Будучи мудрым человеком, Борис видел отсталость русского народа в образовании по сравнению с народами Западной Европы и осознавал пользу науки для государства. Ряд историков утверждает, что Борис хотел учредить в Москве высшую школу с иностранными учителями, но духовенство этого не одобрило. Годунов намеревался завести в стране даже университеты. В 1600 году в Священную Римскую империю за профессорами и докторами был послан Иоанн Крамер, но русское духовенство противилось и этому. Годунов первым послал нескольких молодых людей учиться в Западную Европу, но эта отправка оказалась неудачной, потому что все они там и остались. Борис посылал своих людей в Любек – приглашать в царскую службу врачей, рудознатцев, суконников и разных мастеров. Приезжавших в Москву немцев царь принимал весьма ласково, назначал им хорошее жалованье и одаривал поместьями с крестьянами. Из иноземцев был организован особый отряд царской гвардии, при Годунове состояло шесть иностранных медиков, получавших щедрое вознаграждение. Немцам даже разрешено было построить в Москве лютеранскую церковь. В некоторых источниках есть сведения о том, что некоторые из русских, желая подражать по внешности иностранцам, стали брить бороды. Конечно, подобная признательность не осталась незамеченной. В 1602 году вся Европа читала похвальное слово, сочиненное ученым Фидлером.

Потрясающими темпами шло строительство городов и крепостных сооружений. Во многих городах России были открыты типографии, проявлялся повышенный интерес к книгопечатанию. Заимствовав псковский опыт, Борис устроил первые в Москве богадельни. В жизни столицы появились невиданные новшества. К примеру, в Кремле был сооружен водопровод, по которому вода поднималась мощными насосами из Москвы-реки по подземелью на Конюшенный двор. Возле Архангельского собора Кремля Годунов приказал построить просторные палаты для военных приказных ведомств, а в Китай-городе – каменные лавки. Обветшавший мост через Неглинную заменили новым, широким, по краям которого располагались помещения для торговли. На Красной площади появилось каменное Лобное место с резными украшениями и решетчатой дверью.

Строительство превратилось в настоящую страсть царя Бориса. По его приказу были достроены колокольня Иван Великий, Архангельский собор, Успенский собор. Годунов покровительствовал талантливым строителям и архитекторам. Благодаря его поддержке раскрылся талант Федора Коня, под началом которого зодчие окружили Белый город в Москве внушительными каменными стенами с двадцатью семью башнями. Федор Конь руководил возведением великолепных крепостных сооружений в Смоленске в 1595–1602 годах. Годунов сам участвовал в закладке Смоленской крепости. Искусные мастера отлили для колокольни Ивана Великого огромный колокол, впрочем, тяжелый настолько, что его так и не смогли поднять наверх и соорудили для него особую деревянную колокольницу. С размахом осуществлялось и церковное строительство.

Первая пара лет правления Годунова казались лучшими временами России XV века. Борис старательно исполнял обет царского венчания и справедливо хотел именоваться отцом народа. Однако он ощущал нелюбовь народа и своего окружения. Он становился подозрительным, перестал доверять приближенным, ввел систему доносов. Первым пострадал Богдан Бельский, который лучше всех знал Бориса, – его послали строить отдаленную крепость Борисов на берегу Северского Донца, затем заточили в темницу. В опалу попал и род Захарьиных-Рома новых: боярина Никиту Романова выслали из Москвы, его сыновей и их родственников обвинили в попытке отравить царя, взяли под стражу, пытали, а затем выслали по приговору в отдаленные места и постригли в монахи. Вне сомнения, это было одно из гнуснейших дел Бориса. Подобным образом, безосновательно, схватили, пытали и мучили Черкасских, Репниных, Карповых, Сицких и других. Князей насильно высылали в самые отдаленные уголки России. Илье Милославскому и Василию Шуйскому было запрещено жениться, ибо Борис опасался, что их знатные потомки займут престол. Ненависть к Годунову усиливалась.

