Началась запоздалая эвакуация Омска. Стоявший там чешский полк покинул город одним из первых, уже 5.11. Дипломатический корпус предложил Колчаку взять под международную охрану золотой запас. Верховный Правитель ответил отказом, заявив, что золото принадлежит России и другим державам передано быть никак не может. Столица переносилась в Иркутск, 10-го туда выехал совет министров. Его председатель Вологодский также подал в отставку. Этот пост занял В. Н. Пепеляев, бывший член Государственной Думы, видный деятель кадетской партии. После Февральской революции он был комиссаром Временного правительства в Кронштадте, где арестовывался матросами, потом пошел добровольцем на фронт. В 1918 г. — председатель восточного отдела ЦК кадетской партии, стал одним из главных организаторов переворота в пользу Колчака. Служил директором департамента милиции, затем принял портфель министра внутренних дел.

В 6 км от Омска строилась линия обороны. Командование ею было поручено ген. Войцеховскому. Позиция здесь была очень выгодной: излучены Иртыша суживали фронт, прикрытый с флангов рекой и болотами. Но сражения под Омском не произошло. Занимать позиции было некому. Отступление приняло необратимый характер. Последнее двухмесячное сражение и поражение в нем окончательно лишили остатки войск боеспособности. Положение усугубили природные условия. Из-за осенних дождей разлился Иртыш, в Омске началось наводнение. Нижнюю часть города залило, улицы стали реками. В отступающих частях, видящих пути отхода отрезанными, началась паника. А 12.11 внезапные сильные морозы сковали реку льдом. И началось повальное бегство за Иртыш. Одновременно позиция перед Омском стала уязвимой — теперь красным ничего не стоило обойти ее. Воссоздавшийся было фронт рухнул. Эвакуация все больше приобретала характер общего бегства. Стремились уехать не только служащие белых учреждений или «буржуи», но и мирные обыватели, рабочие.

Колчак был в Омске до последнего, 12-го он отправил эшелон с золотым запасом, а сам покинул город в ночь на 13.11. Днем через город потекли арьергарды белых войск, а 14.11 без боя вступили красные. После взятия Омска Восточный фронт был ликвидирован. Преследование Колчака возлагалось на одну 5-ю армию. Из состава 3-й ей передавались 30-я и 51-я дивизии (по 16 полков в каждой!), а остальные части и армейское управление перебрасывались против Деникина. Многие участники событий и мемуаристы впоследствии осуждали Колчака за то, что он до последнего тянул с эвакуацией Омска и заблаговременно не отвел армию на восток. Конечно, это могло бы иметь определенные выгоды, но при этом забывается, что обстановка в Сибири была крайне сложной, и сдача столицы по своим последствиям представлялась (и явилась в действительности) далеко не равнозначной потере очередного населенного пункта.

Кругом зрели заговоры и восстания. Подпольная возня достигла такого размаха, что обо многих заговорах было хорошо известно и контрразведке, и омскому правительству. Так, уволенный ген. Гайда, человек склочный и злопамятный, еще летом при проезде через Иркутск вел переговоры с местными земцами и эсерами о перевороте. Тогда иркутяне осторожно отказались, и Гайда осел во Владивостоке, продолжая подрывную деятельность. Там же, во Владивостоке, осенью стали сосредоточиваться эсеры, планирующие свергнуть Колчака и созвать Земский Собор для установления новой власти. Ген. А. Будберг писал:

"Слепенькие эсерчики усердно работают на пользу Ленина со товарищи: они воображают, что, свалив Омск, они сделаются властью".

Намечались восстания в Иркутске и Новониколаевске (Новосибирске), велись переговоры с чехословаками и Гайдой. О заговоре были прекрасно осведомлены союзные миссии. Представители Англии и Америки извещали свои правительства о скором падении Колчака и создании в Сибири «демократической» власти. Заместитель верховного комиссара Великобритании О. Рейли обсуждал с заговорщиками детали нового правления. Эсеровские главари неоднократно входили в контакты с союзниками, стараясь привлечь их симпатии своей «народностью» и «демократичностью», обрабатывая их против «реакционера» Колчака. Сибирская игра иностранцев все больше приобретала двурушнический характер.

