Возможно, Иов также понял, что слишком перехвалил Б. Ф. Годунова, поэтому в следующем сюжете о походе царя Федора Ивановича на Ругодив (Иван-город) он даже не упомянул его имя. Хотя из Разрядных книг известно, что Борис принимал в нем участие в составе Дворового полка. Главными героями всего этого события, кроме царя, представлены сам Иов (благословлял воинство перед походом и торжественно встречал его) и новгородский митрополит Александр (напутствовал царя в Новгороде).

Вновь о прославлении Б. Ф. Годунова Иов вспоминает только при описании нашествия крымского хана Казы-Гирея на Москву. По его утверждению, Борис Федорович был «премудростию украшен и к бранному ополчению зело искусен и во всех воинских исправлениих непобедимый воевода явися». Поэтому именно ему царь поручил оборону столицы, и тот возвел Гуляй-город.

На самом деле, по воспоминаниям современников, Б. Ф. Годунов никакими воинскими талантами не обладал и никогда не участвовал в боевых действиях. Он лишь несколько раз исполнял обязанности рынды (нес парадное оружие царя) во время Ливонских походов и сопровождал царя Федора под Ругодив. Кроме того, во время обороны Москвы от Казы-Гирея он был назначен вторым воеводой Большого полка после Ф. И. Мстиславского, поэтому был ниже и Мстиславского, считавшегося главнокомандующим, и воевод основных полков, т. е. князей Н. Р. Трубецкого, Т. Р. Трубецкого и Б. К. Черкасского.

Для возвышения роли Б. Ф. Годунова в обороне Москвы Иову пришлось приписать именно ему действия царя. Самого же Федора Ивановича он представил лишь богомольцем, истово молящим Бога о защите столицы от варваров около чудотворных икон.

В «Повести» писалось, что Борис Федорович, «изрядный правитель и непобедимый воин… сам окрест воинства непрестанно обходит и полки изрядно устраяет, и к бранному ополчению всех поощряет, и не отпадати надежда повелевает, и на подвиг всех укрепляет». Думается, что если бы Б. Ф. Годунов попытался бы все это сделать в реальности, то воеводы просто бы его прогнали и подумали, что он лишился ума от страха. Воодушевлять на битву полагалось только тех воинов, которые находились у воевод в подчинении.

Хотя Иов и прославлял воинские подвиги Годунова, но был вынужден признать, что «царствующий град» спасли молитвы Федора Ивановича, его царское счастье и заступничество московских чудотворцев.

При описании торжеств по поводу победы Иов наибольшее внимание уделил тому, как царь наградил Б. Ф. Годунова: «Благочестивый самодержец по совершении царского стола своего приемлет от своея царьския выя златокованую чепь. Ея же ношаше в почесть великого своего самодержавнаго царьствия, и возлагает на выю достохвальному своему воеводе Борису Федоровичи), достойную честь победе его воздая и сим паки на нем прообразуя царского своего достояния по себе восприятия и всего превеликого царьствия Русийскаго скифетродержательства правление».

По утверждению патриарха получалось, что Б. Ф. Годунов получил в награду от царя одну из царских регалий — золотую цепь, что предусматривало в будущем получение и верховной власти. По Разрядным книгам золотая цепь, полученная Годуновым от царя, была лишь обычной наградой и не имела никакого отношения ни к личным вещам царя, ни к регалиям. В противном случае ее вручение означало бы, что Федор Иванович планировал назвать своим наследником именно Бориса.

Хотя Иов и пытался всячески прославить Годунова, он был вынужден написать, что престол царь Федор оставил жене, царице Ирине. В ее плаче есть такие фразы: «Преславнийший самодержателю великий государь Русский! Кому свой царьский скифетр вручаеши? Увы, мне!» Поэтому после кончины Федора Ивановича «изрядный правитель, прежереченный Борис Федорович, вскоре повеле своему царьскому синклиту животворящий крест целовати и обет свой благочестивой царице предовати, елико довлеет пречестному их царьскому величеству; бе же у крестного целованимя сам святейший патриарх и весь Освященный собор» (ПСРЛ. Т. 14. С. 19–20).

Таким образом, получается, что «Повесть о честном житии царя Федора Ивановича» на самом деле была задумана Иовом отнюдь не для прославления умершего царя, а для того, чтобы показать множество достоинств Б. Ф. Годунова. По утверждению патриарха, он и «изрядный правитель», фактически руководящий государством при монархе-богомольце, и «непобедимый воин», одержавший победу над казанскими и крымскими татарами, и главный инициатор всех славных дел в стране. Это должно было убедить участников Земского собора в том, чтобы избрать Бориса на царский престол как продолжателя «цветущего всеми благими» царствования Федора.

Считается, что «Повесть» в кратком варианте была зачитана перед участниками Земского собора, полный текст был разослан по церквям, где отрывки из него произносили во время службы.

Представители высшей знати и духовенства, конечно, знали, что Иов слишком превознес заслуги Б. Ф. Годунова и исказил портрет царя Федора Ивановича, но они также не хотели резких перемен в стране и надеялись, что новый выборный государь все оставит на прежних местах. Поэтому они также поддержали кандидатуру Бориса на престол. Дебаты на соборе вряд ли были долгими, поскольку иных претендентов на корону не нашлось в то время. Поэтому 17 февраля 1598 г. по всей стране было объявлено единодушное решение выборщиков — новым царем и великим князем всея Руси нарекается брат царицы-инокини Ирины-Александры конюший боярин Борис Федорович Годунов.

В это время сам Борис находился около сестры в Новодевичьем монастыре. Он, казалось, не интересовался тем, что происходило в столице. Этим он демонстрировал полное равнодушие к судьбе царского престола. Но от родственников он, конечно, получал полную информацию обо всем.

В тот же день 17 февраля в Новодевичий монастырь прибыла делегация от Земского собора во главе с патриархом Иовом с известием о том, что новым государем наречен Борис Федорович. Ему следовало тут же отправиться в Кремль и начать подготовку к венчанию на царство. Однако Годунова не устроило, что такое важное для него событие обставлено слишком буднично. К тому же он хотел увериться в том, что подданные искренне желают ему служить и никаких других претендентов на корону нет. Поэтому он заявил прибывшим к нему лицам, что отказывается от предлагаемой ему чести.

В «Утвержденной грамоте 1598 г.», составленной после воцарения Бориса, подробнейшим образом описаны события с 17 февраля по 25 февраля. В ней приведена речь, с которой Годунов якобы обратился к посланцам от Земского собора: «Мне никогда и на ум не приходило думать о царстве. Как мне помыслить на такую высоту, на престол такого великого государя, моего пресветлого царя? Теперь бы нам промышлять о том, как устроить праведную и беспорочную душу пресветлого государя моего царя Федора Ивановича, о государстве же и о земных всяких делах промышлять тебе, государю моему, отцу, святейшему Иову патриарху, и с тобою боярам. А если моя работа где пригодится, то я за святые Божие церкви, за одну пядь Московского государства, за все православное христианство и за грудных младенцев рад кровь свою пролить и голову положить».

После этого патриарх стал ежедневно организовывать многолюдные шествия членов собора и москвичей в Новодевичий монастырь для умоления Б. Ф. Годунова на царство. Но тот каждый раз заявлял пришедшим, что «на таких превысочайших царских престолах государем быть не может».