Несмотря на истощение, новгородские жители еще не примирились с потерей независимости. В 1479 г. благожелатели Ивана сообщили ему, что новгородцы тайно ведут переговоры с Казимиром, который готовится к войне с Москвой, и побуждают хана Золотой Орды напасть на великого князя. Приблизительно в это же время между Иваном и его братом возникли разногласия, так что время для восстания в Новгороде казалось благоприятным. Иван оценил важность момента и не проявил мягкотелости. Он спешно отправился в Новгород 26 октября всего лишь с тысячей воинов, приказав своему сыну максимально быстро собрать войско и следовать за ним. И хотя на всех дорогах были поставлены дозоры, чтобы не допустить утечки информации об этом в Новгород, в городе узнали, что Иван спешит, чтобы нанести ему удар, и немедленно подняли восстание. Население торопилось укреплять стены; были выбраны посадник и тысяцкий; вновь стало собираться вече. Узнав об этом, Иван остановился на две недели в Бронницах, где ждал, пока к нему подойдут новые войска. Потом он осадил Новгород. Осада была недолгой. Снова начались ожесточенные споры двух группировок и бесконечные измены. Многие перешли на сторону великого князя. Московские пушки разрушали стены, а помощи ждать было неоткуда.

Новгородцы пытались вести переговоры и просили охранную грамоту. Иван отказался, сказав: «Я сам – безопасность для всех, кто ее заслуживает. Открывайте ворота! Когда я войду, я не обижу ни одного невиновного». И они открыли ворота города. Архиепископ и духовенство с крестами в руках, избранные власти, бояре и толпа людей вышли навстречу великому князю и умоляли о прощении. Иван получил благословение архиепископа и сказал, что пришел с миром ко всем невиновным, и пошел молиться в собор. Затем он остановился в доме нового посадника, а уж потом приступил к наказанию.

Новгородцы восстали по глупости, не подумав, что в случае поражения утратят и те немногие привилегии, за которые уже отдали столь многое несколькими месяцами ранее. На этот раз, когда восстание закончилось, Иван отнесся к этим людям как к бунтовщикам и изменникам. Сначала он приказал схватить и пытать главных вожаков. Они заявили, что к восстанию присоединился архиепископ. Иван велел схватить архиепископа и отправить его в Москву. Его богатства – драгоценные камни, золото и серебро – были переданы в казну, и вместо виновного архиепископом стал монах Сергий. Более сотни активных бунтовщиков были казнены, а их имущество было конфисковано. Иван не считал себя связанным ранее данным обещанием не переселять людей из Новгорода на восточные земли и воспользовался этой возможностью, чтобы предотвратить какие-либо восстания в будущем и сломить давнюю гордыню Господина Великого Новгорода.

На восточные русские земли в тот год он переселил тысячу купеческих семей и потомков бояр. Семь тысяч семей простых людей были переселены в Москву и другие большие и малые города. Вместо прежних жителей он отправил в Новгород москвичей. В последующие годы это переселение продолжилось. Дома и земли, отнятые у новгородцев, были отданы переселенцам из Москвы. Благодаря такому перемещению людей изменилось все население. Новгородцы, вывезенные в восточные русские земли и рассеянные по разным городам и весям, уже не могли сохранять свои былые привычки и дух и вскоре растворились среди своих соседей. Многочисленные переселенцы из Москвы привезли с собой новые представления и обычаи и стали опорой нового порядка. Разумеется, такие перемены сопровождались определенными убытками, и ассимиляция новгородцев и москвичей обошлась недешево.

Так закончилось полунезависимое существование Великого Новгорода, которое длилось в той или иной форме более пятисот лет. Падение города колоссально увеличило мощь и престиж Москвы. Иван стал значимой фигурой даже среди коронованных особ Европы и теперь счел себя достаточно сильным, чтобы бросить вызов монголам и покончить с унизительным рабским игом. Существовал обычай: когда из Орды приезжало посольство с портретом хана в качестве доказательства полученных от него полномочий, великий князь должен был выходить к нему навстречу, простираться ниц, предлагать чашу кумыса и расстилать соболью шкурку под ногами человека, зачитывавшего письмо хана. Письмо это выслушивалось в коленопреклоненной позе. В летописи утверждается, что Иван теперь не только отказался простираться ниц, когда приехало посольство от хана Ахмеда, но и схватил портрет хана, стал топтать его ногами, приказал убить всех послов, кроме одного, которому велел вернуться к своему господину и сообщить ему обо всем, что видел и слышал, а также сказать хану, что если тот еще потревожит Русь, то получит по заслугам.

