Поскольку осажденный город защищался до последнего, то для командира победителей было в порядке вещей дать своим людям три дня на его разграбление. Последовали обычные зверства, обычные резня, четвертование и сажание на кол, обычное осквернение церквей и изнасилования молодых людей обоих полов; необычным был только полный разгул мародерства. Никосия была богатым городом, где было в изобилии сокровищ, церковных и светских, западных и византийских. Потребовалась целая неделя, чтобы все золото и серебро, драгоценные камни и эмалированные раки, украшенные драгоценностями ризы, бархат и парча были погружены на повозки и увезены из города — самая богатая добыча, доставшаяся туркам со времени захвата самого Константинополя более ста лет назад.

Так как он и его армия возвращались на побережье, Мустафа оставил гарнизон из 4000 янычар, чтобы вновь укрепить город. Он все еще ждал, что венецианцы придут на помощь; если бы они пришли, то вполне могли бы попытаться отбить Никосию. Однако тем временем сам он не собирался отказываться от наступления. Уже 11 сентября, два дня спустя после падения Никосии, он послал гонца к командирам Фамагусты с призывом сдаться и с головой Николо Дандоло в чаше, в качестве дополнительного стимула. Настанет и их черед.

Хотя Мустафа-паша едва ли ожидал, что его ультиматум произведет желаемое воздействие и что Фамагуста сдастся без боя, тем не менее он должен был проклинать ее командиров за их упрямство. Даже Никосия причинила ему больше трудностей, чем он рассчитывал; но Фамагуста обещала стать действительно серьезным испытанием. Старые укрепления были снесены в конце предыдущего столетия и заменены совершенно новыми крепостными стенами, в которых соединились все последние достижения военной архитектуры; и сейчас город был, судя по всему, неприступным, насколько это возможно. Правда, за этими грозными стенами было мало защитников: около 8000 человек, по сравнению с турецкой армией, которая вместе с новыми отрядами, прибывающими каждые несколько недель с материка, возможно, к настоящему времени насчитывала немногим меньше тех 200 000 человек, которыми Мустафа похвалялся перед Дандоло. С другой стороны, у защитников были Брагадино и Бальони, два превосходных командира, которых они уже уважали и которых полюбили еще больше во время последовавших суровых испытаний.

Армия и флот, нагруженные награбленными в Никосии сокровищами, прибыли к Фамагусте одновременно 17 сентября, и осада сразу же началась. Благодаря отваге и предприимчивости уже упомянутых двух командиров боевые действия были гораздо более активными, чем в Никосии. Защитники делали частые вылазки за стены и даже иногда устраивали сражение прямо в турецком лагере. Осада длилась всю зиму, венецианцы не показывали ни единого признака слабости; более того, в январе их боевой дух, а также ресурсы значительно выросли, так как прибыло пятнадцать сотен подкрепления, с оружием и боеприпасами, под командованием Марко и Маркантонио Кверини, которым удалось прорваться через ослабевшую турецкую блокаду. В апреле количество запасов продовольствия стало давать повод к беспокойству; но Брагадино достаточно разумно решил проблему, выселив 5000 «лишних ртов» из числа гражданского населения и отправив их искать убежища в соседние деревни. К концу апреля Мустафа изменил тактику, приказав армянским саперам выкопать огромную сеть траншей на юге. Так как численность саперов достигала около 40 000 человек и в дальнейшем был дополнительно использован принудительный труд местных крестьян, работа продвигалась быстро: к середине мая была перекопана вся территория на расстоянии трех миль от стен, рвов было достаточно, чтобы вместить всю осаждающую армию, и они были настолько глубоки, что по ним могли скакать кавалеристы верхом, а наблюдателям со стен Фамагусты были бы видны только верхушки их пик. Также турки построили десять осадных башен, постепенно приближающихся к городу, с которых они могли обстреливать защитников внизу. Оттуда 15 мая начался заключительный обстрел.

Венецианцы сопротивлялись мужественно и решительно. Снова и снова их собственная артиллерия уничтожала целые пролеты турецких осадных башен, но тщетно; несколько сотен солдат принимались за работу, и к утру башни снова были как новые. Неделя тянулась за неделей, и постепенно защитники стали отчаиваться. Надежда на мощную венециано-испанскую подмогу, которая поддерживала их дух на протяжении зимы и весны, вскоре ослабела. Запасы пороха заканчивались; еды оставалось еще меньше. К июлю все лошади, ослы и кошки в городе были съедены; не осталось ничего, кроме хлеба и бобов. Из защитников осталось только 500 человек, которые еще были способны держать в руках оружие, но и они валились с ног от усталости и недосыпа. 29 июля турки начали еще один всеобщий штурм, уже пятый по счету. Христиане сдержали их, но это стоило им потери двух третей защитников убитыми или ранеными. И даже тогда Мустафе не удалось ворваться в город; но той ночью венецианские генералы внимательно осмотрели укрепления и оставшиеся запасы продовольствия и боеприпасов и поняли, что больше не смогут продержаться. Сдавшись добровольно, они еще могли, согласно принятым правилам войны, избежать резни и разграбления, которые в противном случае были бы неизбежны. На рассвете 1 августа над бастионами Фамагусты развевался белый флаг.

Условия мира были на удивление великодушными. Всем итальянцам было позволено отплыть на Крит с поднятыми знаменами, а также всем тем грекам, албанцам или туркам, которые пожелали бы к ним присоединиться. Во время этого путешествия они не должны будут подвергаться нападению турецких кораблей, которые, напротив, предоставят им любую помощь, какая потребуется. Грекам, которые пожелали бы остаться, была гарантирована личная свобода и неприкосновенность собственности, а также предоставлялись два года, чтобы решить, оставаться ли на постоянное жительство или нет; тем из них, которые впоследствии захотят покинуть остров, будет предоставлена охрана до той страны, которую они выберут. Документ, в котором излагались все эти условия, был подписан лично Мустафой и запечатан печатью султана; затем он был отправлен Бальони и Брагадино с сопроводительным письмом, содержащим похвалы их мужеству и отличной защите города.

В течение следующих четырех дней приготовления к уходу из крепости проходили достаточно спокойно. Выло предоставлено продовольствие, и, за исключением нескольких незначительных происшествий, отношения между европейцами и турками были дружелюбными. 5 августа Брагадино послал Мустафе предложение о встрече, чтобы официально вручить ключи от Фамагусты; пришел ответ, что генерал был бы счастлив его принять. Надев пурпурную мантию, соответственно его должности, Брагадино отправился на встречу тем же вечером, в сопровождении Бальони и группы старших офицеров, с эскортом из итальянских, греческих и албанских солдат. Мустафа принял их со всей возможной учтивостью; затем внезапно его лицо омрачилось и поведение изменилось. Со все возрастающей яростью он начал бросать беспочвенные обвинения христианам, стоящим перед ним. Он кричал, что они убивали турецких пленников, что они утаили военное снаряжение, вместо того чтобы передать его туркам согласно условиям капитуляции. Внезапно Мустафа выхватил кинжал и отсек Брагадино правое ухо, приказав слуге отрезать другое ухо и нос. Затем, повернувшись к своей охране, он приказал им казнить всю прибывшую группу христиан. Асторре Бальони и командующий артиллерией Луиджи Мартиненьо были обезглавлены. Одному или двум удалось спастись; но большинство было зверски убито, вместе с несколькими другими христианами, которым не посчастливилось оказаться в пределах досягаемости. В конце концов головы всех тех, кто был убит, были свалены в кучу перед шатром Мустафы. Говорили, их было всего 350.