Итак, начало царствования Годунова выглядело удивительно благополучным. Но то была лишь видимость. Прямые попытки навязать народу крепостнический режим усиливали сопротивление масс. Признаки недовольства можно было заметить повсюду. Льготы, обещанные при вступлении Бориса на трон и предоставленные отдельным местностям, быстро исчерпали себя. Налоговый гнет разорял деревню. В начале XVII века сельское хозяйство пришло в упадок под влиянием стихийных бедствий. В аграрной России сельскохозяйственное производство было нестабильным и в значительной мере зависело от погодных условий. Изучив климатические изменения того времени, ученые пришли к выводу, что на протяжении последнего тысячелетия самое крупное похолодание произошло именно во второй половине XVI – начале XVII века. Похолодание, нарушение погодного цикла, длительные дожди – все это мешало созреванию хлебов во время холодного лета 1601 года. Последней каплей стали ранние морозы. В 1603 году деревне нечем было засевать поля. Наступил жуткий голод. Правительство бросило огромные средства на борьбу с голодом. Борис повелел продавать народу зерно из царских житниц. Но все равно запасы истощались довольно быстро. Появились хлебные скупщики. Царь, в рамках борьбы с хлебной спекуляцией, даже велел казнить несколько столичных пекарей-мошенников. Но эти меры не возымели должного эффекта. Крестьяне из года в год кормили государство, оброками наполняли царские житницы. Однако, по феодальным меркам это не имело никакого значения. Умиравшие с голоду крестьяне если и получали хлеб, то не безвозмездно, а на условиях заемной кабалы. Обнищавшие и пришлые крестьяне не могли рассчитывать на заем и были обречены на голодную смерть. Все это привело в начале XVII века к смуте. К тяжелому неурожаю 1601–1603 годов, страшному голоду добавилась разразившаяся вслед за этим эпидемия чумы.

В 1603 году вспыхнуло восстание Хлопка Косолапа, охватившее многие уезды страны. В стране начались разбои. Под Москвой разыгралось настоящее сражение между воеводой Иоанном Басмановым и атаманом Хлопкой. В результате Басманов погиб, а Хлопка был пленен, а затем погиб от ран или пыток. С большим трудом бунт удалось подавить. Невзирая на то что в эти тяжелые времена Годунов закупал хлеб на свои личные деньги и раздавал бедствующему населению, недовольство населения росло. Грозный, когда случился большой неурожай, не предпринял ничего для спасения народа. Борис поступал совершенно по-другому. Он не жалел казны, помогая голодающим, раскрыл перед голодающими царские житницы. Однако же не Борис, а именно Иван оставил о себе в народе добрую память. У Годунова были все основания сетовать на черную неблагодарность своих подданных. Особенно когда он узнал о массовой поддержке объявившегося в 1603 году самозванца – Лжедмитрия I. Жестокость стала неизбежным спутником гражданской смуты. Тысячи казаков и комарицких мужиков, попавших в плен к воеводам после битвы под Севском, были повешены. Множество мирных крестьян, их жен и детей в Комарицкой волости были умерщвлены. По словам современников, стоило человеку просто произнести имя Дмитрия, как царские слуги хватали его и убивали вместе с женой и детьми: «…и вот день и ночь не делали ничего иного, как только пытали, жгли, и прижигали каленым железом, и спускали людей в воду, под лед». Массовые гонения все больше ожесточали народ. Правительство стремительно утрачивало популярность и в конце концов лишилось поддержки большинства. Несмотря на все репрессии, Борису не удавалось поменять мнение народа. Люди ждали пришествия «доброго» царя, и с этим ничего нельзя было поделать. Было создано сыскное ведомство, обладавшее большими политическими функциями. До нынешних времен дошли сведения о том, что глава этого ведомства Семен Годунов настаивал на казни заподозренных в измене руководителей Боярской думы.