Между тем битва за Бендеры наконец поставила вопрос о статусе российских военных. Ни для кого не было секретом, откуда берут технику приднестровцы, Мирча Снегур объявил даже, что Приднестровье — это зона, оккупированная Российской армией, а Россия ведет необъявленную войну против Молдовы. Впрочем, фронтовики никаких регулярных войск перед собой не видели. Комиссар молдавской полиции Бендер подполковник Гусляков только плечами пожимал:

Тем временем и в Москве возобладали новые взгляды на предмет отношений с Молдовой и Приднестровьем.

23 июня, в разгар боев у Бендер, произошло одно из важнейших событий войны: в Тирасполь приехал генерал-майор Александр Лебедь. Первоначально он явился с инспекционной поездкой под псевдонимом (не мудрствуя лукаво) — «полковник Гусев». Москву беспокоили сразу несколько обстоятельств. Во-первых, в любом случае следовало остановить кровопролитие. Во-вторых, требовалось обеспечить сохранность военного имущества Российской армии, защитить солдат и офицеров и их семьи и спокойно вывезти свое имущество домой. Наконец, возник вопрос об управляемости 14-й армией как таковой: уже начался стихийный переход офицеров и солдат на сторону ПМР, склады растаскивались, армия вышла из повиновения.

Ознакомившись с обстановкой на месте, 27 июня Лебедь позвонил в Москву и сообщил Грачеву, что генерал Неткачев не соответствует должности. К тому моменту командующий армией фактически потерял контроль не только над обстановкой в Приднестровье, но и над собственными частями, так что с оргвыводами по поводу Неткачева трудно не согласиться. Неткачев был отозван, и «полковник Гусев» объявил о том, кем он является, и принял командование на себя. Лебедь озаботился и снабжением своей новой армии: одним из первых его запросов у Москвы стали запчасти, дополнительное вооружение и оборудование. Из состава сухопутных войск РФ в Приднестровье начали отправляться «отпускники», главным образом в артиллерийские части.

Во главе с новым командующим 14-я армия перешла к явной поддержке ополчения ПМР. Одной из первых операций армии при Лебеде стало уничтожение самолета ВВС Молдовы. Молдаване вторично попытались разбомбить мост в Бендерах, но на этот раз самолет сбили зенитной ракетой российских войск. В инциденте с молдавским МиГ-29 опять проявились классические проблемы Российской армии 90-х годов. Армия Лебедя, как и прочие, содержала массу кадрированных частей, и из пяти батарей зенитного полка удалось укомплектовать людьми только одну. Ракетные установки, передвижной пункт управления, транспортно-заряжающие машины и «технички» для обслуживания пришлось собирать со всего полка. Как бы то ни было, батарею получилось привести в боеготовность, и рано утром 26 июня по команде полковника Добрянского, начальника ПВО армии, «Оса» двумя ракетами сбила злосчастный МиГ на трехкилометровой высоте. Этого хватило: подавить оборону Приднестровья ударами с воздуха молдаване больше не пытались.

Лебедь намеревался не убедить, но принудить Молдову к мирным переговорам. Своих людей он настраивал на решительные действия. Характерна реплика нового командарма, обращенная к одному из офицеров:

В Бендерскую крепость вошел танковый полк. Отдельная боевая группа из двух батальонов убыла на юг, к Слободзее. Артиллеристы выбирали цели на молдавской стороне линии фронта. 14-я армия всеми своими силами постепенно включалась в ход событий.

Решающим доводом оказалась ее артиллерия. САУ, минометы всех калибров и реактивная артиллерия позволяли задавить огнем любое сопротивление противника. Поворотные события произошли в ночь на 3 июля. 2 июля днем молдавская артиллерия в очередной раз обстреляла Дубоссары, повредив систему управления местной ГЭС. На ночь была назначена свирепая акция возмездия. Командование 14-й армии избрало для удара места, где была расквартирована молдавская полиция, а также склады топлива, командный пункт и артиллерийские позиции. Огневой налет был коротким, но энергичным: 45 минут по молдавским позициям работали 8 артдивизионов и 6 минометных батарей. Молдаване расслабились от долгого отсутствия настоящего противодействия, поэтому эффект оказался оглушительным. Из строя выбыло одновременно несколько сот солдат и полицейских, военнослужащие были полностью деморализованы.

Затем молдавские позиции обработали агитационными снарядами, призывая военных расходиться по домам. После тяжкого удара эти предложения звучали весьма веско. 4 июля молдавская сторона запросила перемирия, а 7 июля на авиабазе в Лиманском на Украине состоялась встреча представителей Молдовы и Приднестровья.

Переговоры еще не означали действительного прекращения огня. Бои и обстрелы продолжались, люди гибли. Однако в течение июля было согласовано и подписано соглашение о прекращении огня и мирном урегулировании конфликта. В регион вводились российские миротворцы. В конце июля над Тирасполем уже ревели самолеты российской транспортной авиации — доставляли людей и технику будущего миротворческого контингента.

Между тем Александр Лебедь выступал на публике в своем неподражаемом стиле: «Завтра я буду завтракать в Тирасполе, а если упадёт хоть одна пуля в Приднестровье, обедать я буду в Кишиневе, а ужинать в Бухаресте». Молдавским националистам бравый генерал обещал найти «подобающее место на столбе», а слово «фашизм» произносил несколько раз в минуту.

В наше время Лебедь полузабыт, и даже при жизни отношение к нему было далеко не однозначным. В 1996 году генерал связал свое имя с постыдными для государства Хасавюртовскими соглашениями, его деятельность на посту губернатора Красноярского края также не заслужила лестных оценок. Однако необходимо отдать ему должное: именно жесткие решительные действия 14-й армии остановили войну в Приднестровье, и именно Александр Иванович Лебедь оказался тем человеком, который сумел возглавить миротворческую операцию в самый острый момент конфликта. Продолжение войны, безусловно, привело бы к сотням и тысячам новых смертей, и здесь заслуга 14-й армии и ее командующего велика и неоспорима.

Однако не все обрадовались наведению порядка в республике. После прекращения активных боевых действий в Приднестровье последовал краткий период внутренней смуты. Главной фигурой этого противостояния стал герой битвы за Бендеры Юрий Костенко. Яркий, талантливый и харизматичный командир претендовал на что-то большее, чем просто должность комбата. Но из-за резкого характера Костенко нажил себе массу недоброжелателей, включая Лебедя. С генералом-десантником у него возник конфликт еще в Афганистане, однако там обоих сдерживала армейская субординация. Кроме того, Костенко также откровенно недолюбливал Стефан Кицак, командующий Республиканской гвардией. Подполковник-атаман резко критиковал лидеров ПМР, обвиняя их в том, что командование оставило Бендеры беззащитными.