Первоначально было предложено, чтобы в комиссию вошли 4 члена Компартии Литвы, выступавшие за ее отделение от КПСС, и 4 члена, выступавшие против этого шага. Некоторые члены ЦК стали выступать против включения в состав комиссии Бразаускаса и других сторонников отделения. Заместитель министра иностранных дел СССР Никифоров, первый секретарь Адыгейского обкома Джаримов предложили исключить из партии Бразаускаса, Березова, Палецкиса.

Против таких мер выступил Б.Н. Ельцин, заявив: «Нельзя не считаться с реальной обстановкой в Литве. Надо искать выход из положения с учетом этого и необходимости консолидации, объединения всех демократических сил. Если будет нажим на республику, принуждения и исключения, тем более какие-то крайние меры, они могут еще более восстановить население республики против Центра, против Москвы. Надо поехать в Литву Горбачеву, Шеварднадзе, Маслюкову. Главное — не расколоть страну. Поддерживаю доклад Горбачева».

В заключение выступил Горбачев. Он сказал: «Предлагаю, одобрив доклад, отложить принятие окончательных решений. Но после Пленума группе членов Политбюро и членов ЦК, включая Генерального секретаря, выехать в Литву для встреч с коммунистами и трудящимися республики. А по возвращении вновь обсудить этот вопрос и принять необходимые решения». Фактически ЦК КПСС опять ушел от решения ключевых вопросов в отношениях с Прибалтикой.

В середине января 1990 года М.С. Горбачев выехал в Литву, где провел два дня на совещаниях и встречах. К этому времени от руководства Компартии Литвы отделились противники раскола, создавшие ЦК «на платформе КПСС». Выступая 13 января на партийном активе, Горбачев признавал разгул сепаратистских настроений в Литве: «Пущены в ход такие большие понятия, как «свобода», «независимость», «самостоятельность»… Причем это стало своеобразным тестом: ты — за свободу или против? Ты — за самостоятельность или против? Ты — за независимость? Ты — за независимость или нет? Если да, ты наш человек. Если начинаешь размышлять по этому поводу, уже надо подумать, наш ли… Вот лежат передо мной письма, записки, в которых приводят факты таких высказываний: вот, мол, вы нас 70 лет оккупировали, так теперь, мол, мы вас проучим и т. п…. Если… этот бытовой национализм… войдет в политику… тогда, товарищи, нас ждут худшие времена».

В качестве выхода из кризиса Горбачев предлагал «изменить все — и федерацию, и КПСС — так, чтобы то, что вы хотите, могли решать… Я уверен, что, если мы выйдем на такое понимание федерации и новой роли КПСС, ее внутреннего построения и взаимоотношений всех звеньев КПСС, это удовлетворит всех… Давайте стараться услышать друг друга. Давайте использовать шанс для совместного размышления… Сегодня надо быть и очень ответственными, и очень решительными в достижении наших целей».

Однако эти «решительные» слова на деле прикрывали готовность Горбачева выполнять мальтийские договоренности. Бывший член Бюро ЦК Компартии Литвы Юозас Ермолавичюс вспоминал позже: «В январе 1990 года, когда Горбачев приезжал к нам и встречался с членами Бюро ЦК Компартии Литвы, я понял, что он отлично знает механизм разрушения Советского Союза. И чем дальше, тем больше я убеждался, что он ведет себя таким образом, чтобы не помешать действию таких механизмов. Более того, сам действует в соответствии с той же реакционной логикой международного антикоммунизма, под управлением тех же зарубежных сил. Нам в Литве особенно хорошо была видна его игра. Как в кукольном театре: артисты и режиссеры за океаном дергают за ниточки, а марионетки у нас дома повторяют все их замыслы по разрушению государства».

Очевидно, что эти хитрости Горбачева разгадал не только Ю. Еромолавичуюс, но и руководители национал-сепаратистов. Они не воспринимали всерьез болтовню Горбачева о реформе КПСС и СССР, не желали его слушать и «размышлять» вместе с ним. Они уже давно устремились прочь из КПСС и СССР и на всех парах мчались на Запад. И они были очень «решительными» в движении к своим целям.

