректировалась. Наиболее существенные поправки были внесены в 1885 и 1895 гг. Так в 1885 г. по предложению начальника Главного морского штаба адмирала Чихачёва было решено ускорить строительство минного флота (миноносцев, эскадренных миноносцев и минных крейсеров) за счёт некоторого сокращения численности запланированных к постройке броненосцев. Важным этапом в развитии русского судостроения стал спуск на воду в 1891 г. броненосного корабля «Наварин». В его создании участвовали крупные судостроители того времени корабельные инженеры В. В. Максимов, Г. А. Тучков, В. К. Берг и П. А. Титов. В последующем «Наварин» стал своего рода эталоном при создании броненосного флота России. Удачное расположение артиллерии главного калибра в носовой и кормовой башнях, прикрытие всех главных механизмов и артиллерийских погребов броневой цитаделью, установка броневых казематов для артиллерии среднего калибра — всё это стало классической схемой при строительстве броненосцев. К 1894 г. по судостроительной программе 1881 г. было построено 114 боевых кораблей, из них 17 броненосцев, 10 броненосных и неброненосных мореходных канонерских лодок, 8 минных крейсеров, 3 императорские яхты, 7 транспортов (за исключением транспорта «Якут», купленного в Англии), 3 учебных судна, 3 ледокола и 49 миноносцев (198, с. 89—90).

В то же время продолжались работы по созданию подводного корабля, способного вести боевые действия на море. Следует напомнить, что наиболее совершенная для того времени лодка была построена ещё в 1866 г. по проекту И. А. Александровского. Она имела следующие размеры: длина — около 33 М., наибольшая ширина — 4 М., высота — 3,6 М., водоизмещение 335 т. В качестве двигателя использовалась машина, работавшая на сжатом воздухе, хранившемся в баллонах. Хотя проведённые испытания в Финском заливе прошли успешно, однако Морское министерство, скептически относившееся к идее создания подводного флота, не выделило изобретателю средств для продолжения работ над её усовершенствованием. Значительный вклад в создание подводных лодок внёс С. К. Джевецкий, по проекту которого в 1879 г. были построены и испытаны две подводные лодки (одноместная и четырёхместная), вооружённые минными аппаратами и приводимые в движение мускульной силой человека через ножной привод. На второй ПЛ был впервые применён перископ. После одобрения Александра III, было построено 50 ПЛ конструкции этого инженера. В 1884 г. Джевецкий создал первую в мире ПЛ с электрическим двигателем, работающим от аккумуляторов.