«Между прочим, я посетил моих давнишних друзей в Берлине. Одному из них я показал эскиз моего нового аппарата, объяснил ему действие прибора и просил никому не рассказывать об этом до тех пор, когда я сам издам его описание. В момент моего ухода вошел господин Сименс, который тогда, если я не ошибаюсь, носил еще форму прусского артиллерийского офицера и который, насколько мне известно, в то время еще не занимался телеграфами… Мой рисунок оставался на столе. Я передаю лишь факт, не обвиняя никого в плагиате. Известно, что телеграф с синхронным движением составил славу и богатство г. Сименса»

Сименс же, использовавший идею Якоби, с гордостью писал своему брату Вильгельму: «Своим изобретением я сделал большой шаг вперед. Возможно, мне удастся взять на себя сооружение государственного телеграфа».

Последней работой Якоби в сфере конструирования телеграфных аппаратов стало изобретение первого в мире корабельного электромагнитного телеграфа, который служил для связи между капитаном и машинистом парохода. Впервые такой телеграф был установлен на паровом фрегате «Полкан» в 1855 году, однако до наших дней конструкция не дошла и узнать о ней стало возможным только после кончины Николая I, после чего запрет на публикацию описаний телеграфов Якоби был отменен.

Сам ученый так прокомментирует в 1857 году свою работу в области телеграфии: «Я даже не вынес из этой работы чувства удовлетворения побежденных затруднений. Так что о всевозможных усилиях и заботах, вложенных мною в эти работы, я вспоминаю только с горечью. В значительной степени причиною этих неудач были различные обстоятельства, побороть которые мне не удалось и которые лишили меня плодов многолетних моих трудов».

Сотрудничество Б. С. Якоби с правительством продолжалось: в условиях строжайшей секретности ученый совместно с группой опытных саперов приступил к работе над совершенствованием электроминной техники. Распоряжение разработать «гальванический снаряд для воспламенения мин» поступило напрямую от Николая I с таким комментарием: «А как все произведенные доныне по сему предмету действия и испытания по высочайшему повелению хранятся в тайне, то вменяю вам в обязанность прекратить производимые вами в присутствии посторонних лиц опыты сего рода, относящиеся к военному употреблению». Слова эти связаны с тем, что помещение в Петропавловской крепости, отведенное Якоби для его разработок, оказалось слишком мало и часть опытов ученый проводил в городской мастерской, которая была организована им ранее для опытов с электродвигателями. В 1840 году Борису Семёновичу сообщили, что «для помещения секретной мастерской гальванических проводников и команды при оной отведены казематы верхнего этажа левой половины Петропавловской куртины с приспособлением кухни в казематах аппарели бастиона Петра II».

В 1812 году предшественник и наставник Якоби П. Л. Шиллинг впервые успешно произвел взрыв подводной мины. Однако его разработка не вызвала интереса у руководителей морского ведомства. Ученый предполагал, что его изобретение может быть использовано как морскими, так и сухопутными войсками для разрушения мостов и т. п. Уже после смерти Шиллинга в разработке было найдено множество недостатков: в первую очередь было необходимо довести надежность источников электрического питания и гальванических проводов до состояния, удовлетворявшего требования полевых условий; требовали усовершенствования электрические запалы. Решение этих проблем и стало задачей Б. С. Якоби, а также составление подробной инструкции для войск, в которой излагались бы правила использования гальванических снарядов.

5 октября 1839 года К. А. Шильдер, возглавлявший саперные подразделения, поднял вопрос о создании Комитета о подводных опытах с целью привлечения ученых и морское ведомство к реализации своей идеи об активной морской обороне. В комитет, кроме Б. С. Якоби и многие годы сотрудничавшего с ним П. Г. Соболевского, вошли генералы А. А. Саблуков и П. А. Витовтов, а также контр-адмирал Н. Г. Казин. Возглавил комитет генерал-лейтенант П. А. Козен. Наблюдателем был допущен, как ни странно, активный противник идеи подводного минирования капитан I ранга П. Е. Чистяков, а в качестве секретаря назначен инженер-капитан П. Н. Загоскин. К. А. Шильдер работал и над вопросами подводного плавания, поэтому данные исследования также были важны для ведомства. В итоге научная организация, которой была поручена работа в вышеуказанных сферах, получила название «Высочайше утвержденный Комитет о подводных опытах», в задачи которого, как можно увидеть в архиве академии наук, входило:

«1) Усовершенствование устройства подводных мин, исследование силы действия их на тела, плавающие и погруженные на дно, равно как и усовершенствование устройства гальванических снарядов.

2) Исследование употребления и действия ракет, в применении их к морскому делу и преимущественно обороне портов.

3) Изыскание удобнейшей конструкции плотов для действия ракет, в применении их к морскому делу и преимущественно к обороне портов.

4) Испытание пользы употребления и действия подводной лодки и определение наилучшей для нее конструкции.

5) Удостоверение в полезном содействии парохода «Отважность» при употреблении вышеизложенных средств, служащих к обороне портов, изыскав средства к усовершенствованию его конструкции и механизма».

Именно первым пунктом из приведенного списка занялся Борис Семёнович. О своих разработках мин он писал в секретном донесении начальнику штаба генералу-инспектору по инженерной части А. К. Геруа: «Для воспламенения пороха употребляются у нас два совершенно различных способа. Первый основан на раскаливании угольков, второй – на раскаливании проволоки. Барон Шиллинг первый оказал великую заслугу, дав уголькам такую форму и устройство, что они могут быть употреблены для этой цели. Весьма остроумное его изобретение относительно установки угольков доставило возможность воспламенять порох почти на всяком произвольном расстоянии, что прежде даже теоретически считалось невозможным. Способ этот совершенно неизвестен за границей и весьма желательно, чтобы он сохранился в тайне».

Первое заседание комитета состоялось 1 ноября 1839 года, однако надежды Шильдера не оправдались в полной мере: об опытах в области разработок средств в минной обороне в принятой программе даже не упоминается. Активно обсуждался только вопрос о подводных минах и, хотя представители морского ведомства высказались против перспектив в этой области, большинство представителей комитета поддержали программу опытов над данными разработками, руководство которой было поручено Якоби. Обеспечением программы денежными средствами, необходимыми материалами и персоналом из числа саперных офицеров занялся Витовтов.

9 марта 1840 года Борис Семёнович представил комитету на рассмотрение «две модели улучшенной им гальванической батареи, соответственно для военной цели приспособленной». Результаты испытаний удовлетворили комитет, а батареи были рекомендованы для дальнейших опытов. Однако морское ведомство вновь высказало свои сомнения и вполне справедливые: в реальных условиях, в случае если разведывательное судно наткнется на разработанную Якоби мину, все следующие за ним судна пройдут беспрепятственно, так как заминированное место будет обезврежено. Якоби стал активно работать над идеей расположения мин друг за другом так, чтобы в результате их поочередного действия не только первый, но и все следующие за ним корабли были поражены. Кроме того, ученый стал проводить исследования над тем, каково должно быть оптимальное количество пороха в мине и какой материал для изготовления ее корпуса лучше использовать.