До той поры деятельный и энергичный, Годунов в конце жизни все чаще устранялся от дел. Он практически не покидал дворца и не показывался народу. Позади было то время, когда царь Борис благотворил сирым и убогим, помогал им найти справедливость и управу на сильных. Теперь он показывался на людях лишь по великим праздникам, а когда челобитчики пытались передать ему свои жалобы, их разгоняли палками. Неудачи во внутренней политике подстегивали подозрительность, столь чуждую Годунову в прежние времена. Он совсем перестал доверять своим приближенным, подозревал в интригах своих придворных и все чаще обращался за советами к прорицателям и юродивым. Один из членов польского посольства в Москве в 1600 году писал: «Годунов полон чар и без чародеек ничего не предпринимает, даже самого малого, живет их советами и наукой, их слушает…» Однажды царь пригласил в Москву некоего астролога, ливонского немца, и попросил составить ему гороскоп. Немец порекомендовал Годунову «хорошенько открыть глаза и поглядеть, кому же он оказывает доверие, крепко стеречь рубежи». Борис обращался к известной в тем времена в Москве юродивой Олене, и она предсказала ему скорую смерть. Английские послы, видевшие Годунова в последние месяцы его жизни, отмечали многие странности в его характере. Будучи сказочно богат, Борис стал выказывать скупость в сущих мелочах. Живя отшельником в кремлевском дворце, государь иногда покидал хоромы, чтобы лично проверить, закрыты ли и запечатаны входы в погреба и в кладовые для съестных припасов. По словам современников, скупость существенно влияла на его популярность. Многие признаки в поведении Бориса указывали на его преждевременно наступившее одряхление. На торжественной аудиенции во дворце в честь посла английского короля Якова I Годунов, говоря о почившей королеве Елизавете, разрыдался.

В конце жизни государь, беспокоясь о будущем сына, постоянно держал его при себе и крайне неохотно отказывался от его присутствия. Один из ученых иностранцев попытался втолковать Годунову, что ради нормального развития царевича и просвещения его ума ему надо предоставлять некоторую свободу и самостоятельность в занятиях. Однако Борис о подобном и слышать не хотел, говоря, что «один сын – все равно что ни одного сына» и он не может и на секунду с ним расстаться.

В последние дни Годунова более всего мучили два вопроса. Будучи уверенным, что младший сын Грозного мертв, Борис иногда впадал в сомнение, «…почти лишался рассудка и не знал, верить ли ему, что Дмитрий жив или что он умер». Второй же вопрос заключался в том, достоин ли он того, чтобы душа его после смерти вознеслась в Царство Небесное. По этому поводу он советовался и со своим духовником, и с учеными немцами. Не обращая внимания на различие вер, Борис умолял их, «чтобы они за него молились, да сподобится он вечного блаженства». После подобных бесед Годунов нередко приходил к мысли, что для него в будущей жизни нет блаженства. Под влиянием неудач последних лет и тяжелой болезни царь все чаще находился в состоянии апатии и уныния. Физические и умственные силы его быстро угасали.

Слух о том, что последний сын Ивана Грозного, Дмитрий, все еще жив, появившийся в 1603 году, поверг россиян в шок. В скором времени они узнали, что имя лжецаревича Юрий Отрепьев. Это был сын бедного галичского боярина Богдана-Якова, стрелецкого сотника, убитого в Москве пьяным литовцем, когда Юрий был еще совсем ребенком. Отрепьев-отец служил у князя Бориса Черкасского. Юра был умным, грамотным мальчиком, но благоразумием наделен не был. Последовав примеру деда – Замятина-Отрепьева, он стал иноком. Вятский игумен Трифон постриг его, и этот юный чернец, отныне названный Григорием, скитался по России. Он жил в Суздале, в Галицкой области и был лучшим книжником того времени. Григорий часто бывал с патриархом Иовом в Москве, и царская роскошь пленила его. Когда Григорий узнал об убийстве Дмитрия, все решилось само собой. Изучая русские летописи, он нередко в шутку говорил своим друзьям монахам: «Знаете ли вы, что я буду царем в Москве?» За эту ересь его хотели было сослать в Белоозеро, но вместе с двумя другими иноками Мисаилом и Леонидом Григорий бежал из монастыря.

Среди историков о личности Лжедмитрия I споры идут по сей день. Существует версия, что Григорий Отрепьев и объявившийся Лжедмитрий I – это разные люди. По другой версии, самозванец мог и не являться самозванцем, то есть Лжедмитрий мог действительно быть и настоящим, спасшимся царевичем. Впрочем, все это, конечно, недоказуемо, и существует большое количество разнообразных гипотез.

