Однако сам факт учреждения органов государственной охраны на местах не всегда означал их фактическое развертывание, которое порой задерживалось как из-за нехватки кадров, так и острого дефицита средств. Сохранившиеся в архиве докладные записки управляющих губерниями и начальников губернских управлений государственной охраны буквально пестрят запросами на отпуск кредитов на содержание штатов, оборудование и т.п. Так, в Амурской области к формированию этой службы приступили 22 августа 1919 г., но 13 октября управляющий областью доносил, что государственная охрана в области «не функционирует», так как кредит на ее содержание до сих пор не открыт, и лишь 17 октября Особый отдел представил в финансовый отдел МВД расчеты на отпуск кредитов госохране Амурской и Забайкальской областей; лишь после этого, в конце октября областное управление госохраны в Благовещенске было открыто. Поскольку это было незадолго до падения белого Омска, можно заключить, что фактической деятельности госохрана Амурской области так и не развернула. Так и не был назначен ее начальник, за отсутствием профессиональных кадров обязанности которого временно исполнял по совместительству начальник областной милиции коллежский асессор В.П. Яниос, не успевавший справляться с ними, почему управляющий областью Прищепенко просил назначить начальником госохраны человека более свободного, пусть и непрофессионала, хотя бы прапорщика ОМОНа. Сохранилась любопытная телеграмма его в Департамент милиции: «Имеются сведения, [что] уполномоченным [по] охране государственного порядка предполагается атаман Кузнецов. Доношу, [что] атаман человек недалекий, вздорный, не будет отвечать назначению». Так и не была утверждена кандидатура начальника Семипалатинского областного управления госохраны, за неимением которого исполнение обязанностей было временно возложено на помощника начальника, по совместительству — председателя местной следственной комиссии коллежского советника И.П. Ильинского.

Даже в «столичной» Акмолинской области дело с комплектованием штатов госохраны обстояло неудовлетворительно: в начале октября 1919 г., за месяц до падения белого Омска, управляющий областью докладывал директору Департамента милиции, что, помимо областного управления госохраны, на местах реально функционируют лишь Петропавловское уездное управление и Куломзинский отдельный пункт (да и то оба были сформированы лишь летом, хотя Петропавловское управление и возглавил опытный профессионал — бывший жандармский ротмистр Журавский), тогда как учреждённые ранее Атбасарский и Кокчетавский отдельные пункты так и не были на практике сформированы. В том же месяце начальник областного управления госохраны полковник В.Н. Руссиянов рапортовал управляющему Особым отделом генерал-майору В.А. Бабушкину, что управление перегружено работой, только за два месяца (июль — август) основные его сотрудники — 4 помощника и 2 чиновника для поручений — расследовали 137 дел, и ходатайствовал об увеличении штатов.

Из-за начавшегося в мае — июне 1919 г. отступления колчаковской армии фактически не была сформирована государственная охрана в Уфимской губернии: ее управление начало комплектование штатов лишь после эвакуации в Златоуст, а затем в Челябинск в июле месяце (причем до этого времени начальник управления и его помощники два месяца жили в железнодорожном вагоне), а в процессе оставления Урала поступил приказ о его переводе в полном составе в Енисейскую губернию, где на его базе было развернуто местное губернское управление госохраны.

В свою очередь, управляющий Забайкальской областью С. Таскин в сентябре 1919 г. докладывал министру внутренних дел, что, несмотря на открытие в области управления государственной охраны с 1 августа, еще не получено от правительства «ни копейки денег», но тем не менее управление «сформировано и работает» благодаря энергии его начальника, жандармского профессионала полковника Л.А. Иванова, идет формирование уездных управлений и отдельных пунктов. За месяц до падения белого Омска, в начале октября 1919 г. управляющий Иркутской губернией П.Д. Яковлев сообщал, что из всех учрежденных по губернии отделений госохраны до сих пор сформированы управления в самом Иркутске, Нижнеудинске, Черемхово и Верхоленске (причем в двух последних — уже осенью), а также «в ближайшее время будут открыты» в Балаганске и Ангарске. Примерно тогда же управляющий Семипалатинской областью Зверев доносил, что в его области фактически действуют лишь два из учрежденных управлений — областное и Павлодарское уездное, да предполагается к открытию в октябре отдельный пункт в Зайсане.

Исходя из секретного характера деятельности государственной охраны, В.Н. Пепеляев предпочитал ее не афишировать. В этой связи характерна любопытная депеша вр.и.д. управляющего Особым отделом Департамента милиции Львова на имя начальника Алтайского губернского управления госохраны капитана (впоследствии подполковника) Н.И. Игнатова: «По дошедшим до Департамента милиции сведениям, Вашим распоряжением над помещением, нанятым для вверенного Вам управления, помещена обращающая на себя по размерам внимание вывеска «Алтайское губернское управление государственной охраны». Г[осподин] министр внутренних дел, узнав об этом, иронически отнесся к Вашему стремлению анонсировать себя в такой резкой форме. Об изложенном сообщаю для сведения» (впрочем, в ответном рапорте Игнатов отрицал наличие такой вывески и объяснял такие слухи сплетнями недоброжелателей).

31 мая 1919 г. и.о. управляющего Особым отделом Департамента милиции Львовым были утверждены «Правила о службе агентов наружного наблюдения», дополненные подробной инструкцией по производству наружного наблюдения на основе многолетнего опыта соответствующих подразделений дореволюционного Департамента полиции. (См. приложение 10.)

Проводя дознания по делам о государственных преступлениях, органы госохраны должны были руководствоваться статьей 1035 Устава уголовного судопроизводства (т. 16 Свода законов Российской империи издания 1914 г.), в которую были внесены соответствующие изменения.

Помимо прочего, в ней, как отметил историк С.П. Звягин, оговаривался порядок взаимодействия органов госохраны с милицией и прокуратурой. Так, помимо прокурорского надзора за ведением дознаний (§ 5), окружному прокурору предоставлялось и право возбуждения предварительного следствия по политическим делам (по итогам дознания, оконченные материалы которого направлялись ему, в соответствии с § 23), которое поручалось судебному следователю (§ 29). Дознания по особо важным делам могло вести лицо, специально назначенное для этого верховной властью, в присутствии прокурора судебной палаты. Обыск и арест производились также с санкции окружного прокурора (§§ 11, 14). Он же мог прекратить производство дознания в случае отсутствия состава преступления или необнаружения виновного, а при недостатке улик — запросить прокурора судебной палаты об отмене ареста (§ 25). При этом, если государственный преступник являлся военнослужащим, дознание по его делу вело военное ведомство (§ 7). При этом статья не регламентировала разграничения функций госохраны с контрразведкой. Постановление Совета министров «О правах и обязанностях чинов военной контрразведки по производству расследований» от 3 мая 1919 г., которое было принято почти в той же редакции, что и «Временное положение о правах и обязанностях чинов сухопутной и морской контрразведывательной службы по производству расследований», со своей стороны не регламентировало взаимодействие с органами госохраны. В документе лишь сказано, что начальники отделений и пунктов, их помощники и классные чины имели право производить обыск и предварительный арест заподозренных лиц при содействии милиции на основании ордера, выданного их начальниками.