Новгород и Псков разделили судьбу многих городских республик европейского Средневековья, потерявших независимость в начале Нового времени. По не вполне пока ясным причинам даже такие крупные и богатые города, как Флоренция, оказались хуже приспособленными к трансформации в раннемодерные государства, чем монархии того времени. Возможно, дело заключалось в характерной для них внутренней борьбе кланов и «партий», подрывавшей единство города и затруднявшей создание безличных государственных институтов. Но решающим оказался военный фактор: города, как правило, проигрывали вооруженную борьбу растущим монархиям, которые имели возможность мобилизовать для своих целей несравненно бóльшие материальные и людские ресурсы. В те же самые десятилетия, когда Господин Великий Новгород отчаянно боролся с Москвой за сохранение своей независимости, в Германии под натиском церковных и светских князей потеряли былые права и свободы такие города, как Майнц (1462), Кведлинбург (1477) и Эрфурт (1483). А в Италии, где синьории постепенно вытесняли городские коммуны, после 1530 года осталась, по сути, только одна республика — Венеция.

Таким образом, когда Иван III в Новгороде, а позднее Василий III — в Пскове приказывали снять вечевой колокол и вводили порядки, «как на Москве», они действовали в том же духе, что и их современники — немецкие или итальянские князья. Но в политике московских государей была и своя специфика: из покоренного города выселялась местная элита (бояре и посадники с семьями), купцы и ремесленники, а на их место переводились служилые люди и торговцы из центральных уездов страны. Эта жестокая мера, именовавшаяся «выводом», была впервые в массовом масштабе осуществлена в Новгородской земле в 1480‐х годах, а затем, уже в новом столетии, повторена в Пскове (1510), Смоленске (1514) и некоторых других городах.

«Выводы», сопровождавшиеся конфискацией земель и переселением сотен людей, были наиболее радикальным способом интеграции новоприсоединенных территорий в состав Русского государства. Московские власти прибегали к нему там, где встречали сопротивление, не находили опоры в местном населении или опасались заговоров. Но были и области, которые в обмен на лояльность пользовались в течение определенного времени значительной автономией. Таков, например, был статус Пскова при Иване III: в городе находился великокняжеский наместник, и внешняя политика уже с 1460‐х годов полностью контролировалась центральным правительством, но при этом суд и внутреннее управление вплоть до 1510 года осуществлялись по местным законам и обычаям, известным нам из Псковской судной грамоты.

Внутреннюю автономию сохраняла также Рязань, номинально по-прежнему считавшаяся «великим княжеством». Здесь княжил Василий Иванович, женатый на сестре Ивана III — Анне, а после смерти Василия (1483) рязанский престол перешел к его старшему сыну Ивану. По договору со своим дядей и полным тезкой — Иваном III Иван Васильевич Рязанский признал себя «братом молодшим», т. е. вассалом московского государя, и отказался от права внешних сношений.

По соседству с Рязанской землей, в Мещере, с середины XV века существовало вассальное по отношению к Москве Касимовское ханство. Там правили Чингисиды, потомки первого казанского хана Улуг-Мухаммеда.

После взятия московскими войсками в сентябре 1485 года Твери и бегства в Литву последнего «великого князя» этой земли Михаила Борисовича номинально «великое княжество Тверское» просуществовало еще несколько лет: оно было передано наследнику московского престола Ивану Ивановичу (подобно тому, как наследник английского престола издавна титуловался «принцем Уэльским»), и при нем был создан особый двор из тверских бояр. Иван Иванович Молодой, носивший, как и отец, титул великого князя, умер в 1490 году, а последние следы обособленности тверской знати теряются в начале XVI века.

Для полноты картины следует упомянуть еще владения северских князей Семена Ивановича Стародубского и Василия Ивановича Шемячича (потомков злейших врагов Василия II — князей Ивана Можайского и Дмитрия Шемяки), перешедших в 1500 году на службу к Ивану III из Великого княжества Литовского. Их княжества, обладавшие полуавтономным статусом, просуществовали до конца второго десятилетия XVI века.

По терминологии британского историка Джона Эллиотта, большинство государств раннего Нового времени представляли собой «составные монархии» (composite monarchies), т. е. несколько стран или исторических областей, объединенных под властью одного монарха. С некоторыми оговорками эта характеристика применима и к государству Ивана III. Наряду с землями, считавшимися великокняжескими и управлявшимися наместниками московского государя, в его державу входило немало областей разного статуса и происхождения, обладавших той или иной степенью внутренней автономии. Однако, в отличие от королевств Арагона, Валенсии, Сицилии и Неаполя, а также Каталонии и нидерландских провинций в составе испанской монархии, ревностно защищавших свои старинные права и привилегии, или так называемых pays d’états, т. е. провинций со своими представительными органами (штатами) во Французском королевстве, автономии в составе Московского государства имели тенденцию к сокращению, а затем — и к полному исчезновению.

Единственный известный нам случай, когда привилегии присоединяемого к России города или земли были закреплены на бумаге, относится к лету 1514 года: во время переговоров о капитуляции Смоленска жители получили от Василия III жалованную грамоту, гарантировавшую сохранение прав, которыми горожане пользовались в Великом княжестве Литовском. Но раскрытие в Смоленске осенью того же года пролитовского заговора привело к фактической отмене этого документа и выселению из города проявивших нелояльность к московскому государю жителей. В целом же в России XVI века возобладала модель полной интеграции покоренных земель «по праву завоевания»: после Смоленска такая же судьба ожидала Казань (1552), Астрахань (1556) и другие города и территории. В европейской перспективе это напоминало модель интеграции покоренного английскими королями Уэльса, который в соответствии с актами 1536 и 1543 годов управлялся по тем же правилам и законам, что и собственно английские графства. Вариант формально равноправной унии — по типу Кастилии и Арагона (1469), Польши и Литвы (1569), Англии и Шотландии (1603) — не нашел применения в России того времени, хотя сам титул русских царей XVI–XVII веков, подробно перечислявший все принадлежавшие им владения, напоминал о сложносоставном характере этого государства.

Вместе с тем держава Ивана III и его наследников имела с монархиями австрийских и испанских Габсбургов, а также с Османской империей одну важную общую черту: все они были династическими, а не национальными государствами. И хотя, подобно Габсбургам и Османам, московские государи также использовали лозунги защиты веры для обоснования своей завоевательной политики, все-таки главным мотивом их экспансии и на запад, и на восток было «возвращение» наследия предков — киевских князей.

Когда Иван III в январе 1493 года в посольстве к великому князю литовскому Александру впервые назвал себя «государем и великим князем всея Руси», сразу же последовал протест литовской стороны, не без оснований усмотревшей в этом претензии на русские земли, входившие в состав Великого княжества Литовского. Споры о титуле продолжались десять лет, и лишь проиграв две войны своему сопернику и тестю, великому князю московскому, Александр согласился признать новый титул Ивана III. На мирных переговорах весной 1503 года, подведших итог длительному военному противостоянию, московский государь гордо заявил литовским послам: «Ано и не то одно наша отчина, кои городы и волости ныне за нами: и вся Рускаа земля Божьею волею из старины, от наших прародителей наша отчина».