В том же году басмаческая банда М. Фузаила ворвалась в таджикский город Гарм. По приказу Дыбенеко из Душанбе на пяти самолетах в окрестности Гарма был переброшен отряд РККА под командой комбрига Т.Шапкина, выбивший банду из города. Это был первый опыт десантирования в Красной Армии. Тогда же басмачи захватили узбекский город Тахта-Купыр, учинив погром советских учреждений. Через два часа басмачи были выбиты из города отрядом РККА под командованием командира 6-го стрелкового корпуса И.К. Грязнова. Для последующей борьбы с басмачеством в этом районе были в полном составе привлечены части 2-й Туркестанской дивизии. В Узбекистане в результате успешной боевой операции, проведенной 62-го кавдивизионом в Тахта-Купырском районе, были ликвидированы басмаческие отряды П. Волыса, А. Кассаба и Гафарова. А в Кзыл-Аджарском районе произошел кавалерийский бой Ферганского кавдивизиона М. Маслова с басмаческой бандой Мадумара. Месяцем позднее тот же Ферганского кавдивизион М.Маслова уничтожил басмаческую банду Истам-бека в районе высот Ксинен-Тюбе.

В 1930 году состоялся успешный бой кавалерийского взвода РККА комэска Ахметова с басмачами С.Шайтана у колодца Чашме. В июне 1930 года для усиления погранохраны на реке Пяндж у города Термез прибыл эскадрон 81-го кавполка. В том же месяце произошел бой Ташкентского кавполка с басмаческой бандой Ады-Ходжаева в ущелье Баляулы. Тогда же части РККА с пограничниками, при поддержке авиации, сорвали попытку массовой эмиграции туркмен в Афганистан. Убито 90 человек, захвачено 258 человек. В октябре того же года части Красной Армии и пограничники при поддержке авиации РККА отразили попытку басмачей прорваться из Афганистана в Туркмению.

В апреле 1931 года на территории Таджикистана произошел бой эскадрона 79-го кавполка с басмачами Ибрагим-бека. После нескольких часов боя в окружении, эскадрон был спасен подходом основных сил 7-й отдельной кавбригады САВО. Месяцем позднее на территории Туркмении произошел бой отряда комэска Мелькумова с басмачами М. Али у колодца Куртыш. В мае 1931 года отряд пограничников и Туркменского полка разгромил басмаческую группировку Ораз-Гельды в Туркмении.

В ходе боев с басмачами только за период 20 марта по 2 июня 1931 года потери САВО составили 106 человек убитыми, 90 ранеными. Басмачи потеряли 1224 человек убитыми, 75 пленными, добровольно сдалось 314.

В июне 1931 года, по приказу командующего Туркменской группой войск САВО комдива А.Я. Мелькумова, комбинированными действиями конницы и пехоты из районов Кизил-Арвата, Казанджика, Джебела, Ташауза и авиацией нанесен удар по основным группировкам басмачей, расположенным на колодцах Орта-Кую, Геоклен-Куюсы, Коймат, ликвидированы банды в Кара-Кумских песках.

17 октября 193 Иода войска САВО начали общее наступление против басмаческих банд в Бахарденском, Куня-Ургенчском и Тахтинском районах Туркмении. В декабре 1931 года сводный отряд САВО вышел в пустыню Кара-Кум для ликвидации басмаческой банды Ахмет-бека. 17 декабря 1931 года в бою с басмачами погиб член Среднеазиатского бюро ЦК РКП (б) А. Соколов. 20 декабря 1931 года произошел бой сводного отряда с басмачами Ахмед-бека в туркменской пустыне Кара-Кум.

Новый 1932 год, так же начался с интенсивных боевых действий. Уже 17 января отряд ОГПУ совместно с эскадроном 84-го кавполка РККА схлестнулись с басмачами Ахмед-бека в районе Хивинской дороги между туркменскими кишлаками Хан-Кую и Эшак-Ангран. В бою погиб командир отряда ОГПУ Яровой. А спустя каких-то два дня части 82-го кавдивизиона войск ОГПУ, эскадроны 84-го кавалерийского полка и 8кавалерийская бригада РККА при поддержке авиации окончательно разгромили басмаческую банду Ахмед-бека. Раненому Ахмед-беку с небольшой группой басмачей удалось скрыться. Одновременно войска ОГПУ и части САВО приступили к проведению новой чекистско-войсковой операции по ликвидации басмачества в Северных Кара-Кумах и Каракалпакии.

