В центре, в Хунзахе, главные экспедиционные силы, пройдя вдоль Авар-Кёйсу 4 км на северо-восток от Гидатля, обнаружили, что на горных берегах реки засел враг. Храбрая атака небольшого отряда позволила русским овладеть Гидатлем, Росну и Эртой, но дальнейшее продвижение оказалось невозможным, и враг, имея 1,5 тыс. бойцов, сумел окружить главные силы. С огромным трудом, сойдясь в рукопашной, советские бойцы пробили себе путь в Росну, потеряв убитыми и ранеными 4 офицеров и 49 солдат. 25 сентября, теснимые врагом, они продолжили свой отход в Хунзах.

В тот же самый день областной военный комиссар издал строгий приказ об удержании линии Сагад – Эчедитл – Кварши на правом фланге, линии Ахвак– Сумада на обоих берегах Авар-Кёйсу – в центре и аулов Тлерош и Илиб – на левом фланге. Первый аул находился в 20, а второй – в 35 верстах юго-западнее Гуниба.

1 октября 3-й батальон 1-го Дагестанского полка (100 штыков и два пулемета), вышедший из Петровска, достиг Хунзаха и 3 октября освободил от осады 2-й батальон, стоявший на Хунзахском перевале, в 7 верстах юго-западнее этого аула. 5-го восставшие овладели Большим Гоцатлом, в 15 верстах юго-западнее Хунзаха, создав угрозу для шоссе, которое соединяло эту крепость с Карадагом. 7 октября рота 176-го полка, посланная охранять Карадагский мост, была частично уничтожена, частично захвачена в плен. 9-го восставшие попытались взять Гуниб, но потерпели неудачу, однако им удалось захватить очень важный мост Салти через Кара-Кёйсу, в 7 верстах севернее Гуниба.

«Таким образом [пишет Тодорский], в самом начале военных действий враг уничтожил Ботлихский отряд, осадил гарнизоны Хунзаха и Гуниба и перерезал коммуникации между последним и Шурой. Большая часть Нагорного Дагестана оказалась в его руках, и вскоре он установил свою власть в Аракани, перерезав кратчайший путь между Хунзахом и Шурой. Единственной дорогой в Нагорном Дагестане, еще доступной Красной армии, было шоссе Шура – Хаждал – Махи – Салти; и враг, овладев Андийским, Аварским и Гунибским округами, получил отличную базу, где он мог собирать и экипировать свои войска, которые вскоре уже насчитывали 3 тыс. бойцов».

Советские власти уже поняли, что подавить мятеж в Дагестане будет не так-то просто, но областной военный комиссар совершает ошибки. Из Азербайджана на помощь ему явились остатки 176-го полка (один батальон в 94 штыка, при 4 пулеметах, и еще один отряд в 350 штыков при 10 пулеметах). Вместе с 38-м батальоном ВОХРа, резервным эскадроном местного ополчения и батареей легкой артиллерии он был отправлен в Гуниб с приказом занять Аракани и мост через Авар-Кёйсу, а также обеспечить контроль над Араканскими высотами (9 октября). Вместе с Араканским отрядом шла колонна снабжения для осажденного Хунзаха.

11-я армия, стоявшая в Баку (командир Геккер), отправила в Дагестан 95-ю стрелковую бригаду (из 32-й стрелковый дивизии, которой командовал Тодорский) в составе 283-го и 284-го стрелкового полков, а также 3-ю группу легкой артиллерии. Эти соединения достигли Шуры 13 октября. Командиру 95-й бригады было приказано передать 283-й полк и одну батарею в распоряжение командира гарнизона Шуры, а самому вместе с 284-м полком идти в Ходжал-Махи и принять там командование над всеми силами в Нагорном Дагестане. Эти войска получили название «Гунибская команда».

