Первым в программе «в области демократизации государственной и общественной жизни» стояла задача: «осудить массовые репрессии периода культа личности (в Эстонии в 1941 и 1949 годах) как преступления против человечности». (Вопрос о депортациях постоянно использовался в пропаганде Запада на Прибалтику.) Особо оговаривалась необходимость для Эстонии и других республик «иметь… свои представительства в соседних странах и государствах с многочисленной эмиграцией (имея в виду эмигрантов этой национальности)». Программа предусматривала «определить статус общественных организаций и других форм проявления гражданской инициативы», установления «гарантий их участия в разработке политического курса и управления общественными и государственными делами». Программа требовала «шире привлекать их к разработке и осуществлению важных государственных решений».

Руководство Компартии Эстонии делало вид, будто не видит противоречий между «ленинизмом» и программами Народного фронта Эстонии и других организаций. Как показали дальнейшие события, под покровом «восстановления ленинских норм» выдвигались требования, отвечавшие планам отделения Эстонии от СССР.

Однако на партийной конференции выступление Вяляса, его меморандум, так же как и речи Пуго и Сонгайло, не привлекли особого внимания многих из миллионов советских людей, которые в те дни напряженно следили за ее работой. Гораздо больше внимания привлекли события вокруг конфликта между Б.Н. Ельциным и остальными членами Политбюро. А выступление Вяляса запомнилось скорее тем, что первый секретарь ЦК Компартии Эстонии поддержал критику Ельцина, рассказав о его некорректном поведении во время поездки в Никарагуа, где некоторое время работал Вяляс. Никто на конференции не попытался обратить внимание на сходство различных положений меморандума, представленного делегацией Эстонии, с давнишними требованиями, выдвигавшимися эмигрантами и их западными покровителями. (Разница была лишь в том, что последние не прикрывали свои требования выхода из Эстонии фразами о «восстановлении ленинских норм».)

Вскоре стало ясно, что такое невнимание центрального руководства партии или, во всяком случае, его наиболее влиятельных деятелей объяснялось их сознательным попустительством национал-сепаратистским тенденциям в Прибалтике. В ходе своей поездки в Прибалтику член Политбюро и секретарь ЦК КПСС А.Я. Яковлев летом 1988 года и состоявшихся там его бесед с партийными руководителями и интеллигенцией, по сути, открыл «зеленую улицу» курсу на выход Эстонии, Латвии и Литвы из СССР. В своих публичных выступлениях в Риге и Вильнюсе, опубликованных в газетах «Советская Латвия» и «Советская Литва», Яковлев недвусмысленно осудил недавнее заявление Е.К. Лигачева, который сказал: «Мы исходим из классового характера международных отношений… Иная постановка вопроса вносит лишь сумятицу в сознание советских людей и наших друзей за рубежом». Публичное осуждение того, что еще недавно считалось аксиомой советской идеологии, означало отказ от непримиримой борьбы с идейно-политической кампанией, которую страны Запада при помощи выходцев из Прибалтики вели в течение десятков лет против Советской власти в Эстонии, Латвии и Литве. Одновременно в ходе своих бесед Яковлев дал понять, что надо поддерживать неформальные общественные движения вне зависимости от их идейно-политической ориентации. Во время своего пребывания в Риге, как свидетельствует М.Ю. Крысин, А.Н. Яковлев назвал осуждение националистических настроений «аморальным».

