Начались переговоры о введении патриаршества на Руси. Но тогдашний московский митрополит Дионисий – противник Годунова – всячески препятствовал этому, ибо осознавал, что в случае успеха переговоров пост патриарха ему не занять. Впоследствии Годунов сменил митрополита на своего сторонника Иова. И когда в Москву прибыл уже патриарх константинопольский Иеремия, его встречал новый митрополит Иов. Годунову наконец удалось добиться успехов в переговорах. Утром 26 января 1598 года посреди Успенского собора состоялась церемония. На возвышении были поставлены три сиденья: на позолоченном сидел царь Федор, справа от него – патриарх Константинопольский Иеремия, а слева – благословленный Иеремией патриарх Московский Иов. Потом, разумеется, был пир в царских хоромах, как всегда поразивший гостей размахом и богатством. Независимость русской церкви – великая заслуга Бориса Годунова и одно из важнейших мероприятий конца XVI века.

Продолжая дело Ивана Грозного по укреплению самодержавной власти, Борис Годунов опирался на служилых дворян и верхи посада. В пользу последних проводилось так называемое «посадское строение», то есть возвращение в посад беглых тяглецов, приписка к посаду владельческих крестьян, занимавшихся торговлей и промыслами и так далее. Году-нов продлил действие заповедных лет.

В 1592 году была закончена перепись населения, которую затеял еще Грозный. Ее результатом оказалось окончательное закрепление крестьян за их владельцами. Примерно в 1592–1593 годах указом о запрещении крестьянского выхода крестьяне фактически окончательно были закрепощены. В 1597 году были изданы указы об установлении 5-летней давности для сыска на беглых крестьян и указ о холопах, по которому кабальные люди лишались права выкупаться на свободу. В это же время «вольные холопы» стали кабальными. Важным актом закрепощения крестьянства было введение в южных районах страны «государевой пашни», к которой прикреплялись беглые крестьяне. В 1601 году переход крестьян был снова разрешен во всей России, кроме Московского уезда, но уже лишь от мелких владельцев к мелким.

При Борисе Годунове началось активное строительство городов в Сибири. Были возведены Верхотурье (1598), Мангазея и Туринск (1600), Томск (1604). Население Сибири стремительно возрастало, причем за довольно короткий период. Годунов надежно и прочно закрепил эти огромные, богатейшие земли за Россией, которые Ивану IV достались случайно.

Внешнюю политику Годунов вел весьма успешно. Он продолжал курс Грозного в балтийском вопросе. Однако его правительство воздерживалось от особо активных действий в Прибалтике, пока существовала опасность союза Польши и Швеции. Впрочем, стоило этой опасности утратить реальный характер, Россия сразу же нанесла Швеции удар. Она намеревалась вернуть себе захваченные шведами русские земли и главным образом возродить «нарвское мореплавание». В январе 1590 года русские войска заняли Ян, блокировали Копорье и подступили к Нарве. Осадой вражеской крепости руководил сам Году-нов. Недоброжелатели заподозрили его в предательстве, хотя распоряжения Бориса в ходе осады ни в коем случае нельзя объяснять его возможными симпатиями к неприятелю, все дело лишь в том, что у Годунова не было никакого боевого опыта. 19 февраля российские войска, находясь в гигантском численном превосходстве, предприняли генеральный штурм и атаковали крепость сразу в семи точках. Казалось бы, стремительный натиск мог решить судьбу шведской крепости в считаные часы. Однако Годунов не чувствовал уверенности в своих силах и предпочел решить дело путем переговоров, надеясь склонить шведов к капитуляции. По условиям перемирия, заключенного под стенами Нарвы, шведы очистили захваченные ими ранее русские крепости Иван-город и Копорье. России вновь отошло морское побережье между реками Нарвой и Невой. Хотя овладеть портом Нарвой и восстановить «нарвское мореплавание» Годунову не удалось. То есть основная цель так и не была достигнута.