В те времена иноки-бродяги были обычным явлением. Григорий с товарищами благополучно добрался до Новгорода-Северского, где оставил записку архимандриту Пафнутию: «Я, царевич Дмитрий, сын Иоаннов, и не забуду твоей ласки, когда сяду на престол отца моего!» Архимандрит пришел в ужас, совершенно не понимал, что делать, и решил смолчать.

Получается, в первый раз открылся самозванец еще в России. Он избрал вернейший путь к цели – Литву! Там всегда благосклонно относились к российским неприятелям, а особенно к тем, кто России изменял. Здесь помнили князей Иоанна Шемякина, Иоанна Верейского, Михаила Тверского, Андрея Курбского.

До Литвы Григорий добрался благополучно. В Киеве он обрел защиту в лице знатного воеводы Василия Острожского. Сперва Отрепьев жил в Печерском монастыре, а затем в Никольском, везде состоял дьяконом, но постепенно нарушал устав воздержания и целомудрия. Он пустил слух о спасении и тайном нахождении Дмитрия в Литве. Сам в это время учился воинскому мастерству у донских казаков. Вскоре он перешел на службу к князю Адаму Вишневецкому, жившему тогда в Брагине, и поведал князю, что является спасенным сыном Ивана Грозного, а в доказательство показал дорогой крест, возложенный на него при рождении князем Иоанном Мстиславским. Заручившись поддержкой влиятельного князя, самозванец начал осуществлять свой план. Григория нарядили в богатые одежды, ему построили великолепный дом, и по всей Литве разнесся слух о чудесном спасении сына русского царя. У Лжедмитрия, как у настоящего Дмитрия Ивановича, одна рука была короче другой, а на лице – бородавка. Королю Польши Сигизмунду III стало известно о «чудесном воскрешении» Дмитрия. Вместе с сандомирским воеводой Юрием Мнишеком и князем Вишневецким Отрепьев в 1603–1604 годах явился в Краков. Сигизмунд принял его, и Лжедмитрию было выделено жалованье размером сорок тысяч золотых в год. Григорий написал Папе Римскому Клементу VIII письмо, в котором просил быть его искренним покровителем.

Отрепьев начал собирать войско. Первым его поддержал Мнишек, чью дочь, Марину, самозванец пообещал взять в жены. Он дал письменное обязательство исполнить обещание по восхождении на российский престол.

Донские казаки уже седлали коней, чтобы присоединиться к толпам Лжедмитрия. Между тем, преданный слуга Лжедмитрия, пан Михайло Ратомский, остергский староста, через своих лазутчиков и двух русских монахов (возможно, это были друзья Отрепьева Мисаил и Леонид) поднимал на защиту Лжедмитрия юг России. Всюду подкидывали грамоты от имени царевича Дмитрия. Борис Годунов все чаще слышал о самозванце из разных источников. С невыразимым удивлением выслушивал он сообщения своих тайных агентов из Литвы. Изворотливый Борис не мог не оценить успехов Отрепьева – человека без рода и племени, который сумел заставить поверить в себя польских вельмож. Разумеется, сам Борис ни на секунду не верил в чудесное спасение царевича. Тот был зарезан днем, при свидетелях, и его тело было выставлено в церкви, где к нему приходило множество людей, часто видевших мальчика при жизни. Никаких сомнений никто тогда не высказывал. Но от бояр не укрылся тот факт, что могущественный Борис начал нервничать. Слух о призраке его пугал, и Годунов начал искать измену. В Москву доставили инокиню Марфу, мать Дмитрия, бывшую царицу. Царь попросил ее рассказать народу, что Дмитрий мертв, но Нагая отвечала весьма уклончиво. Видимо, до нее уже дошли слухи о самозванце. Тогда выступить перед народом было приказано Василию Шуйскому. Он объявил с Лобного места, что собственными глазами видел убитого царевича, и весь Углич видел его мертвым во время отпевания, а Гришка Отрепьев – попросту разбойник. Убеждал народ и патриарх Иов. Однако люди угрюмо молчал. Они хотели чуда. Была обнародована история беглеца Отрепьева. К вельможам Сигизмунда был послан дядя Григория, чтобы разоблачить самозванца на месте. К донским казакам из России с той же целью послали воеводу Хрущева. Ни грамоты, ни слова не действовали. Хрущева казаки заковали и привезли самозванцу. Когда пленник глянул на Григория, он тут же зарыдал и бросился на колени, воскликнув: «Вижу Иоанна в лице твоем – я слуга твой навеки!» Это был первый изменник среди высших чинов России.