Однако более вероятно, что король Казимир, боявшийся такого колоссального наращивания силы, науськал Ахмеда на Москву, пообещав лично оказать помощь. Но на этот раз союзники упустили нужный момент. Восстание в Новгороде и ссора Ивана со своими братьями давали благоприятную возможность для нападения на Москву, но государственная мудрость Ивана и богатые подарки, привезенные в Орду ловкими послами, помешали хану действовать быстро, и поэтому великий князь сумел и подчинить себе Новгород, и решить внутренние проблемы, а затем, когда настал нужный момент, выслал сильное войско навстречу наступающим монголам. Между крымским ханом Менгли-Гиреем и Иваном существовала крепкая дружба, но между Гиреем и ханом Золотой Орды Ахмедом царила жестокая вражда. Теперь Иван воспользовался этой враждой и заключил с Гиреем союз против Ахмеда.

В июле 1480 г. Иван выехал из Москвы, чтобы присоединиться к своим войскам в Коломне, пока его сын Иван с другим войском стоял в Серпухове, а его брат Андрей – в Тарусе.

Ахмед выступил в поход с большим войском в направлении Оки, но, узнав по пути, что главные переправы обороняет московское войско, он пошел на запад и после пересечения границы литовских земель подошел к реке Угре, являвшейся границей московских земель. Иван вовремя узнал об этом маневре, а его сын и брат сумели дойти до Угры раньше монголов и захватить главные броды и переправы. Тем временем великий князь отправился из Коломны в Москву, которая готовилась к осаде на тот случай, если монголы переправятся через реку и нападут на город. Во главе населения стояла мужественная мать великого князя. Чуть раньше она стала монахиней и получила имя Марфа, но теперь она пожелала остаться в городе, чтобы поддерживать и вселять мужество в других. Среди выдающихся людей, оставшихся в городе, были князь Михаил – двоюродный дед Ивана, митрополит Геронтий, духовник Ивана Вассиан и наместник Ивана – князь Каев. Но свою жену Софью великий князь отослал вместе с казной и свитой в Белозерск и приказал отвезти ее еще дальше, даже к самому океану, если Москва будет захвачена.

Когда великий князь подъехал к столице, деревенские жители перебрались в Москву после того, как сожгли все вокруг нее, – так делали всегда, чтобы помешать осаждавшим. Многие были недовольны возвращением Ивана. Им не понравилось, что он оставил главное войско. Его исповедник смело заговорил с ним и обвинил его в страхе и робости, произнеся слово «беглец». Он даже послал письмо, в котором взывал к гордости князя, чести и честолюбию: «Наш долг говорить правду царям. И то, что я уже сказал тебе, могущественнейшему из государей, сейчас пишу в надежде укрепить твою волю. Когда ты выступил в поход, тронутый просьбами митрополита и самых высокопоставленных людей сразиться с врагом христиан, мы молили Бога даровать тебе победу. И вот мы узнаем, что при приближении жестокого Ахмеда, убившего столь многих христиан, ты склонился перед ним и попросил мира, в котором он с презрением тебе отказал. Князь! Чьи советы ты слушаешь? Наверняка они недостойны называться христианами. С каких высот величия ты еще не спустился? Ты позволишь предать Русь огню и мечу, отдать ее церкви на разграбление, а свой народ – мечам монголов? Какое сердце выдержит такое бедствие? Где ты будешь править, принеся в жертву народ, который Бог доверил тебе? Разве ты умеешь летать, как орел, и вить гнездо высоко среди звезд? Господь сбросит тебя вниз. Но ты же не бросишь нас, не окажешься трусом и изменником. Наберись храбрости – ведь нет Бога, подобного нашему. Жизнь и смерть – в его руках. Вспомни о славе своих предков – Владимира Мономаха – устрашителя половцев, и Дмитрия, победившего монголов на Дону. Он смело встретил Мамая, несмотря на свою клятву верности. Мы освободим тебя от клятвы, вырванной силой: нарушение верности, которое спасет империю, предпочтительней верности, которая приведет ее к гибели. Господь дарует тебе славное правление – тебе, твоим сыновьям и сыновьям твоих сыновей из поколения в поколение. В прошлом ты одерживал победы над неверными, но вот что говорит апостол: «Тот, кто выстоит до конца, будет спасен». Не вини меня за мои ничтожные слова, ведь написано: «Наставь премудрого, и он станет еще мудрее». Да будет так. Прими наше благословение – ты и твои сыновья, твои бояре и твои храбрые воины – дети Иисуса Христа. Аминь!»