Особое значение для «Комет» имело взаимодействие с наземными наводчиками, задачей которых было максимально точное выведение ракетопланов в район цели. Перспективным выглядело применение для этой цели наземных радаров, к 1943 г. уже достигших в Германии достаточно высокого уровня развития. К EKdo 16 прикомандировали специалиста в области радиолокации — обер-лейтенанта Густава Корффа (Gustav KirfE), а в составе испытательной команды сформировали соответствующее подразделение — «216-й отряд спецсвязи». Ознакомившись с Ме 163В, Корфф понял, что задача, поставленная перед ним — не из легких. То есть, радар цели-то видел — ими были большие группы вражеских четырехмоторных бомбардировщиков. А вот сопровождать сам перехватчик было крайне трудно — ведь Ме 163В с деревянными крыльями обладал очень небольшой эффективной площадью рассеяния. Для испытаний Корффу выделили самолет Me 163B(V8) — одну из предсерийных машин, оборудованных ЖРД R II-203b. Первоначально в качестве радара сопровождения попытались применить РЛС «Фрейя», но эта попытка провалилась — недостаточная решающая способность этого радара в сочетании с высокой скоростью перехватчиков приводила к значительным ошибкам и срыву наведения, при этом на повторный заход и организацию новой атаки топлива уже не оставалось. Корфф предложил использовать более совершенные радары «Вюрцбург» либо «Вюрцбург-Ризе». Одновременно он разработал план оборудования РЛС 15 аэродромов (трех в Нидерландах и 12 в Германии), предназначенных для базирования Ме 163В. На каждом из них предполагалось, помимо радара «Вюрцбург-Ризе», установить планшет воздушной обстановки «Зеебург». Реализация этого плана началась только в конце 1944 г.

Подготовка к боевому применению Ме 163В со всей остротой обнажила ещё одну проблему: после посадки самолет, не имеющий нормального шасси и возможности рулежки с применением собственного двигателя, оставался на ВПП, загромождая его. Применяемая при испытаниях процедура эвакуации «Комет» на стоянку занимала, как минимум, полчаса, что в боевых условиях было неприемлемым. Р. Опиц предложил создать специализированный тягач-эвакуатор, снабженный гидравлическим подъемником. Такая машина, получившая название «Шеушлеппер» (Scheushlepper), позволила быстро убирать севшие Ме 163В с ВПП, освобождая бетонку для посадки следующих машин.

Me 163В-1 с серийным номером 191904.

К декабрю 1943 г. «Мессершмитт» изготовил около 20 Ме 163В, ещё несколько десятков находилось на различных стадиях сборки на заводе «Клемм». Самолеты, строившиеся в Бёблингене, разбирались (отсоединялись консоли крыла) и перевозились на аэродром Лехфельд, где их вновь собирали и облетывали. В ходе выпуска конструкция ракетопланов постоянно модифицировалась с учетом результатов испытаний прототипов.

В соответствии с многократно пересмотренным контрактом «Мессершмитт» должен был поставить 23 Ме 163В до конца 1943 г. — сборку остальных 47 машин пред-серийной партии передали «Клемму». В декабре 1943 г. EKdo 16 получила первых два Ме 163В-0, полностью оборудованных по боевому стандарту — V9 и V14. Однако их ввод в эксплуатацию задерживался из-за выявленных протечек топливных баков. В итоге, первый полет Me 163B(V9) в Бад Цвишенан состоялся только 11 января 1944 г., а Me 163B(V14) — несколькими днями позже. 15 января 1944 г. EKdo 16 получила третий боевой Ме 163В-0.

Почему же «Мессершмитт» так неспешно выполнял заказ? Причину разъяснял В. Шпёте в своем рапорте от 15 января 1944 г. По его мнению, В. Мессершмитт не заинтересован развитием Ме 163 и не занимался этим самолетом с момента ухода Липпиша. По мнению Шпёте, если бы Мессершмитт проявил хоть какой-то интерес к проекту, уже к концу 1943 г. можно было сформировать две боевые группы, вооруженные ракетными истребителями. Именно на фирму «Мессершмитт» Шпёте возлагал вину за годичное отставание в сроках. Работы по «Кометах» попросту блокировались — сотрудников снимали со сборки Ме 163В, направляя на другие работы. Испытания ракетопланов в Лехфельде затягивались до бесконечности под мало-мальски подходящими предлогами, и лишь постоянное давление со стороны командования EKdo 16 позволяло «выбивать» готовые самолеты.

Получение боевых Ме 163В-0 позволило начать отработку стрельбы в воздухе, тактики воздушного боя с целью выработки рекомендаций для пилотов строевых частей. При полетах вскрылась ещё одна неприятная особенность поведения «Комет» в воздухе: при переходе от набора высоты к горизонтальному полету ЖРД иногда останавливался. Расследование этого явления показало, что причиной остановки двигателя стала система регулировки подачи топлива и окислителя. Поскольку их подача должна была осуществляться в строго определенной пропорции, то при прекращении поступлении одного из компонентов автоматически перекрывалась и подача другого. А переход Ме 163В от набора высоты в горизонтальный полет был своеобразным критическим моментом, когда на какое-то мгновение могло остановиться поступление горючего и окислителя. Дальше, что называется, дело техники — срабатывала автоматика и двигатель глох.

До апреля 1944 г. команда EKdo 16 занималась испытаниями Ме 163В-0, поступавших с завода «Мессершмитт». Пилоты, прошедшие к тому времени обучение, рвались в бой — большинство из них перешли в EKdo 16 как добровольцы, рассчитывая как можно быстрее вернуться к боевым вылетам. А вместо этого некоторые из них уже почти два года «мариновались» вдали от фронта! Но фронт сам пришел к ним — в марте 1944 г. во время налета вражеской авиации в Бад Цвишенане было уничтожено три Ме 163В (V8, V18 и V32).

В апреле 1944 г. Р. Олейник и О. Бёнер, наконец-то, получили приказ приступить к формированию первых двух отрядов ракетных истребителей и вместе с частью пилотов убыли из Бад Цвишенана на другие аэродромы. Оба к тому времени имели на своем счету по 6 ракетных полетов на Ме 163В, а Олейник вскоре после своего назначения угодил в госпиталь с травмой позвоночника, полученной вследствие жесткой посадки (сразу после взлета двигатель «Комета» остановился, и самолет, не успев набрать высоту, буквально плюхнулся на бетонку). После этого происшествия в мае-июне 1944 г. полеты на Ме 163В были запрещены до устранения причин остановки двигателей. Специалистам фирмы «Вальтер» удалось частично устранить эту проблему, и «Комет» вновь допустили к полетам. Тем не менее, в ходе эксплуатации продолжали отмечаться проблемы со стартовой тележкой, лыжей, посадочными щитками и другими узлами.

Летом 1944 г. в EKdo 16 проводились дальнейшие исследования с целью полностью исключить остановку двигателя при выравнивании самолета, а также испытывались различные нововведения, вносимые в конструкцию Ме 163В в ходе производства. В октябре 1944 г. команду EKdo 16 передислоцировали в Брандис.

Вопрос увеличения серийного выпуска Ме 163В оставался актуальным до середины 1944 г. В частности, в июне рассматривалась возможность налаживания производства фирмой «Юнкерс» с привлечением почти двух десятков субподрядчиков. Но в итоге эта фирма освоила производство только консолей крыла, поставлявшихся на сборку на фирму «Клемм». До января 1945 г. «Юнкерс» выпустил более 350 комплектов этих узлов.