19 января 1990 года один из лидеров «Саюдиса» В.Ю. Чепайтис на страницах западногерманской газеты «Ди Вельт» утверждал, что лишь три народа Советского Союза — эстонский, литовский и латвийский — прошли фазу национального самоопределения и современной государственности в 20–30-х годах, а поэтому имеют право на первоочередное вселение в общеевропейский дом». Видимо, по мнению В.Ю. Чепайтиса, фашистские режимы Сметоны, Пятса, Ульманиса, существовавшие тогда в Прибалтике, в наибольшей степени соответствовали современному уровню развития демократии в Европе. Чепайтис призывал не бояться падения Советского Союза и доказывал, что развал Советской страны пойдет на благо «европейского дома».

Осуждение Яковлевым и II Съездом народных депутатов СССР предвоенной политики СССР вдохновляло сепаратистов. В программе «Саюдиса», опубликованной перед выборами в Верховный Совет Литовской ССР, 24 февраля 1990 года, говорилось, что «в 1940 году СССР нарушил двухсторонний договор и совершил агрессию против Литовской республики, свергнул законное ее правительство, насильственным и сфабрикованным голосованием создал Народный сейм. Последний, присвоив суверенные права нации, провозгласил декларации, послужившие прикрытием для аннексии Литвы, ее инкорпорации в состав СССР, превращения ее жителей в граждан СССР». Как подчеркивалось в заявлении «Саюдиса» о восстановлении государственности Литвы, «литовское государство в 1940 году было насильственно и незаконно включено в состав Советского Союза».

После этого, как констатировала предвыборная программа «Саюдиса», «в 1941–1944 годах Литва была оккупирована армией Германии». В обзоре исторических событий это происшествие не вызвало никаких комментариев. Видимо, по сравнению с «агрессией СССР 1940 года» события 1941–1944 годов не стоили внимания, и создавалось впечатление, что ничто не затронуло интересы литовского парода в эти годы.

В результате разгрома вермахта, говорилось в программе, «в 1944 году армия СССР снова оккупировала Литву, а по завершении войны оккупации не прекратила. Необъявленной войной против литовского народа СССР уничтожил его усилия возродить государство Литва». Из этого заявления следовало, что те, кто с литовской стороны вел «необъявленную войну» против частей Советской Армии после изгнания немцев из Прибалтики, якобы прилагали «усилия возродить государство Литва», с которыми и солидаризировался теперь «Саюдис».

В заявлении сейма «Саюдиса» о восстановлении государственности Литвы было подчеркнуто, что «литовское государство, восстановленное 16 февраля 1918 года, сохранило юридическое признание своей независимости». Судя по этому заявлению, «Саюдис» является идейным и политическим преемником тех же сил, которые стояли у истоков «литовского государства», провозглашенного в тот зимний день, то есть пособников кайзеровских оккупантов.

На выборах в Верховный Совет Литовской ССР «Саюдис» одержал убедительную победу, получив 119 мандатов из 141. Лишь 23 места получила Компартия Литвы во главе с Бразаускасом. Председателем Верховного Совета был избран В. Ландсбергис.

11 марта 1990 года на заседании Верховного Совета Литовской ССР было принято решение о провозглашении независимости Литвы. После оглашения результатов голосования по этому решению герб Литовской ССР, закрепленный на задней стене зала заседаний, по чьему-то сигналу стали медленно закрывать занавесом. А когда заседание закончилось, герб был сорван, брошен на мостовую и депутаты толпой прошлись по металлическому изображению, попирая его ногами. Это тщательно отрежиссированное (а возможно, и не раз отрепетированное) действо, которое должно было, видимо, продемонстрировать «тонкий» «европейский» вкус и молчаливое отречение от советского строя, напоминало ритуал из языческого прошлого литовцев.