Настал черед вести работу над шестой частью. С типографией А. Головачева у Павленкова установились отношения самые деловые. Поэтому четко, без задержек были набраны и сброшюрованы еще четыре писаревские статьи, посвященные естествознанию. 16 сентября Павленков представляет книгу в цензурный комитет. Там она доставила немало хлопот. Началось с того, что цензор де Роберти 19 сентября 1866 года в своем докладе цензурному комитету твердо заявил, это «настоящее сочинение Писарева не может быть дозволено к обращению в публике». Он имел в виду помещенные в книге статьи «Процесс жизни» (по Фогту) и «Физиологические эскизы Молешотта». Что же напугало стража закона? В первую очередь материалистическое направление, которого придерживался автор, его стремление разрушить общепризнанные понятия. Комитет солидаризируется с мнением цензора и на своем заседании 21 сентября 1866 года решает подвергнуть книгу аресту, а против издателей ее — Павленкова и Куколь-Яснопольского — возбудить судебное преследование. Прокурору окружного суда направляется подробное отношение «о вручении судебного преследования против издателя книги и об уничтожении отпечатанных экземпляров оной». Прокурора ставили в известность о том, «что вследствие сношения председателя комитета с г. С.-Петербургским обер-полицмейстером от 28 сентября, вышеупомянутая книга, в числе 3000 экземпляров, арестована полицией».

Все, казалось, цензурными службами предусмотрено, оставалось дело за малым — юридически санкционировать репрессивные меры. Но не тут-то было! Служащим Министерства юстиции не показались убедительными цензорские пассажи. И на целые месяцы затянулась волокита.

До наших дней дошел документ, который 27 июля 1867 года направляли управляющий Министерством юстиции статс-секретарь князь Урусов и заведующий департаментом сенатор С. Врангель П. А. Валуеву. Процитируем из него то, что проливает свет на реакцию сотрудников Министерства юстиции относительно предлагаемых цензурным комитетом санкций против шестой части сочинений Д. И. Писарева. «Что же касается до шестой части, в коей цензурный комитет признал подлежащими судебному преследованию статьи “Процесс жизни” (по Фогту) и “Физиологические эскизы Молешотта”, — читаем в донесении, — то, по рассмотрении последовавшего по сему предмету сообщения цензурного комитета от 30 сентября 1866 года за № 1038, прокурор судебной палаты встречает сомнение относительно возможности предъявить суду какое бы то ни было против Павленкова обвинение, на основании принятых комитетом о тех двух статьях заключений, по следующим причинам:

1) ни в той, ни в другой из означенных статей не заключается ни богохуления, ни порицания христианской Веры или церкви православной. В первой из названных статей излагается, по “Физиологическим письмам” Фогта, описание процессов кровообращения, дыхания и пищеварения. Этому описанию автор предпосылает от себя общее рассуждение о том, как он понимает изучение природы. Подобным же общим рассуждением он и оканчивает свое изложение. Но в них не только не содержится ничего, что прямо относилось бы до оспаривания истин христианской Веры и Учения православной церкви, но даже и не упоминается о христианстве и о церкви. Самое заключение цензурного комитета, что автор с пренебрежением относится к христианскому миросозерцанию, основано, как выражено в сообщении комитета, на том только, что об этом миросозерцании автор умалчивает и нападает “на неуклюжие признаки Ормузда и Аримана”. По мнению действительного статского советника Тизенгаузена, на подобных гадательных выводах основанное обвинение не может быть поддерживаемо на суде;

2) хотя материалистическое, в некотором отношении, направление разбираемых статей и не может быть отрицаемо, но одно это обстоятельство, коль скоро в статьях тех не заключается ничего явно противного нравственности и благопристойности, или клонящегося к развращению нравов (статья 1001 Уложения о наказаниях), — также не может служить основанием к обвинению перед судом;

3) в сообщении цензурного комитета не указан, как того требует 6-я статья Высочайше утвержденного 12-го декабря 1866 года мнения Государственного Совета, закон, в коем был бы предусмотрен проступок, которому соответствуют обвинения и ложные в том сообщения. Рассмотрев настоящее дело, я и со своей стороны нахожу, что выводы из учений Фогта и Молешотта, заключающиеся в вышеозначенных статьях 6-й книги сочинений Писарева, не могут быть подведены под точный смысл какой-либо статьи ныне действующих уголовных законов, а посему и при не указании цензурным комитетом закона, на коем бы могло быть основано судебное преследование означенной книги, встречаю затруднение в возбуждении сего дела и полагал бы не давать дальнейшего хода сообщению цензурного комитета по этому делу; но предварительно дальнейших распоряжений имею честь покорнейше просить Ваше Высокопревосходительство почтить меня отзывом Вашим по сему предмету».

П. А. Валуев вынужден был считаться с этим мнением. Он согласился с тем, что судебное преследование против Ф. Ф. Павленкова должно быть прекращено. Правда, в ответном письме министру юстиции звучала озабоченность тем, чтобы «при предполагаемом исходе настоящего дела», то есть прекращении его, не допустить удовлетворения домогательства вознаграждения, «если бы оно возникло со стороны издателя 6-й части сочинений Писарева за арестование означенной книги». Павленков предъявлять претензий не стал.

Книгоиздательство захватывает Флорентия Федоровича все больше и больше. Он выходит в отставку не ради одной конкретной акции. В его душе крепнет убеждение в том, что просветительским целям он должен посвятить себя целиком через издание все большего и большего числа книг для народа.

Налаживая свою издательскую деятельность, Павленков был полон решимости вести борьбу с господствовавшим все еще повсеместно читательским невежеством и косностью. Важно было внедрять в сознание просвещенных людей, на ком лежала обязанность вести работу по образованию народа, чтобы для каждого из них становилось правилом следить за новинками литературы, чтобы они целенаправленно формировали свои библиотеки, овладевали системой знаний. Поэтому наряду с выпуском сочинений Д. И. Писарева Флорентий Федорович работает над подготовкой к изданию книг по естествознанию, в частности Г. Льюиса «Сердце и мозг» и Г. Омбони «Дарвинизм, или Теория появления и развития животных и растительных видов».

Интересно обратить внимание на такой факт. На обороте титульного листа первой части сочинений Д. И. Писарева, изданной Ф. Ф. Павленковым в 1866 году, приводится реклама «Полного курса физики» А. Гано и сообщается, что книгу можно приобрести в книжном магазине П. А. Гайдебурова по адресу: Невский проспект, дом № 36. Весной этот магазин принадлежал еще Гайдебурову, а к концу года он уже переходит к новому владельцу — Павленкову. Таким образом, покупка магазина стала для Флорентия Федоровича как бы еще одним дополнительным шагом для утверждения себя в выбранном книгоиздательском деле.

Флорентий Павленков быстро понял, что успешное развитие издательского процесса требует, безусловно, налаживания собственного надежного канала для распространения книг. Только поэтому он и приобретает книжный магазин у Гайдебурова. Он не выставляет на нем собственного имени, так как понимает, что оно еще не так много говорит что-либо читающей публике. Павленковский «Книжный магазин для иногородних» быстро стал пользоваться положительной репутацией у тех, кто проявлял интерес к литературе. По словам Рубакина, сделали свое дело прежде всего точность, корректность, исполнительность, аккуратность, энергия и щепетильная честность, на которых строилась работа магазина.