Атаманские режимы Читы и Хабаровска тоже с нетерпением ожидали падения Омска. И тоже с целью дорваться до власти. Намечали автономию Дальнего Востока под руководством Семенова и негласным протекторатом Японии. Большевистская угроза представлялась за Байкалом чем-то далеким, нереальным. Даже зная обо всем этом, омское правительство не могло принять сколько-нибудь решительных мер. Все оставлялось "на потом", внимание сосредоточивалось на фронте. Да и развитие заговоров во многом зависело от фронтовой обстановки. Первое открытое выступление случилось во Владивостоке уже в ночь на 2 октября. Но ген. Розанов, несмотря на протесты ряда союзных представителей, ввел в город войска, и заговорщики тут же утихомирились. Однако это были еще цветочки. Сигналом для большинства недовольных послужило падение Омска.

В ночь с 17 на 18.11 опять поднял мятеж Гайда. Базируясь на станцию Океанская, он во главе чешско-русского отряда двинулся во Владивосток. Розанов, собрав имеющиеся в его распоряжении силы — гардемаринов, юнкеров, офицерскую школу, — нанес ему поражение. Гайда был ранен и скрылся. Восстал гарнизон Новоникола-евска под командованием полковника Ивакина, требуя мира от большевиков и созыва сибирского Учредительного Собрания. Этот бунт тоже удалось еще подавить — польские легионеры, охранявшие Новониколаевский участок Сибирской магистрали, в отличие от чехов, настроенные по-боевому, разогнали мятежников и заставили сдаться. 33 человека (участвовавшие в восстании офицеры) по приговору военно-полевого суда были расстреляны.

Но основной нарыв зрел в Иркутске. Здесь 12.11 на Всесибир-ском совещании земств и городов был образован Политцентр из эсеров, меньшевиков, представителей земств и кооперативов. В программу Политцентра вошли замена военного управления гражданским и установление в Сибири независимой демократической республики. Губернатор Яковлев, ярый сибирский самостийник, никаких мер против Политцентра не принял. Он и сам склонялся к разрыву с Колчаком. Министров встретил более чем холодно, а эшелоны с беженцами из Омска и служащими учреждений приказал вообще не пускать в Иркутск, а размещать их по окрестным деревням. Яковлев вступил в переговоры не только с Политцентром, но и с большевиками на предмет компромиссного окончания гражданской войны в здешних краях. Естественно, в контакты с большевиками вступил и Политцентр. Коммунисты в его состав войти отказались, но заключили соглашение о сотрудничестве и принялись совместно разлагать части местного гарнизона, формировать из шахтеров и рабочих боевые дружины. Правда, с самого начала можно было отметить одну особенность этого сотрудничества — пока другие партии и политические течения спорили о деталях будущих структур власти и принципах гипотетической республики, коммунисты расставляли своих людей на командные должности вооруженных дружин и отрядов.

Сибирская эвакуация быстро превращалась в массовую трагедию. Поначалу беженцы из Омска подверглись жестокому шантажу железнодорожников. Едва отъехав на расстояние, гарантирующее безнаказанность, поездные бригады ставили ультиматум пассажирам, отказываясь везти дальше: платить «контрибуцию» или выгружаться. Этот грабеж повторялся на каждой последующей станции. Продвижение по железной дороге, забитой пробками эшелонов, шло еле-еле. Состояние путей и подвижного состава оставляло желать лучшего. Нередко случались аварии. Даже литерный "золотой эшелон" потерпел крушение, столкнувшись с другим поездом. Но дальше пошло еще хуже. Участок магистрали от Новониколаевска до Иркутска охраняли чехословаки, ставшие полными хозяевами на дороге. Еще до падения Омска был составлен, а 15.11 обнародован меморандум чешских руководителей о том, что пребывание их армии в России бесцельно, "противоречит требованиям справедливости и гуманности". Утверждая, что "под защитой чехословацких штыков" русская реакционная военщина творит преступления, заключалось, "мы сами не видим иного выхода из этого положения, как лишь в немедленном возвращении домой". А через 3 дня был отдан приказ по чехословацкой армии: приостановить отправку русских эшелонов и ни в коем случае не пропускать их за ст. Тайга (рядом с Томском), пока не проедут все части чехов. Открыто провозглашалось: "Наши интересы выше всех остальных".