В январе 1933 года на территории Байсунского района Узбекистана появилась басмаческая банда Утан-бека. На ликвидацию басмаческой банды Утан-бека выступил кавалерийский взвод РККА под командованием Алтыкбаева. 18 апреля 1933 года произошел бой кавалерийского дивизиона РККА комэска Краснощекова с крупной басмаческой бандой Е. Клыча. В апреле того де года объединенная басмаческая банда Д. Мурта и Ахмет-бека взяла поселок Нефес-Кую. Состоялся бой басмаческой банды с отрядом РККА комэска Ермоленко в районе селения Бала-Ишема. 11 апреля 1933 года войсками САВО западнее поселка Нефес-Кую захвачен басмаческий караван с оружием, посланный из Персии Джунаид-ханом курбаши Д.Мурту. Басмачи, бросив караван, бежали в Казахстан. В апреле того же года басмаческая банда А.Вали прорвалась через железную дорогу в районе туркестанской станции Ачха-Куйма и направилась к границе с Персией. Для преследования банды были брошены кавдивизионы Павлова и Краснощекова.

За период марта-апреля 1933 в боях с советскими частями басмачи Д.Мурта и Ахмед-бека потеряли 50 чел. Авиаразведкой РККА в 50 км северо-восточнее Серного завода обнаружена банда казахских басмачей.

В мае 1933 года состоялся встречный кавалерийский бой отряда 11-го кавалерийского полка с басмаческой бандой Д.Мурта, укрепившейся на колодце Докуз-Аджи в песках Туркестана. Спустя месяц там же в Туркестане войсками САВО и пограничниками полностью ликвидирована многочисленная басмаческая банда Ораз-Бала

Помимо боевых действий против профессионально подготовленных отрядов басмачей, красноармейцы САВО постоянно привлекались и для крестьянских мятежей. И если заниматься организацией перехватов и преследований хитрых и стремительных басмачей Павел Ефимович не любил и обычно перепоручал эти дела своим заместителям, то к крестьянским восстаниям у него было отношение самое трепетное. Тут уж он по праву считался одним из лучших специалистов. А крестьянских мятежей хватало с избытком!

Уже вскоре после назначения Дыбенко на должность командующего САВО, в сентябре — октябрь 1929 года произошло восстание дехкан в Каракалпаки, вошедшее в историю как Тахта-Купырское восстание 1929 года. Его Павел Ефимович подавил с показательной жестокостью. Однако это мало помогло. В том же сентябре вспыхнул мятеж в Ходжикенте, а месяц спустя началось масштабное Батпаккаринское восстание. Не принес умиротворения в сельских районах и следующий 1930 год. Уже в феврале вспыхнуло восстание крестьян в селении Созак Сырдарьинского округа. Поводом для него стало сооружение в районе нескольких концентрационных лагерей для раскулаченных и их родственников.

Одновременно поднялся и Восточный Казахстан. Здесь взялись за вилы и топоры уже русские крестьяне сел Кондратьевка, Васильевка, Зубовка Усть-Каменогорского района, Крестовка и Березовка Зыряновского района. Повстанцы выдвинули лозунг "Долой Советскую власть, да здравствует свободный труд!". За несколько дней к восставшим присоединились все соседние села. Восточно-казахстанское восстание было подавлено так же с особой жестокостью. Одновременно с Восточным Казахстаном поднялся и Сарысуйский район уже на юге Казахстана.

Весна 1930 года ознаменовалась для Дыбенко борьбой с сарбазскими повстанцами. В апреле казахские повстанцы взяли южнее Орска поселок Жайылма. Повсюду восставшие сарбазы громили сельсоветы, уничтожали документацию, срывали хлебозаготовкам, распускали колхозы. 14 апреля произошло крупное сражение с казахскими повстанцами у селения Иргиз. Части 8-й кавалерийской дивизии в конном бою рассеяли казахских повстанцев, которые оторвавшись от преследования, вскоре вновь объединились. В конце месяца части 8-й кавалерийской дивизии окончательно разгромили казахский отряд хана Айжаркына и М. Саматова. Весной 1930 года выступления против коллективизации имело место в Каратальском районе (к северу от Алма-Аты). Здесь после подавления восстания частями ОГПУ и САВО, казахи начали массовую откочевку в Китай. По данным ОГПУ в Казахстане на тот момент действовало 82 повстанческих отрядов численностью более двух тысяч человек.