Желая прославить себя на века, царь Борис задумал построить в Кремле храм Святая Святых с точной копией Гроба Господня, находящегося в Иерусалиме. Для него заложили фундамент и начали свозить подходящий строительный материал. Завершить эту грандиозную постройку Годунов не успел. Но свое имя он все же смог прославить. Его написали большими золотыми буквами с полным царским титулом под куполом надстроенной колокольни Ивана Великого. Эта надпись видна до сих пор.

В Москве по приказу царя был построен большой каменный мост через болотистую реку Неглинку. На нем купцы даже смогли разместить свои лавочки по продаже всевозможных мелких вещиц. Кроме того, Борис распорядился об охране улиц в ночное время. По ним стали ездить караулы, следящие за порядком. Горожане же должны были передвигаться с фонарями, нарушителей этого правила могли арестовать и поместить в тюрьму на некоторое время. Большие улицы стали запирать воротами, на маленьких ставили рогатки, чтобы никто не мог ночью передвигаться по ним и нарушать сон жителей.

Особенно много внимания уделял Б. Ф. Годунов церковному строительству, украшению храмов и благотворительности. При нем все кремлевские соборы были отремонтированы, некоторые покрыты новой кровлей. Для мощей святых были изготовлены раки и ковчеги, украшенные драгоценными камнями и золотом. Для нового собора Святая Святых из чистого золота отлили фигуру Иисуса Христа с Богоматерью и двенадцать апостолов. Для одного из кремлевских соборов и храма Троице-Сергиева монастыря были отлиты два больших колокола, отличавшихся красивым звучанием. Кроме того, в целом ряде обителей на казенные средства были построены богадельни для нищих, больных и увечных.

При Б. Ф. Годунове продолжилось освоение Сибири. В августе 1598 г. воеводе А. Воейкову удалось разгромить последнюю ставку хана Кучума. Сам он бежал, а его многочисленное семейство было взято в плен и отправлено в Москву. Царь Борис принял с большим почетом всех ханских жен и детей и приказал выделить им на содержание деньги из казны. Награжден был и Воейков. После этого началось строительство новых городов: в 1598 г. — Верхотурье, в 1600 г. — Мангазея и Туринск, в 1604 г. — Томск. При этом Борис стремился к тому, чтобы новые земли заселялись крестьянами, промышленниками, купцами. Переселенцам давались большие суммы денег на закупку лошадей, инвентаря, семян, строительство домов. Им разрешалось строить мельницы, организовывать солеварницы, кожевенное производство и т. д. При этом на несколько лет они были освобождены от налогов. Воеводы сибирских городов были обязаны за счет казны строить дороги, возводить мосты, закупать суда для перевозки товаров и продовольствия для переселенцев. Кроме того, им запрещалось грабить местное население, насильно привлекать к различным работам и крестить. Коренным жителям были оставлены их охотничьи угодья, места для рыбалки и пастбища. Больные, увечные и старые были освобождены от уплаты ясака.

Царь стремился нравиться подданным. Со всеми он был приветлив, «вельми сладкоречив», к челобитчикам проявлял особую чувствительность и внимательность. Он никогда не спешил, не суетился, не делал резких движений. В одеждах, отличавшихся необычайной пышностью, ходил степенно, с величественной осанкой. Один из современников описал его так: «Муж зело чуден, в рассуждении ума доволен и сладкоречив, весьма благоверен и нищелюбив и строителен зело, о державе своей много попечения имея и многое дивное о себе творяше». Все знали, что царь хороший семьянин, ненавидит низменные забавы и винопитие. Многих коробили лишь его непомерное тщеславие, склонность к помпезности и вычурности. Со временем же в его характере стали появляться мнительность и подозрительность. Это, видимо, было связано с ухудшением состояния его здоровья. Приступы подагры буквально изматывали стареющего царя.

Не имея склонности к воинскому делу, Б. Ф. Годунов постарался установить мирные и добрососедские отношения с соседними странами. Способствовало ему то, что Швеция и Речь Посполитая находились в состоянии войны друг с другом и были заинтересованы в союзе с Россией. В 1601 г. в Москву прибыло посольство польского короля Сигизмунда III во главе с канцлером Львом Сапегой. Многодневные переговоры привели к тому, что было подписано мирное соглашение на 20 лет. Это давало возможность двум соседним странам поддерживать друг с другом хорошие отношения достаточно долго. Однако Сигизмунд вскоре его нарушил, нагло демонстрируя неуважение к международным правовым нормам. Призвать его к ответу больной Б. Ф. Годунов уже не смог.

В целом царя Бориса отличала большая любовь к иностранцам и всему заморскому и невиданному. Он активно приглашал к себе на службу различных специалистов из европейских стран: врачей, рудознатцев, часовщиков, ювелиров, зодчих. Всем им давали хорошие денежные оклады, обеспечивали продовольствием и жильем.

В 1601 г. в Москву прибыла большая группа ливонцев, спасавшихся от начавшейся войны между Швецией и Речью Посполитой. Б. Годунов устроил в их честь прием во дворце и пообещал устроить на службу с окладом от 15 до 50 руб. и поместьями с крестьянами. Для сравнения можно отметить, что в то время русские рядовые дворяне получали не более 15 руб. Естественно, они были недовольны появлением при дворе иностранцев, закрывавших для них путь к престолу.

Иноземным купцам царь давал значительно больше льгот, чем русским купцам. Многие из них не платили налогов, поскольку привозили товары для членов царской семьи. Кроме того, им выдавали беспроцентные ссуды из казны. Взамен Борис просил их не распускать про него вздорные слухи в своих странах. Видимо, он знал про эту широко распространенную практику в то время.

Иностранцы ловко пользовались расположением к ним Б. Ф. Годунова и даже получили от него разрешение построить в Немецкой слободе кирху. Православное духовенство во главе с патриархом Иовом было возмущено, но открыто выражать свои чувства иерархи не посмели. Также им не понравилось то, что царь отправил в Англию, Голландию и Германию несколько десятков молодых людей для обучения. Казна должна была оплатить их пребывание за границей, но из-за Смуты обучающиеся остались без поддержки и были вынуждены устраивать свою жизнь сами. Поэтому потом на родину из них вернулся только один человек.

Царь планировал открыть различные учебные заведения и в Москве. Для этого он планировал выписать несколько преподавателей из европейских университетов. Но церковь воспротивилась данному начинанию уже более решительно. По мнению духовенства, вместе с науками профессора-иноверцы будут пропагандировать ересь и вольнодумство.

Таким образом, стремление Б. Ф. Годунова стать идеальным монархом не нашло поддержки в русском обществе. Подданные постоянно подозревали его в злых умыслах. В любых его даже полезных начинаниях стремились найти отрицательные стороны. Даже незначительные отрицательные черты царя у многих вызывали раздражение и вопрос: «А достоин ли он престола?»

Некоторые историки, положительно оценивавшие деятельность Б. Ф. Годунова (С. Ф. Платонов, Р. Г. Скрынников), считали, что все его деяния были бы восприняты русскими людьми положительно, если бы он родился на троне. К первому выборному царю они отнеслись излишне критично и стали думать, не примерить ли шапку Мономаха кому-нибудь еще.