13 июля 1919 г. махновцы объединились с отрядом Григорьева. В соответствии с соглашением двух лидеров Григорьев был объявлен командиром, а Махно – председателем Реввоенсовета Повстанческой армии. Между махновцами и григорьевцами возникли разногласия в связи с антисемитизмом Григорьева и его нежеланием бороться против белых. 27 июля 1919 г. Григорьев был убит махновцами. Махно отправил в эфир телеграмму: «Всем, всем, всем. Копия – Москва, Кремль. Нами убит известный атаман Григорьев. Подпись – Махно». Григорьевцы вошли в состав махновского отряда, но в большинстве вскоре покинули его. У Махно появился новый источник пополнения – его собственные бойцы, «одолженные» красным в июне.

Большинство махновских частей, действовавших в составе РККА, а также часть 58-й дивизии красных, в августе перешли на сторону Махно. 1 сентября 1919 г. на собрании комсостава армии в с. Добровеличковке была провозглашена «Революционная повстанческая армия Украины (махновцев)», избран новый Реввоенсовет и штаб армии во главе с командармом Махно.

Превосходящие силы белых оттеснили махновцев под Умань. Но 26–27 сентября 1919 г. армия Махно нанесла белым внезапный удар под Перегоновкой и вырвалась на оперативный простор в тылы деникинцев. В начале октября махновцы заняли Александровск и Гуляйполе. Возникла обширная повстанческая зона, оттянувшая на себя часть сил белых во время наступления Деникина на Москву. 28 октября – 19 декабря (с небольшим перерывом) махновцы удерживали Екатеринослав.

Принципы социальной и политической организации в районе должны были быть определены «самими трудящимися». В махновском районе в Александровске 27 октября – 2 ноября 1919 г. был проведен съезд крестьян, рабочих и повстанцев. Махно призвал делегатов вступать в армию для уничтожения насильственной власти и контрреволюции. Левые партии в махновском районе могли действовать легально. В экономике возобладал своего рода рыночной социализм, где все предприятия действовали в условиях самоокупаемости и управлялись органами самоуправления работников. Командование и ВРС осуществляли помимо политического руководства функции социального вспомоществования и просвещения.

Репрессивные функции выполняла контрразведка. В ноябре 1919 г. по обвинению в подготовке заговора и отравления Махно контрразведкой была арестована группа коммунистов во главе с комполка М. Полонским. 2 декабря 1919 г. обвиняемые были расстреляны.

В декабре 1919 г. махновская армия была дезорганизована эпидемией тифа, заболел и Махно.

Отступив из Екатеринослава под натиском белых, Махно с основными силами армии отошел в Александровск.

В это время белые уже отходили с Украины под ударами красных. Махно не без оснований считал, что во многом крушение белого движения – заслуга его повстанческой армии: «Золотопогонники чуть было не вошли в Москву, и если бы не повстанцы, то над революционной Россией уже давно развевался бы трехцветный самодержавный флаг».

Но благодарности не было. 11 декабря 1919 г. Реввоенсовет республики издал приказ Южному фронту «О мерах преодоления партизанства». В нем говорилось: «Армии Южфронта все больше входят в область украинского партизанства. Практическая политика в отношении партизанства и добровольчества получает огромное значение: от нея зависит не только наша победа над Деникиным, но и вся дальнейшая судьба советского режима на Украине. Необходимо немедленно же принять ряд мер, которые исключили бы возможность повторения всех явлений, которые погубили Советскую Украину в прошлый раз». Что же погубило Советскую Украину в 1919 г.? Неужели продразверстка, игнорирование национального фактора, произвол коммунистических чиновников и ВЧК, низкая боеспособность регулярных частей РККА? Нет, с точки зрение Л. Троцкого и С. Каменева, подписавших документ, всему виной заражение Красной Армии партизанщиной, которое теперь следует предотвратить любой ценой. Легко написать, трудно сделать. Сложность – в самом украинском крестьянстве: «Ввиду того, что партизанские отряды в Украине легко возникают и исчезают, растворяясь в месте вооруженного крестьянского населения, основным условием успеха борьбы с партизанством является БЕЗУСЛОВНОЕ и ПОГОЛОВНОЕ РАЗОРУЖЕНИЕ КРЕСТЬЯНСКОГО НАСЕЛЕНИЯ». С помощью оплаты сданного оружия и штрафов за несданное, агитации и обысков, круговой поруки, заложничества и расстрела виновников.

Мотивируя суровое отношение к партизанам в докладе VII съезду советов, Троцкий утверждал: «Исключительно быстрый темп наших неудач на Украине объясняется теми же причинами, что и темп наших успехов: крайней неустойчивостью украинской почвы… И если мы позволим украинскому партизанству застояться в надежде, что из него сложится украинская армия, мы во второй раз погубим Советскую Украину – на этот раз надолго». Это касается не только украинского партизанства, но и партизан Северного Кавказа и Сибири. Но в первую очередь – махновцев, которые после поражения Деникина станут «смертельной опасностью для рабоче-крестьянского государства». Никакого чувства благодарности к махновцам за помощь против Деникина быть не может.

Разработанный на основании махновского опыта приказ 11 декабря был распространен и на Сибирь, где, по словам члена Сибревкома В. Косарева, «дело пахло Украиной», так как среди партизан было много анархистов и эсеров.

В Сибири отношение коммунистов к партизанам диктовалось украинским опытом. «Опыт прошлого свидетельствует, что партизанские отряды, включая в себя очень часто элемент не только чисто идейных бойцов, но зачастую ничего общего с ним не имеющий…оказались в моральном отношении вредными, а в военном – малоустойчивыми», – инструктировал начальник полевого штаба Реввоенсовета республики начальника штаба 5-й армии. Поэтому партизаны (несмотря на «выгодные отличия сибирских партизан от южных») могут служить в Красной Армии только после переформирования – не со своими прежними боевыми товарищами.

В ноябре красные взяли Омск и двинулись вглубь Сибири, взаимодействуя с партизанами. Партизанские отряды перешли в наступление. Рогов взял Кузнецк, где устроил «чистку гадам» – расстреливались офицеры, «буржуи» и чиновники – всего до 400 человек. Разрушались церкви.

В декабре вспыхнули восстания в Томске и Иркутске. Коммунисты, анархисты и эсеры сражались плечом к плечу. Правда, в ожидании прихода РККА некоторые коммунистические командиры стали втихаря расстреливать анархистов, но пока это было скорее исключение.

Тем временем 4 января 1920 г. Каландаришвили подошел к Иркутску. Власть в городе взял эсеро-меньшевистский Политцентр, который арестовал Колчака. Политцентр договорился с большевиками о создании буферного государства в Сибири. Правда, эта договоренность продержалась 4 дня. На город шли каппелевцы, и перед этой угрозой 21 января, опираясь на партизан и красногвардейцев, власть взял большевистско-левоэсеровский ревком. 7 февраля Колчак был расстрелян. Каландаришвили вошел в Иркутск и принял участие в обороне города, затем преследовал каппелевцев на восток. Их остатки отошли на территорию буферной Дальневосточной республики. Красная Армия заняла Сибирь.

Когда победа была одержана, партизанские командиры, сражавшиеся против Колчака, с удивлением выслушали приказ – оружие сдать, бойцов передать в красные части, самим получить новые назначения, не связанные с непосредственным командованием войсками. Затем начались аресты. За решеткой оказались Г. Рогов, И. Новоселов, П. Лубков, А. Кравченко, Е. Мамонтов, И. Третьяк.