Первые действия этой команды привели к определенным успехам. Объединив силы, партизанские отряды уроженцев Дагестана Богатырева и Караева овладели аулом Тлох, в 10 верстах от Гуниба; 284-й полк взял аул Салти, в 8 верстах северо-восточнее Гуниба, а 176-полк достиг почтовой станции Салти на Кара-Кёйсу. 17 октября в результате жестокого уличного боя были взяты аул Кегер (в 5 верстах восточнее Гуниба), мост в Гунибе и аул Харта (в 9 верстах на северо-запад от Гуниба). Гуниб был освобожден, и следующей целью Хунзах, но наступление продвигалось медленно, и только 2 и 4 ноября с осажденным гарнизоном удалось установить связь из Голотла и Уздал-Лозо. В течение месячной осады гарнизон подвергся большим лишениям и вполне заслужил оказанную ему помощь. К сожалению, горцы были разобщены, и русские в Хунзахе смогли нанять шпионов в соседнем ауле с тем же названием. Горцы получили несколько метров хлопчатобумажной ткани или несколько фунтов сахару, и за это сообщали русским в осажденном Хунзахе, что происходит вокруг.

Усилия Красной армии увенчались успехом – Гуниб и Хунзах были освобождены, но араканские полевые силы потерпели поражение. Войска этой группировки вышли из Шуры 9 октября. В течение нескольких дней они наступали на Аракани по знаменитому одноименному ущелью, как вдруг областной военный комиссар в Шуре прислал им приказ: один батальон с легкой артиллерией должен остаться для наблюдения за аулом Аракани, а все остальные должны кратчайшим путем идти к Гергебилу и оттуда, обойдя Аракани, атаковать его с юго-запада. 20 октября один батальон 183-го полка был окружен в Кодутле восставшими и отошел с большими потерями. На этом обходной маневр завершился. 2 октября восставшие пошли в наступление и отбросили русских в Арказ. Во время последующих атак артиллерия громила врага, но пехотинцы струсили и не поддержали ее. В результате этого боя Араканская группа вынуждена была отойти в ложбину между горами и затаиться там. 28 октября враг снова пошел в атаку, но был отбит артиллерийским огнем, а на подмогу пехоте прибыло 100 коммунистов-добровольцев из Шуры.

На рассвете 30 октября горцы пошли во фронтальную атаку, послав одно подразделение в обход русских сил слева. Оно совершенно неожиданно для русских ударило по ним с тыла, захватило их обоз и заняло Арказ, породив в нем панику. Была окружена вся араканская группа красных; большую часть ее уничтожили, а остальных взяли в плен. В этом бою были убиты 700 красноармейцев и захвачены 4 орудия, 24 пулемета и большое количество боеприпасов. Представителя Дагестанского революционного комитета товарища Дударова и почти всех офицеров убили.

Этот разгром заставил командиров 11-й армии, а в Баку – Хеккера обратить внимание на ситуацию в Дагестане. Он принял решение послать туда дополнительные подкрепления и передать руководство подавлением восстания полевым командирам. 3 ноября Тодорский, командовавший 32-й стрелковой дивизией, прибыл из Баку в Шуру вместе со своим штабом. Дагестанские отряды усилили 282-м и 285-м стрелковыми полками этой дивизии, а также кавалерийской бригадой и батареей горной артиллерии на конной тяге.

Обитатели Гюмри соблюдали нейтралитет, который отказалась признавать Красная армия; но поскольку этот аул был практически неприступен, за ним просто установили наблюдение с соседних северо-восточных высот (Каранай), которое продолжалось до Рождества 1920 г., когда артиллерия красных начала его осаду. Ее считают самой трудной и кровопролитной операцией во всей этой кампании. Она продолжалась до 9 февраля 1921 г., после чего место, где родился Шамиль, снова оказалось под наблюдением.

Вся группировка советских войск в горах Дагестана (называвшаяся ранее гунибской командой) была преобразована в ботлихский освободительный отряд, которому было приказано выйти из Хунзаха и захватить аулы Чалда, Магох, Аракани, расположенные восточнее его, и Буцрро, Шахаду, Моксон – севернее. В центре войска этого отряда должны были идти на Тлох и Ботлих, на юго-западе – по Аваро-Кахетинской дороге (вверх по долине Авар-Кёйсу), а из Гуниба – на аулы Ругджа и Тлиах. Во второй половине ноября шли ожесточенные бои, и русским в районе Хунзаха удалось достичь почти всех своих целей. В то же самое время гарнизон Хунзаха немного продвинулся в сторону Ботлиха, заняв почтовую станцию Матлас и другие селения. Аваро-Кахетинская группа тоже продвинулась вперед, а 176-й полк, вышедший из Гуниба, овладел аулами Кула, Бацада, Унти (к северо-востоку от него) и Шулани, но далее на юго-запад, как было приказано, пройти не смог.