С начала войны деятельностью по поимке и задержанию забрасываемых в тыл, прифронтовую зону и на освобождённые территории занималось Главное управление особых отделов НКВД. Так, например, только с марта по июль 1942 года органами госбезопасности было задержано 222 вражеских парашютиста, у которых было изъято 74 радиостанции.

19 апреля 1943 года данное управление было передано в состав НКО СССР, где на его основе было образовано Главное управление контрразведки (далее — ГУКР) «СМЕРШ» (расшифровывалось как «Смерть шпионам»). Отдел управления особых отделов, обслуживавший ВМФ, был соответственно передан в наркомат ВМФ, и на его базе создано УКР «СМЕРШ» НКВМФ.

Необходимость активного противодействия подрывной деятельности немецких шпионов и диверсионных групп во время войны привело к созданию также оперативно-технической службы в военной контрразведке, которая появилась в структуре ГУКР как 8-й отдел согласно Постановления ГКО № 3222сс/ов от 21апреля 1943 года.

Радиоконтрразведывательной службой и советскими агентами, внедренными в школы «Абвера», было сообщено о 1078 радиостанциях, переброшенных в тыл Красной Армии. Из них было обнаружено органами «СМЕРШ» и Управлениями НКГБ — 631. Возвратилось к немцам и финам 28 радиостанций, отсутствовали данные о 419, поскольку в эфире они не появлялись. Было разыскано и ликвидировано на территории СССР, Польши и Румынии 90 нелегальных радиостанций.

Военная радиоконтрразведка оказывала эффективную помощь территориальным органам госбезопасности и органам «СМЕРШ» в организации и проведении радиоигр с разведорганами противника. Работа службы протекала в тесном контакте с оперативными подразделениями НКВД-НКГБ и органами военной контрразведки. Радиоигры проводились военной контрразведкой в течение всей войны, вплоть до разгрома немецко-фашистской Германии.

Были реконструированы существовавшие в то время радиоконтрразведывательные станции. В частности, стали применяться антенны новой конструкции. Более совершенными стали методы радионаблюдения, а также связь между отдельными радиоконтрразведывательными станциями и центром.

С помощью радиоконтрразведки органы госбезопасности устанавливали дислокацию разведцентров противника, его агентурных радиостанций на советской территории, ограничивали сферу действия радиосредств иностранных радиостанций, проводивших акции идеологической диверсии против СССР. Осуществлялся контроль за ходом радиоигр оперативных подразделений с разведками капиталистических государств и антисоветскими зарубежными организациями.

На вооружение органов госбезопасности стало больше поступать специальной техники. В местах, чаще всего посещаемых иностранцами, главным образом в ресторанах, стали устанавливаться микрофоны для прослушки разговоров разрабатываемых лиц.

При разъединении НКВД и НКГБ в мае 1943 года из 2-го спецотдела НКВД были выделены оперативные отделения, группа материально-технического обеспечения, секретариат, радиошкола, мастерские, и на их базе был создан Отдел «Б» (ОТ) НКГБ под руководством Лапшина. Его заместителем и начальником отделения радиоконтрразведки стал Блиндерман.

12 октября 1944 года для успешной борьбы с антисоветским подпольем и ликвидации вооруженных банд, созданных и оставленных фашистами на территории Литовской ССР, для нужд литовского НКВД было выделено 24 радиостанции «Белка». В свою очередь, те радиосредства, которые выделялись для нужд НКГБ, распределялись им самостоятельно по советской территории. Так, 24 октября 1944 года в приказе НКГБ сообщалось об организации отделения радиосвязи при УНКГБ Псковской области.

При этом предлагалось НКГБ Крымской АССР откомандировать в распоряжение начальника УНКГБ Псковской области 10 радистов и 3 техника с радиостанциями «Белка-4ДУ» и ДРП-6 в количестве 17 шт., «Набла» — 3 шт. и аккумуляторов — 3 шт. Кроме того, Блиндерману предлагалось выделить для УНКГБ Псковской области 1 мощный передатчик «Лев», приемник «133» и элементов питания для радиостанций.

После окончания войны в 1946 году произошла очередная реорганизация силовых структур. В результате 8-й отдел (ОТ) «СМЕРШ» НКО стал 5-м отделом 3-го ГУ МГБ СССР.

В том же году отдел ОТ контрразведки стал Отделом «2-Ж» 2-го ГУ МГБ. В связи с важностью получаемых от радиоконтрразведки информации она была выделена из Отдела «2-Ж» и стала самостоятельным Отделом «Р» МГБ СССР. Начальником радиоконтрразведки стал Леонид Николаевич Никитин.

24 мая 1946 года начальником отдела «Б» Лапшиным были подведены итоги деятельности возглавляемого им отдела в годы войны. За это время были разработаны 42 иностранные разведывательные радиосети. Из них 36 сетей Германии и ее союзников.

Путем наблюдения за эфиром выявлялись вызовы со стороны радиоцентров германских разведывательных органов, которые связывались или пытались связаться со своими радиостанциями, заброшенными в тыл Красной Армии.

За время с 1943 года по май 1946 года, было дешифровано и помещено в ежедневных сводках 105105 дипломатических иностранных телеграмм и 156846 телеграмм войсковых и политических линий связи.

Во время Отечественной войны весь дешифровальный аппарат основное внимание уделял дешифрованию шифрованной переписки воюющих с СССР государств — Германии, Японии, Италии, Румынии. В этой области он достиг серьезных результатов.

МГБ СССР вело разработку специальной аппаратуры для перехвата иностранных линий радиосвязи, оборудованных особой техникой. Такой аппаратуры было разработано 3 образца и находилось в разработке и изготовлении еще 4 образца.

Радиоконтрразведывательной службой было сообщено о 1078 радиостанциях, переброшенных в тыл Красной Армии, из них было обнаружено органами «Смерш» и Управлениями НКГБ 631 радиостанции. Возвратилось к немцам и финам 28 радиостанций, отсутствовали данные о 419 радиостанциях. В эфире они не появлялись и попытки германской разведки установить с ними связь, не увенчались успехом.

Техническими средствами радиоконтрразведки было разыскано и ликвидировано на территории СССР, Польши и Румынии 90 нелегальных радиостанций.

Было перехвачено 63053 шифрограмм от радиостанций немецкой разведки, из них расшифровано 13043. По материалам дешифровки было арестовано 12 германских агентов и одна диверсионная группа.

От радиосети польской «Армии Крайовой» было перехвачено 5562 шифрограмм, из них дешифровано 1802. Было раскрыто 108 шифров, из них агентурно 21. Дешифровка радиограмм штатов 9 округа польской «Армии Крайовой» позволила контролировать их деятельность вплоть до ликвидации.

При этом были установлены адреса и пароли 12 явочных квартир на территории самой Польши, а также адреса и пароли 14 явочных квартир польского подполья в разных странах Европы и перехвачен один курьер, которого «АК» пыталась перебросить в Великобританию через Одессу.

Радиоконтрразведывательной службой производился также постоянный контроль работы 216 германских агентурных радиостанций, которые использовались для дезинформации. Проводилась систематическая забивка антисоветского вещания германских радиостанций и контроль качества забивки.