Хотя двигатель R II-211 все ещё не был готов, доводка Ме 163В продолжалась. В частности, зимой 1942/43 гг. конструкторы группы Липпиша совместно с пилотами из EKdo 16 работали над новой посадочной лыжей из стали. Также было введено управляемое хвостовое колесо, велась доработка посадочных щитков. Попутно решались проблемы с обеспечением прозрачности фонаря — этот дефект проявлялся не только на Ме 163, но и на других самолетах. Шлёте, попытавшись разобраться в причинах плохой прозрачности фонарей, пришел к выводу, что виноват несовершенный технологический процесс производства плексигласа на заводе «Коппершмидт унд Зонс» в Цолльхауз-Блумберге. Из-за этого в остеклении образовывались многочисленные пузыри. Проблема была настолько серьезной, что Шпёте в одном из своих рапортов отмечал: от её решения зависит судьба всего проекта Ме 163В! Потребовалось вмешательство самого Вилли Мессершмитта, чтобы заставить субподрядчика пересмотреть технологию. А всего-то пришлось уменьшить толщину фонаря с 8 до 6 мм — и прозрачность стала вполне удовлетворительной.

Вносились и предложения по более радикальной переработке проекта Ме 163В. Ввиду того, что самолет-бесхвостка имеет очень малый запас устойчивости, было предложено заменить киль вертикальным оперением Рудлицкого (типа «бабочка»). Липпиш совместно со Шпёте детально просчитали последствия таких изменений, и пришли к выводу, что перепроектирование оперения повлечет за собой полную переделку системы управления, усиление фюзеляжа, а значит — новое отставание по срокам. Поэтому усилия конструкторов сосредоточили на более насущных проблемах. Правда, Шпёте в одном из своих рапортов предложил в опытном порядке оборудовать один Ме 163В оперением Рудлицкого, но подрывать авторитет Липпиша, выступавшего против этого, не решились.

Помимо Me 163B(V2) двигатель R II-203b установили на ещё одном самолете — Me 163B(V8). Эта же машина получила и 20-мм пушки MG 151/20. Она рассматривалась в качестве образца для серийных Ме 163В, производство которых разворачивалось на заводе «Клемм» (правда, они должны были, наконец, получить ЖРД HWK 109509). Именно Me 163B(V8) послужил «фотомоделью» — его снимки вошли в первые инструкции по обслуживанию Ме 163В. Кроме того, появление второго моторного Ме 163В, пусть и не со штатным двигателем, позволило интенсифицировать испытательные полеты. Помимо летчиков ЕК 16 к ним привлекли двух гражданских летчиков-испытателей — Ганса Бойе (Hans Boye) и Бернарда Хоманна (Bernard Hohmann). Они, в частности, занимались калибровкой указателей числа Маха.

В апреле 1943 г. на повестку дня вновь встал вопрос изменения аэродинамической схемы Ме 163В. 14 апреля в Берлине, в институте DVL, состоялось специальное совещание, посвященное этому вопросу. После длительной дискуссии пришли к выводу, что производство Ме 163В зашло настолько далеко (ведется сборка первых 70 самолетов, заказано ещё 200 машин), что внесение столь серьезных изменений не представляется целесообразным. Весной 1943 г. также велись испытания навигационного оборудования Ме 163В и нового амортизированного пилотского кресла. Разработка последнего была инициирована врачом, доктором Шнейдером (Schneider), известным специалистом в области авиационной медицины, обследовавшим пилотов «Комет» с повреждениями позвоночника. Он предложил применить кресло с анатомическими очертаниями и специальным амортизатором. Амортизатор должен был поглощать энергию, не поглощенную амортизаторами посадочной лыжи. Разработкой амортизирующего устройства кресла занимался инженер Латшер (Latscher), взяв за образец амортизаторы. автомобиля «Фольксваген»!

Me 163 BV14 в конце 1943 года во время испытаний.

Me 163B на буксире, самолет не мог сам передвигаться по земле.

Нарастающие противоречия между Лип-пишем и Мессершмиттом привели 28 апреля 1943 г. к расформированию отдела «L» и уходу Липпиша. Официальной причиной стало отсутствие согласия последнего на постройку варианта Ме 163В с поршневым мотором (этот проект в Техническом отделе рейхсминистерства авиации обозначался как 8-334, и, в конечном итоге, так и не был реализован). Но на деле Мессершмитт на фоне неудачи с Ме 210 и затягиванием работ по Ме 262 пытался присвоить себе проект Ме 163, отодвинув Липпиша «в тень». Липпиш с частью сотрудников, работавших с ним ещё со времен DFS, перешел в Luftfahrtforschung Wien (Институт аэронавтики в Вене), где продолжил исследования самолетов-бесхвосток.

В мае 1943 г. рейхсминистерство авиации постановило, что предприятия «Мессершмитта» должны сосредоточиться на увеличении выпуска поршневых истребителей Bf 109 и Bf 110, в которых остро нуждалось люфтваффе. Постройку предсерийных Ме 163В под контролем специалистов «Мессершмитта» должен был завершить завод «Клемм» в Бёблингене, после чего это предприятие переходило к самостоятельной постройке серийных ракетопланов. К тому времени на «Мессершмитте» в различных стадиях сборки находилось 23 Ме 163В.

Двигатель HWK 109-509A вид спереди.

Двигатель HWK 109-509А. Длина: 2,5 м. Ширина: 0,9 м. Высота: 0,7 м. Объем камеры сгорания: 9 л.

Однако хозяин бёблингенского завода доктор Ганс Клемм (Hans Klemm) принципиально отказывался выпускать боевые самолеты — он слыл пацифистом и соглашался строить лишь учебные аэропланы для люфтваффе, дабы обеспечить работой своих сотрудников. 23 мая 1943 г. Клемма устранили от управления предприятием, назначив нового директора Венца (Wenz), лишенного «глупых пацифистских предрассудков».

Выпуск Ме 163В на фирме «Клемм» осуществлялось в широкой кооперации с другими предприятиями — отдельные узлы должны были поставлять фирмы «Флеттнер», «Фокке-Ахгелис», «Вольф Хирт», «Шемп унд Бизер». Топливные баки выпускались в Коттбусе, гидравлические амортизаторы — в Зонненберге, а, например, бронированную носовую часть фюзеляжа предполагалось изготавливать аж в Румынии. В самом Бёблингене находилось два предприятия «Клемм»: завод № 2 на ул. Зиндельфингерштрассе выпускала крылья и фюзеляжи, а окончательная сборка «Комет» осуществлялась на заводе № 1 на ул. Калверштрассе. Возрастание объемов производства требовало дополнительной рабочей силы, и на «Клемм» направили значительный контингент «остарбайтеров», в основном женщин. Но если сборку Ме 163В ещё можно было поручить низкоквалифицированным рабочим (благо, в технологическом отношении самолет был довольно простым), то для проведения летных испытаний серийных машин требовались опытные пилоты. Летом 1943 г. в EKdo 16 прошли подготовку три заводских летчика-испытателя — Фой (Voy), Першалл (Perschall) и Лам (Lam).