По ходу отметим, что оконченное контрразведкой расследование направлялось в военно-окружные или окружные суды, где судьбы обвиняемых решали несколько офицеров. Однако приговоры утверждались высокопоставленными военными, обладавшими правом предания военно-полевому суду. Первоначально этим правом на театре военных действий наделялись начальник штаба Верховного главнокомандующего, командующие армиями, командиры корпусов, главные начальники военных округов. Впоследствии командармы могли предоставлять такие полномочия начальникам крупных гарнизонов и уполномоченным по охране государственного порядка и общественного спокойствия. Но при этом, как отмечают очевидцы, органы безопасности превышали свои полномочия, злоупотребляли служебным положением, творили произвол в отношении арестованных. «Про некоторые контрразведки ходили рассказы, будто они напоминают собой застенок, где не только держат ни в чем не повинных людей, но стараются получить показания пытками и угрозами», — свидетельствует в своих «Записках» И.И. Сукин. 30 ноября 1918 г. Тюменская следственная комиссия жаловалась министру внутренних дел на контрразведку, требовавшую в свое распоряжение арестованных внесудебным порядком вопреки постановлению Временного Сибирского правительства № 73 от 27 августа 1918 г., согласно которому они должны были передаваться следственным комиссиям. Подобные факты вызвали циркулярное обращение А.В. Колчака к местным органам гражданской и военной власти, призывавшее военные органы не злоупотреблять властью и соблюдать закон, напоминая, что, согласно ст. 13 принятых еще Временным Сибирским правительством «Временных правил о мерах к охранению государственного порядка и общественного спокойствия» от 15 июля 1918 г., милиция и другие «силовые» правоохранительные органы подчинены военным начальникам только по делам охраны порядка и безопасности, в остальном же — местной гражданской администрации.

Первое время предварительные дознания осуществлялись госохраной вместе с губернскими следственными комиссиями. Незадолго до краха колчаковского режима, в октябре 1919 г. функции были разграничены: с преобразованием губернских следственных комиссий в окружные (при окружных судах) вся работа по дознаниям передавалась госохране, от которой дела в законченном виде передавались в следственную комиссию.

Поскольку четкого разграничения функций между государственной охраной и контрразведкой в законодательстве не было, это нередко приводило к параллелизму и дублированию в их деятельности. В Томске, например, помимо управления госохраны генерал-майора С.А. Романова действовали отделение контрразведки штаба Омского военного округа, контрразведка при штабе 2-й дивизии, городское отделение контрразведки (официально именовавшееся военным контролем), сыскное отделение городской милиции и чешская контрразведка. В Иркутской губернии параллельно действовали контрразведка штаба округа, военного района и управление госохраны. Однако управляющий губернией П.Д. Яковлев считал их работу неудовлетворительной и жаловался в мае 1919 г. министру внутренних дел, что «до сих пор не введены агенты ни в предприятия, ни в союзы, ни в организации».

Ведомственная рознь между госохраной и контрразведкой проявлялась по самым разным поводам. Так, в мае 1919 г. начальник Иркутского губернского управления госохраны капитан (впоследствии — подполковник) Н.А. Смирнов докладывал в Особый отдел, что возглавляемой им ранее в Иркутске одной из параллельно существовавших контрразведок (отделением Главного военного контроля) «после тщательного агентурного наблюдения и предварительных розысков были открыты первые следы существования в городе тайной большевистской организации»; после расформирования же этого отделения в апреле 1919 г. и своего перехода в создаваемую госохрану он получил приказ от штаба военного округа сдать все дела военно-окружной контрразведке. Однако Смирнов выполнить этот приказ «без ущерба для дела не нашел возможным» и просил поддержки перед штабом округа с тем, чтобы эти дела остались у него в формируемом управлении госохраны.

На ненормальность такого положения указывали и другие начальники государственной охраны на местах. Так, начальник Приморского областного управления госохраны полковник А.А. Немысский в докладной записке директору Департамента милиции, ходатайствуя о переводе в госохрану из контрразведки части жандармских офицеров, отмечал: «Контрразведка в силу сложившихся обстоятельств уже скоро год как занимается исключительно политическим розыском… штаты ее разрослись до весьма значительных размеров, не оправдываемых необходимостью борьбы с иностранным военным шпионством». В донесении управляющему областью он жаловался на «сепаратный образ действий» начальника контрразведки Владивостокской крепости, не желавшего передавать госохране пограничный пункт паспортного контроля. Конфликт продолжался и дальше, так что в дело был вынужден вмешаться главный начальник Приамурского края и одновременно командующий Приамурским военным округом генерал-лейтенант С.Н. Розанов, специальным приказом поручивший начальнику своей канцелярии навести порядок в этом деле и устранить «параллельность» в работе контрразведки и госохраны. В свою очередь, начальник канцелярии Розанова издал приказ, угрожавший начальникам обоих конфликтующих ведомств: «За препирательства, ссоры… буду преследовать всеми имеющимися в моем распоряжении мерами, вплоть до смещения с занимаемой должности и предания суду».

Не менее красноречивые факты приводятся в докладе главного начальника Самаро-Уфимского края А.В. Колчаку от 18 апреля 1919 г. В нем говорится, что в первые дни после взятия белыми Уфы в марте 1919 г. «каждый полк в Уфе имел свою контрразведку, производя обыски и аресты, причем никаких дознаний не производилось». Потом был организован единый контрразведывательный пункт при начальнике гарнизона города, который арестовал по подозрению в причастности к большевизму 1416 человек, из которых 23 были ликвидированы «при попытке к бегству». Попутно, однако, отметим, что подобные масштабы террора совершенно не удивительны, если учесть, что, по данным Особого отдела Департамента милиции, в той же Уфе большевики за несколько месяцев расстреляли свыше тысячи горожан, из них большую часть — накануне своего отступления.

Необходимость четкого разделения зон ответственности контрразведки и госохраны ясно осознавалась не только профессионалами. Об этом писал управляющий Забайкальской областью, видный кадет С.А. Таскин министру внутренних дел В.Н. Пепеляеву в докладе, сохранившемся в подлиннике: «Во избежание междуведомственных трений и недоразумений, считаю крайне необходимым циркулярное разъяснение взаимоотношений органов государственной охраны и военной контрразведки», которая «часто распространяет свою деятельность и на гражданское население… Разъяснение необходимо в том смысле, — уточнял автор, — что военная контрразведка действует только среди войск, все же сведения, добываемые ею по делам, относящимся к ведению государственной охраны, она обязана незамедлительно сообщать в государственную охрану». В частности, он предлагал изъять из подчинения контрразведке пограничные паспортные пункты и подчинить их госохране, а с целью поднятия престижа последней законодательно наделить ее чинов всеми привилегиями государственной службы (в этом месте имеется собственноручная приписка В.Н. Пепеляева на полях доклада: «К чинам охраны не относятся филеры и секр[етные] агенты. В. Щепеляев]»).