Помимо занятий в лаборатории, Борису Семёновичу вновь пришлось выступать в роли лектора. В связи с тем, что пехотные мины уже были поставлены на табельное снабжение армии, возникла необходимость в производстве крупных партий нового оружия, а значит, и в подготовленных кадрах, которые это производство будут осуществлять. 16 января 1840 года была сформирована Особая учебная команда «для теоретического обучения гальванизму и способам применения его в военном употреблении», в состав которой входили один поручик, унтер-офицер и два рядовых от каждого батальона или бригады.

Ноябрь 1841 года стал месяцем подведения итогов работы комитета. П. Е. Чистяков, изначально негативно настроенный к проводимым Якоби опытам, выразил свое крайне отрицательное отношение. Поскольку из-за постоянных разногласий каждому члену комитета было предложено сформулировать свое мнение в письменном виде – до нас дошла запись, что он «оборону порта посредством заграждения фарватера минами полагает вовсе невозможной по ценности, по многосложности и неудобоисполнимости этой операции». Поддержку же Якоби обрел среди генералов Козена, Шильдера, Саблукова и Витовтова.

Борис Семёнович высказал и собственное мнение, отметив, что, несмотря на многие неразрешенные вопросы, в ходе опытов удалось доказать главное: «можно зажечь подводную мину на столь дальнее расстояние, какое в практике никогда не потребуется, и что сие зажигание никаким по сие время употребляемым способом произвести нельзя было». Кроме того, ученый твердо верил, что последующие опыты поспособствуют совершенствованию изоляции конструкций, что повысит надежность технологии.

В июне 1842 года Якоби подтвердил свою веру в изобретение эффектным испытанием системы мин, образовавшей минное поле, на которое был спущен бот, разлетевшийся в щепки после активирования оружия. Скептически настроенные свидетели опыта отметили, что поскольку испытание проводилось непосредственно перед наблюдателем, то определить момент прохождения вражеского судна над минным полем не составляло труда, а значит, и ток в запалы мин был послан в нужное время, что не будет возможным в реальных условиях.

Борис Семёнович воспринял критику как руководство к действию: ученый изготовил мину с взрывательным устройством и дал название пиротехнической. Но здесь перед Якоби встала новая проблема: действие такой мины зависело от силы и точности столкновения вражеского судна с ней. Впоследствии ученый усовершенствовал гальваническую мину с помощью ртутного соединителя, сообщившего ей более высокую чувствительность к удару вражеского судна. А это значит, что такое оружие могло быть использовано в достаточном удалении от берега без специального наблюдения за движением вражеского судна.

Якоби, работая над минами, неожиданно сделал и первые шаги в области автоматической сигнализации и контроля. Ученый создал телеграфическую мину, лишенную порохового заряда и служившую исключительно для исследования действия ртутного соединителя. Создавалась гальваническая цепь из источника тока, ртутного соединителя и запала, в которую с берега включался телеграфный аппарат. Якоби писал: «Таким образом, всякое действие, которое произвело бы прохождение наших судов через наши подводные линии, или все разрушительные действия, которым бы подвергался неприятельский флот, осмелившийся пройти через эти линии, все эти действия обнаруживались бы нами не взрывами, а телеграфическими знаками на избранных для того наблюдательных постах».

Подводные опыты были невероятно успешны: генерал-инспектор инженерной части А. Геруа написал Якоби письмо, в котором сообщал, что правительство хотело бы приобрести в свою собственность все изобретения ученого в сфере электроминной техники и военной электротелеграфии. Борис Семёнович предоставил армии и флоту свои изобретения безвозмездно, продолжая свои секретные работы в вышеуказанных направлениях. Так, в 1842 году им был сконструирован магнитоэлектрический генератор, которому ученый дал название электромагнитной батареи. Данное изобретение стало более надежным источником энергии, чем гальваническая батарея. Кроме того, Якоби активно исследовал электрическую проводимость воды и земли. Проводимые ранее опыты в этой области привели предшественников Бориса Семёновича к заблуждению, что с увеличением расстояния проводимость начинает уменьшаться. Целью Якоби стал поиск максимального расстояния, на котором морская вода или сырая земля заменили бы второй провод электрической цепи. «Сырая земля так же хорошо, как и вода, пригодна для действия в качестве проводной цепи даже на самые дальние расстояния, – писал Борис Семёнович в 1843 году после серии успешных исследований, – что вполне доказано измерительными опытами над царскосельским проводом, выяснившими на практике возможность совсем обойтись без целой половины проводной цепи, возложив бремя другой половины этой телеграфной службы на мать сыру землю».

Все вышеперечисленные работы Б. С. Якоби являлись совершенно секретными, их описание не появлялось ни в каких печатных источниках. Это вызвало несколько казусов. Во-первых, 31 января 1842 года академики М. В. Остроградский, П. Н. Фусс, В. Я. Струве и Э. Х. Ленц представили физико-математическому отделению Петербургской академии наук кандидатуру Якоби для избрания в экстраординарные академики. Но гениальный ученый не был избран: не хватило одного голоса. Сторонники Бориса Семёновича посчитали, что Якоби не был избран только из-за того, что его достижения были изложены Общему собранию слишком кратко. И действительно: работ ученого, о которых можно было рассказать в академии, оставалось не так уж много. После того как физико-математическое отделение внесло на Общем собрании академии разъяснения о заслугах Якоби, 12 июня 1842 года Борис Семёнович был утвержден в звании экстраординарного академика по части прикладной математики. Позднее, в 1846 году, ученый был утвержден и в качестве ординарного академика по технологии и прикладной химии.

Кроме того, из-за секретности, окружавшей изобретения Якоби, в его жизни вновь остро встала проблема оспаривания другими учеными его приоритета в создании определенных разработок. Так, К. Штейнгель приписывал себе первенство в открытии электропроводимости земли. И только когда Борис Семёнович предъявил физико-математическому отделению академии определенные выдержки из протоколов, письма и статьи, его признали первым, открывшим электропроводимость воды и земли на большие расстояния в реальных условиях эксплуатации.

В целом разработки Якоби оказались так ценны, что комитет получил указ о проведении окончательного представления опытов над подводными минами и последующей передачи данной технологии морскому министерству. Однако, как увидим далее, определенные события не только помешали дальнейшему развитию данной области, но и отвлекли ученого Якоби от научной деятельности в целом.

При этом доподлинно известно, что мины, установленные Якоби, сыграли значимую роль в защите Кронштадта от нападения неприятельского флота. В своей автобиографии, изложенной в цитированной записке министру финансов 1872 года, Якоби писал:

«У нас в России, гораздо ранее, чем где бы то ни было, было обращено внимание на громадные вспомогательные средства, которые может доставить применение гальванизма и электромагнетизма в деле обороны крепостей и в телеграфном деле. Знакомый со всеми достигнутыми в этом отношении наукою успехами и снабженный результатами собственного исследования и опыта, нижеподписавшийся мог серьезным образом воспользоваться наследием барона Шиллинга. При содействии отличных сотрудников нижеподписавшемуся удалось известные применения гальванизма к этому делу усовершенствовать практически настолько, что применения эти сделались предметом особой организованной отрасли военной службы… Усовершенствования дали возможность употребить эти гальванические торпедо под управлением нижеподписавшегося при блокаде Кронштадта 1854–1856 годах и тем воспрепятствовать приближению неприятельского союзного флота, предупредив таким образом бомбардирование Кронштадта и могущие произойти от того важные потери и повреждения».