Такая позиция Яковлева отвечала его идейным убеждениям, которые он до поры до времени тщательно скрывал, публично выступая как борец против антикоммунизма и автор резко антиамериканской книги «От Трумэна до Рейгана». Зная его ближе, тогдашний председатель КГБ СССР и член Политбюро В.А. Крючков вспоминал: «Яковлев не воспринимал Союз, считал нашу страну империей, в которой союзные республики были лишены каких бы то ни было свобод. К России он относился без тени почтения, я никогда не слышал от него ни одного доброго слова о русском народе… Я ни разу не слышал от Яковлева теплого слова о Родине, не замечал, чтобы он чем-то гордился, к примеру, нашей победой в Великой Отечественной войне… Видимо, стремление разрушать, развенчивать все и вся брало верх над справедливостью, самыми естественными человеческими чувствами, над элементарной порядочностью по отношению к Родине и собственному народу… Именно Яковлев сыграл едва ли не решающую роль в дестабилизации обстановки в Прибалтике… В прибалтийских республиках он всячески поддерживал националистические, сепаратистские настроения, однозначно поддерживал тенденции на их отделение».

В своих взглядах Яковлев был не одинок. Как свидетельствовал в своих воспоминаниях помощник М.С. Горбачева A.C. Черняев, он попытался подтолкнуть Генерального секретаря ЦК КПСС к более решительной поддержке Яковлева. Хотя тогда Горбачев, к неудовольствию Черняева, воздержался от открытого выступления на стороне Яковлева, он и не осудил его заявления.

В дальнейшем, стараясь добиться изменения оценки советско-германского договора о ненападении 1939 года, Черняев осуждал подготовленную для публикации в «Правде» статью, в которой излагалась обычная оценка этого договора. Черняев же требовал снять эту статью или же написать иную «в рамках нашей линии на разоблачение ошибок и просчетов Сталина». Черняев считал необходимым дать возможность представителям Прибалтики освещать этот вопрос. Он писал: «Самое главное — прибалтийская сторона вопроса…Надо предоставить возможность разобраться зо всем том, что касается Прибалтики, самим прибалтам.

Должны поработать — и они уже работают — прибалтийские общественники, литераторы, историки, партийцы». Как утверждал Черняев, «Горбачев со мной согласился». Он «согласился со мной, что договор 23 августа порочен в принципе и принес нам только беду и вред».

Статья, вызвавшая осуждение Черняева и Горбачева, была опубликована в «Правде» 1 августа, и это было расценено им как «победа лигачевской линии». Однако было очевидно, что высший руководитель страны и его помощник уже летом 1988 года были готовы поддержать атаку на договор 1939 года, который уже полвека служил для антисоветской эмиграции объектом нападок и поводом для заявлений о незаконности вступления трех республик в СССР.

Тем временем очередная годовщина советско-германского договора 1939 года была использована новыми общественными движениями для заявлений на митингах о том, что вступление трех республик в СССР было осуществлено в соответствии с этим договором. Получив поощрение из Москвы, национал-сепаратистские силы становились все активнее и уже не скрывали своих намерений о выходе из СССР. Это проявилось в ходе учредительного съезда Народного фронта Латвии 8–9 октября 1988 года. Органом фронта стала газета «Атмода» («Пробуждение»), развернувшая шумную националистическую пропаганду.

Рост антисоветских и националистических настроений проявился в ходе посещения трех прибалтийских республик членами Политбюро Чебриковым, Слюньковым и Медведевым осенью 1988 года. По воспоминаниям Черняева, вернувшись в Москву, они возмущались антисоветскими выпадами в их адрес. «Все трое — в ужасе, — писал Черняев. — Днем и ночью дома, где они жили, осаждались пикетчиками. Плакаты: «Русские, убирайтесь вон!», «КГБ, МВД, Советская Армия — в Москву!», «Долой диктатуру Москвы», «Немедленный выход из СССР!», «Полный суверенитет!» и т. п. Интеллигенты в беседах лицом к лицу говорили разумные вещи, а на митингах те же люди в тот же день в присутствии Медведева, Слюнькова, Чебрикова, с которыми они только что беседовали, выкрикивали прямо противоположное в духе этих самых плакатов». В беседе с Горбачевым Черняев говорил: «Дело далеко зашло, раз даже знаменитая, любимая всей страной народная артистка СССР Артмане публично говорит о «40-летней оккупации Латвии».