Первые 70 «Комет» как в документах люфтваффе, так и в заводской документации именовались Ме 163В-0. При этом многие из них получили и номера «V», свидетельствовавшие об их статусе прототипов. 23 самолета, выпущенных «Мессершмиттом», использовались для испытаний и исследований, но некоторые из них впоследствии передали в боевые части. 47 Ме 163В-0 собрала фирма «Клемм». Эти машины были гораздо ближе к серийному стандарту Ме 163В-1, чем к самолетам выпуска «Мессершмитта». Начиная с 47-й машины Ме 163В-0 вместо 20-мм пушек устанавливались 30-мм МК 108. На серий Ме 163В-0 применялись двигатели HWK 109–509 различных вариантов: предсерийные HWK 109-509А-0 и серийные HWK 109-509А-1, а несколько машин получили такие двигатели в самом раннем исполнении, являвшиеся, по сути, прототипами.

Выпускаемые заводом «Клемм» серийные самолеты Ме 163В-1 условно можно разделить на две производственные серии. Самолеты I серии отличались от Ме 163В-0 удлиненным фюзеляжем с другой хвостовой секцией (носовая секция выполнялась по технологии «Мессершмитта»), крылом т. н. «массовой продукции», другим составом радиооборудования (радиостанция FuG 16ZY вместо FuG 16Е, устройство опознавания «свой-чужой» FuG 25a,). Кроме того, доработке подверглась посадочная лыжа и механизм сброса взлетной тележки. Все самолеты получили двигатели HWK 109-509А-1. Самолетов I серии построили около 70. Вероятно, они получили серийные номера начиная со 191.

Истребители Ме 163В-1 II производственной серии полностью изготовлялись по технологии «массовой продукции» (как крыло, так и фюзеляж). Конструктивно они не отличались от машин I серии — различия были лишь технологическими. Выпущено порядка 300–330 самолетов II серии, получавших серийные номера начиная с 440.

Подготовка к серийному производству Ме 163В-1 на заводе «Клемм» началась в июне 1943 г., но первые машины были приняты люфтваффе только в марте следующего года. Параллельно с освоением выпуска Ме 163В-1 «Клемм» осуществлял сборку Ме 163В-0 из узлов, поставляемых «Мессершмиттом». Выпуск «Комет» был прекращен в конце декабря 1944 г. Причиной стала нехватка топлива для ЖРД Вальтера — все его запасы резервировались для перехватчиков Ва 349 «Наттер», развитие которых осуществлялось под контролем командования СС, обретшего в последние месяцы войны огромное влияние.

Ещё до боевого дебюта Ме 163В было очевидно, что поражение даже столь крупных целей, как «Летающие крепости» В-17, будет нелегкой задачей для пилотов ракетопланов. Из-за большой скорости сближения летчик Ме 163В располагал очень ограниченным временем для прицеливания и ведения огня. Испытания со стрельбой по конусу и буксируемым мишеням из дерева и полотна подтвердили результаты уже упоминавшихся нами теоретических расчётов: даже лучшие из существовавших в то время авиационных пушек были малопригодны для скоростных перехватчиков. Учитывая, что дальность прицельного огня MG 151/20 составляла 500 м, пилот Ме 163В располагал не более чем 4 секундами для ведения огня, поскольку уже с 200 м до цели приходилось отворачивать. За это время обе установленные на самолете пушки выпускали до половины боекомплекта. Учитывая скорость полета, радиус и время разворота «Комет» на большой высоте, было вполне очевидно, что повторный заход на ту же цель пилоту ракетного истребителя выполнить вряд ли удастся.

Кардинальное решение проблемы с применением обычного стрелково-пушечного вооружения не представлялось возможным: требовались более радикальные шаги. Одним из них стало создание лейпцигской фирмой «Хасаг» системы SG 500 «Егерфауст», в основу которой был положен однозарядный 50-мм гранатомет. Предполагалось установить на истребителе несколько таких гранатометов в вертикальном положении. Стрельба велась залпом при пролете под целью в автоматическом режиме — по сигналу фотоэлемента. Испытания «Егерфауста» первоначально проводились на самолете FW 190, в корневых частях крыла которого установили по четыре гранатомета. Пилотировал самолет лейтенант Густав Хаштель (Gustav Hachtel), а мишенями служили аэростаты заграждения. Результаты были признаны отличными — уже в одном из первых полетов в цель попали семь гранат из восьми!

Для испытаний SG 500 на ракетном истребителе выделили самолет Me 163B(V45) — один из предсерийных экземпляров производства фирмы «Клемм». На нем в корневых частях крыла установили по пять гранатометов, причем не строго вертикально, а с небольшим наклоном — с таким расчетом, чтобы траектории полетов гранат сходились в одной точке на некотором расстоянии от самолета. Стрельба велась залпами по пять гранат, когда расстояние от «Комет» до цели составляло 20–90 м.

После установки гранатометов Me 163B(V45) выполнил несколько пробных полетов, после чего должны были начаться стрельбовые испытания. От применения аэростатов заграждения в качестве мишеней в этот раз отказались — мишень подвесили между двумя высокими мачтами на краю аэродрома. Это дополнительно усложняло задачу для пилота — ведь атаковать следовало с предельно малой высоты. 24 декабря 1944 г. Хаштель занял место в кабине «Комета». Поскольку задача выполнялась практически в пределах аэродрома, самолет заправили только наполовину. Набрав высоту около 300 м, Хаштель включил фотоэлемент и приготовился к заходу на цель — но тут выпалили гранатометы, да так, что ударной волной сорвало фонарь кабины и очки с пилота. Хатшель едва смог посадить машину, причем посадка вышла очень жесткой, с несколькими «козлами», и пилот с травмой позвоночника угодил в госпиталь. Как оказалось, фотоэлемент среагировал. на облако над аэродромом! После доработки спускового механизма испытания SG 500 возобновили. Такими системами оборудовали в общей сложности 12 Ме 163В, но лишь однажды «Егерфауст» был применен в боевых условиях.

Другой попыткой усилить вооружение Ме 163В стало применение 55-мм неуправляемых ракет R4M класса «воздух-воздух». На этот раз инициатива шла, так сказать, снизу. В октябре 1944 г. группа IV/EJG 2 осваивала самолеты Ме 163А и Ме 163В на аэродроме Удетфельд. Обучение часто прерывалось из-за перебоев с поставками топлива. Во время одного из таких вынужденных перерывов командир отряда 13./EJG 2 Нимейер (Niemeyer) «одолжил» 24 ракеты R4M в другой части, также дислоцировавшейся в Удетфельде и летавшей на Ме 262. Для подвески ракет приспособили один из Ме 163А. Результаты испытаний были вполне удовлетворительными, но дальнейшего развития эта идея не получила.

Ещё одной «интересной» идеей, в общем-то типичной для последних месяцев существования Третьего рейха, стало приспособление Ме 163В для таранных атак. Для этого передняя кромка крыла «Комета» обшивалась стальным листом. Такой самолет должен был нанести удар по крылу или оперению вражеского бомбардировщика, а стальная обшивка Ме 163В должна была (теоретически) уберечь истребитель от повреждений. «Комет» с таким крылом в октябре 1944 г. испытывал в Аугсбурге Х. Диттмар, а его брат, большой энтузиаст таранных атак, даже был готов проверить идею на практике. По некоторым данным, он даже дежурил на аэродроме в специально подготовленном Ме 163В, дополнительно снабженном твердотопливными стартовыми ускорителями, но удобного случая атаковать противника так и не представилось.