Базой русского флота в конце концов стал порт Ауза на острове Парос. Именно отсюда отправлялись суда на крейсирование, сюда приходили подкрепления из Кронштадта, прибывали посольства с островов Архипелага. Русские победы привели к тому, что почти три десятка островов перешли в русское подданство и стали именоваться «Архипелагским великим княжеством». Сам Орлов, оставив за себя Г. А. Спиридова, с приближением зимы отправился в Ливорно, а оттуда в Петербург. Столица встретила его как героя, на него и других начальствующих лиц экспедиции посыпались награды. Между прочим, Орлову было пожаловано право пожизненно сохранить кайзер-флаг и даже включить его в свой герб – т. е. он, не имевший на флоте даже чина мичмана, получил статус несменяемого верховного командующего на море! Но главным результатом поездки было согласование дальнейших планов боевых действий, поскольку прежние замыслы явно провалились.

В рескрипте от 22 марта императрица отмечала: «…Находим мы, что продолжительное сохранение приобретенной вами в турецких водах поверхности весьма нужно и важно для разделения аттенции и сил Порты Оттоманской». Рескрипт признавал благоразумие того пути, «который вы на месте, собственною своею прозорливостью, кстати и ко времени, столь искусно, счастливо и славно изобрели себе, по переменившимся обстоятельствам в рассуждении греческих народов».

Второй целью было заставить турок считать острова Архипелага потерянными для себя до конца войны. Третьей – создание базы на каком-либо острове (собственно говоря, этот пункт закреплял реальное положение дел, поскольку Ауза являлась именно такой базой). В общем и целом этот рескрипт отражал новую реалистическую концепцию ведения боевых действий в Архипелаге, пришедшую на смену прежним амбициозным мечтаниям.

В летнюю кампанию 1771 г. основные действия русского флота были направлены на атаку турецких провиантских магазинов и пунктов снабжения войск. Так, в августе две эскадры русского флота уничтожили провиантские склады турецких войск на острове Эвбея. Десант овладел магазином, из которого было перевезено на эскадру 3085 мешков пшеницы. Однако самым крупным событием этого года стала отчасти неудачная атака на Митилену на острове Лесбос. В конце октября разведка донесла, что в этом городе турками строятся два 74-пушечных корабля и шебека. 2 ноября русские корабли двумя отрядами, одним из которых командовал лично А. Г. Орлов, а другим – Г. А. Спиридов, бомбардировали город, а затем высадили десант под командованием генерала Долгорукова и полковника Толя. Этот десант захватил адмиралтейство, сжег строившиеся корабли и вывез все, что было возможно. Однако при выходе эскадры из Митиленской бухты фрегаты «Архипелаг» и «Санторин» сели на мель, причем «Санторин» спасти не удалось, он сдрейфовал на берег, сел на камни и был сожжен турками, причем большая часть экипажа была взята в плен.

В целом, однако, эскадры выполняли стоявшие перед ними задачи, и Екатерина в рескрипте Орлову от 18 (29) декабря 1772 г. констатировала: «Флот наш разделяет неприятельские силы и знатно уменьшает их главную армию. Порта, так сказать, принуждена, не знав, куда намерение наше клонится, усыпать военными людьми все свои приморские места, как в Азии, так и в Европе находящиеся, теряет все выгоды от Архипелага и от своей торговли прежде получаемые, принуждена остальные свои морские силы разделить между Дарданеллами и Черным мором и, следовательно, препятствие причиняется ей действовать как на Черном море, так и на самых Крымских берегах с надежностью, не упоминая и о том, что многие турецкие города, да и сам Царь-град не без трепета видит флот наш в таком близком от них расстоянии».

К началу 1772 г. у Османской империи не было военных судов в Эгейском море, но оставались еще суда на периферии. План турок на кампанию этого года заключался в объединении всех этих флотов в единую эскадру и дальнейшем уничтожении русского флота в Архипелаге. Наиболее значительной из турецких сил была так называемая дульцинитская эскадра, названная так по месту своего базирования – городу Дульциньо в Черногории и состоявшая из 47 фрегатов и шебек с артиллерией от 16 до 30 пушек, с транспортами, на которых находилось до восьми тысяч солдат. Второй крупной эскадрой Османской империи была Тунисская «барбарейская» эскадра из шести 30-пушечных фрегатов и шести 16-пушечных шебек с 3 тысячами солдат. Третьей турецкой эскадрой были военные и транспортные корабли у острова Родос. Эта эскадра должна была соединиться с военными судами и забрать в городе Бодрум на берегу Малой Азии десант и идти в сторону острова Хиос, где планировала соединиться с Алжирской эскадрой. Планировалось, что после объединения эти эскадры нанесут удар по Аузе и уничтожат русский флот.

Алексей Орлов прекрасно знал об этих приготовлениях и понимал их смысл. Однако нанести удар немедленно он не мог из-за перемирия, заключенного на время переговоров о мире. Однако, как только перемирие закончилось, он направил в разные стороны архипелага несколько эскадр. 18 октября 1772 г. отряд контр-адмирала С. К. Грейга атаковал крепость Чесма, сжег находившиеся в гавани турецкие суда и разрушил крепость до основания. 21 октября в устье Нила отряд лейтенанта Алексиано (фрегат «Св. Павел» и одна полякра) под сильным огнем батарей крепости Дамьета вошел в гавань, где сжег два больших корабля и захватил несколько мелких судов. На выходе из гавани он встретил еще один корабль, на котором находился важный турецкий военачальник Селим-бей, везший в Дамьету знамя Пророка. После пленения Селим-бея комендант крепости Александрия приказал потопить все суда в гавани, опасаясь атаки Алексиано.

Именная медаль в честь графа Алексея Григорьевича Орлова от Адмиралтейств-коллегии.

Главный удар был нанесен у крепости Патрас, в Патрасском заливе. 25 октября объединенные отряды капитана 1-го ранга М. Т. Коняева и майора И. Войновича (2 линейных корабля, 2 фрегата, 1 шебека и 2 полякры) обнаружили здесь эскадру Мустафы-паши, бывшую частью дульцинитской эскадры и включавшую 25 судов (9 фрегатов и 16 шебек). 26 октября Коняев атаковал эту эскадру. Турки потеряли 1 корабль и 2 шебеки и отступили под защиту орудий крепости Патрас. 27 октября из-за противных ветров русская эскадра не смогла довершить разгром турок, но на следующий день приблизилась к крепости и эскадре и в 11.30 начала бомбардировку. К 13 часам турецкий флот горел, турки в панике бросались в воду и спасались на берег. Остатки его были добиты 29 октября, ускользнуть сумели лишь шесть шебек. Отныне русский флот господствовал в Средиземном море безраздельно, турки уже не предпринимали никаких попыток организовать ему сопротивление.