Шведский король Юхан III, не желая признать свое поражение в войне, готовился к реваншу. Он заключил союз с Крымским ханством, и целью вражеского вторжения стала столица России. 4 июля 1591 года татары по серпуховской дороге подошли к Москве и заняли Котлы. Русские войска расположились под Даниловым монастырем в подвижном укреплении – гуляй-городе. Ночью, после боя, татары были вынуждены отступить. Борис Годунов, как и при осаде нарвской крепости, не проявил в этот раз ни решительности, ни энергии. Но при этом вся слава после победы досталась ему, вся Москва чествовала его как героя.

Годунов искал славы великого военачальника. Его восточная политика ознаменовалась большими успехами. Нападки татар были отражены, безопасность южных рубежей укреплена. С невиданной скоростью возводились новые пограничные крепости: Воронеж (1585), Ливны (1586), Елец (1592), Белгород, Оскол, Курск (1596). Оборонительная линия отодвигалась все дальше на юг, в «дикое поле». Именно в период правления Годунова расширяются связи России с Грузией. Была построена крепость в устье Терека, и русские полки дважды выступали против дагестанского шамкала. В 1591 году Москва испытала новую тревогу. Крымский хан Казы-Гирей вероломно вторгся в русские пределы. В это время как раз закончилось перемирие со Швецией, и большинство военных сил было сосредоточено на севере. Хан настолько стремительно двинулся на Москву, что русские думали только о защите своей столицы. Борис решил не рисковать и не стал брать на себя руководство войском, оборонявшим Москву, а поручил его князю Федору Мстиславскому. 4 июля татары подошли к селу Коломенскому, русские сдерживали их у самых стен столицы. Началось сражение, в ходе которого татары потеряли нескольких мурз. К вечеру хан приблизился к горам села Воробьева. Годунов велел безостановочно палить из пушек. Русские пленники объяснили хану, что это в российской столице так радуются приходу подкрепления из Новгорода и других мест, а значит, Россия готова на другой день утром перейти в наступление. Хан, не задумываясь, покинул поле боя со всеми своими людьми. Мстиславский и Году-нов стали преследовать врага и разбили остатки татарских войск около Тулы.

Однако хана нагнать не смогли: он унесся в простой телеге в Бахчисарай, растеряв по дороге множество своих воинов. Казалось бы, вот она – блистательная победа, но, как водится, успех Годунова в народном сознании волшебным образом обращался ему во зло. После бегства Казы-Гирея стали ходить толки, что Борис навел хана сам, с целью отвлечь российский народ от убийства царевича Дмитрия.

Едва вступив на престол, Годунов стал подыскивать жениха для своей дочери Ксении. Без сомнения, выгодный брак был бы очень кстати для России. Выбор Бориса пал на датского принца Иоанна, воевавшего в то время под знаменами Испании. Годуновы ждали Иоанна в Кремле. Завидев потенциального жениха, они встали, обняли его и завели долгую беседу. Борис уже видел в нем своего сына. Ксения была невероятно красивой девушкой, она завладела сердцем Иоанна сразу же. Свадьбу назначили на зиму. Однако ее так и не случилось. Неожиданно принц заболел и скоропостижно скончался. В возрасте всего двадцати лет. Все были безутешны. Русский народ, по традиции, приписал смерть Иоанна Годунову. Поиски жениха для Ксении возобновились. Одновременно присматривались и к девушкам – надо было искать невесту и Федору, наследнику престола. Наконец, после долгих поисков выбор пал на грузинского принца Хоздроя, а невестой Федору была избрана 10-летняя сестра Хоздроя – Елена. Русский посол хотел было забрать в Москву и жениха и невесту, но их отец отпустил лишь сына. Семьи условились, что невесту отправят позднее. Но и Хоздрою не суждено было добраться до Москвы, поскольку в Дагестане произошло столкновение русских отрядов с турецкими и путь на север был перекрыт врагом.