Перемены в период правления Пятой династии, очевидно, затруднили управление страной из Мемфиса, и потому ряд чиновников направили в крупнейшие центры (в соответствии с картой номов) в качестве региональных наместников (сепат). Традиционно страна делилась на 42 нома: 20 в Нижнем Египте и 22 в Верхнем, многие из них восходили еще к додинастической эпохе. Наместники номов, номархи, получали вознаграждение землей и званиями, причем эти «платежи» были связаны с несением службы, то есть, по сути, все имущество оставалось в собственности царя. Со временем лучшие посты стали наследоваться, а пожалования превратились в семейную собственность чиновников. В результате власть и ресурсы понемногу уплывали из рук фараонов в многочисленные провинциальные центры, которые стали соперничать с Мемфисом. Джедкара (ок. 2414–2375 гг. до н. э.), предпоследний фараон этой династии, даже ввел должность управляющего Верхним Египтом в качестве признания растущей автономии юга страны. Тем временем царская семья увеличивалась из-за полигамии и перекрестных внутрисемейных браков. Члены царской семьи носили титулы, параллельные чиновничьим должностям высшего ранга, но исполняли исключительно церемониальные обязанности.

Со временем огромные богатства фараонов перешли в руки нового, заметно децентрализованного жреческого сословия, а также чиновников. Царские монументы сокращались в размерах и становились проще, а частные лица сооружали все более роскошные усыпальницы из лучших материалов, привлекая к работам самых квалифицированных ремесленников. Причем представители новой знати вовсе не стремились быть похороненными рядом с царскими гробницами. Если ранее они строили свои мастабы поближе к пирамидам в надежде заслужить дары и милости от фараона в загробной жизни, как это было при царском дворе, то теперь возводили гробницы в провинции или там, где им нравилось, в том числе в царских некрополях. Например, к северу от Саккары в Абусире находится гробница Птахшепсеса, главы правительства при фараоне Джедкаре, а по соседству — гробница его младшего современника Ти, «царского цирюльника» и надсмотрщика над несколькими важными храмами; это самые богато украшенные мастабы Древнего царства, в прекрасно исполненных раскрашенных рельефах которых их владельцы изобразили собственные благополучные жизни. Птахшепсес на выцветшей фреске над входом в гробницу нарисован наблюдающим за тем, как ему делают маникюр и педикюр.

К концу династии правители, по-видимому, испытывали нечто вроде кризиса веры в величие древней эпохи и связанные с нею богословские идеи. Вероятно, они ясно понимали, что самые хитроумные изобретения предков не остановят грабителей могил, а может быть, сомневались в том, что божественное происхождение фараонов гарантирует вечную жизнь за гробом. Так или иначе, сделались весьма популярными разнообразные магические заклинания, заговоры и молитвы, призванные защитить царское погребение и обеспечить безопасный переход к славному существованию после смерти. В Саккаре, в гробнице фараона Унас (ок. 2375–2345 гг. до н. э.), последнего правителя Пятой династии и владельца самой маленькой пирамиды Древнего царства, найдены первые надписи, впоследствии получившие название «Текстов пирамид». Обычай предшественников усвоили цари Шестой династии, видоизменившие тексты и добавившие новые заклинания в соответствии со своими потребностями. Эти тексты образуют самый ранний комплекс египетской религиозной литературы, причем большая часть идей и преданий циркулировала в устной традиции задолго до правления Унаса и восходит, вероятно, еще к додинастическому периоду.

Хотя заклинания, или «изречения», были собраны, по всей видимости, жрецами бога Ра в Гелиополе, именно в них мы встречаем отождествление усопшего фараона с Осирисом, изначально богом плодородия района Дельты, покровителем растительности и сельского хозяйства. Связанный с годовым природным циклом смерти и возрождения (земледельческим годом), Осирис, очевидно, принял роль бога смерти, правителя подземного мира, восставшего из мертвых благодаря усилиям его сестры и жены Исиды и потому умеющего возвращать к жизни других. Жрецы Гелиополя ввели его в систему солнечного культа своей области, назвав Осириса сыном богини неба Нут, чье изогнутое аркой тело часто украшает царские гробницы и стены храмов, символизируя небесный свод. Каждый вечер она проглатывает бога солнца Ра и каждое утро рождает его, обновляя день, как Осирис каждый год обновляет урожай на берегах Нила. Нут символически обозначала крышку саркофага, а позже ее стали изображать на внутренней стороне крышки саркофага: она проглатывала заключенное в гробу тело, подобно солнцу, чтобы дать ему новую жизнь. Одно изречение «Текстов пирамид» гласит: «О мать моя, Нут, раскинься надо мною, чтобы я был помещен среди нетленных звезд и никогда не умер».

По иронии судьбы, дополнительные «гарантии» «Текстов пирамид» способствовали стремительному падению авторитета божественной власти фараонов и поставили под сомнение их некогда несокрушимое право на вечную жизнь в ином мире. Дальнейшие изменения в представлениях о смерти и загробном бытии произошли гораздо позже, в результате развития первоначальных идей, когда частные лица стали притязать на отождествление с Осирисом, словно тоже были царями.

В начале правления Шестой династии фараон все еще являлся самым влиятельным человеком в стране, но его богатство и власть постепенно и неумолимо сокращались. Царям по-прежнему сопутствовали успех в дипломатии, в добыче минералов на Синае и в пустыне; они отправляли караваны в Библ за кедром, в страну Пунт (государство в Восточной Африке, предположительно в районе восточного Судана и Эритреи) за миром, благовониями, электрумом, золотом, слоновой костью, смолой, камедью и экзотическими животными. Фараоны Шестой династии воевали в Палестине и за Первым нильским порогом, в Нубии, чтобы обеспечить безопасность караванных путей. Но внутренняя ситуация ухудшалась.

Тети (ок. 2345–2323 гг. до н. э.), первый фараон Шестой династии, по словам Манефона, был убит, возможно, своим преемником Усеркарой (ок. 2323–2321 гг. до н. э.). Пепи I (ок. 2321–2287 гг. до н. э.) боролся за укрепление влияния в Верхнем Египте, строил монументы в главных религиозных центрах края (Абидосе, Дендерах, Иераконполе и Элефантине); дары и освобождение от налогов предоставлялись многим храмам и поселкам, чтобы купить их поддержку, однако это истощало казну и в конечном счете подрывало основы царской власти. Пепи выдал двух дочерей замуж за чиновников высокого ранга из Абидоса; вероятно, это было вызвано политической и финансовой необходимостью, поскольку браки царских детей обычно заключались внутри семьи. Инцест являлся царской прерогативой, что ставило фараона и его родственников в особое положение, отличая от простых людей; такой обычай часто приписывали богам в мифах, и фараоны подтверждали тем самым прямое родство с божествами. Смешанные браки стирали непреодолимую границу между правителями и подданными, в том числе влиятельными, богатыми чиновниками и жрецами. Кстати, одна из цариц даже пыталась свергнуть фараона с престола.

Дела пошли еще хуже в период 94-летнего правления Пепи II (ок. 2278–2184 гг. до н. э.), самого долгого царствования в истории Древнего Египта. Десятилетие за десятилетием управление страной костенело, а подводные течения понемногу подрывали основы благополучия. Централизованная экономика и административные механизмы разрушались изнутри, государство стало разваливаться на части, области выходили из-под контроля, наместники действовали независимо от фараона. Ситуацию не смогли повернуть к лучшему два преемника Пепи Меренра II (ок. 2184 г. до н. э.) и царица Нитикрет (ок. 2184–2181 гг. до н. э.), пробывшие у власти совсем недолго.