Брак между Александром и Еленой, рассчитанный на сближение отношений между странами, не сгладил противоречий между Русью и Литвой, обострившихся вновь в самом начале XVI в., когда началась новая волна выезда православной элиты к великому князю. Среди них выделялся князь Семен Иванович Бельский, просивший Ивана III принять его на службу вместе с вотчиной – Бельским княжеством (ныне город Белый Тверской области). Родовое владение князь потерял, находясь в Литве, и с помощью московского государя планировал восстановить справедливость. За Бельским к Ивану Васильевичу выехали князья Василий Иванович Шемячич (сын дяди Ивана III Дмитрия Шемяки) с Новгород-Северским княжеством и Семен Иванович, владевший, помимо Стародубского княжества, Гомелем, Черниговом, Карачевом, Хотимлем.

Переход князей на сторону Ивана III обещал солидные территориальные приращения для России, и, хотя великий князь и не имел права принимать выезжавших князей вместе с их землями, ведь это противоречило условиям договора 1494 г., прагматизм в очередной раз взял верх над уважением к праву. Началась русско-литовская война 1500–1503 гг. Иван Васильевич уведомил о ее начале литовскую сторону и направил полки на помощь князьям-перебежчикам – первый отряд на Северскую область, второй на Торопец и Белую, а третий на Дорогобуж и Смоленск. В тылу на случай подхода литовских подкреплений предусмотрительно оставался резерв.

Действовать нужно было незамедлительно, иначе князей могли разгромить поодиночке. На ответственное северское направление отправили Якова Захарьевича Кошкина, вместе с которым шли служившие Москве татары. Войско вскоре захватило Брянск, а объединившись с Василием Шемячичем и Семеном Стародубским, взяли и Путивль. В результате военных действий оказалась захвачена значительная территория с такими городами, как Мценск, Серпейск, Стародуб, Гомель, Любич, Новгород-Северский, Рыльск и др.

Взяв Дорогобуж, целью русских воевод стал Смоленск, на подступах к которому они находились. Иван Васильевич, как и его предки – московские князья, давно мечтал вернуть Смоленск в лоно Русского государства, поэтому к ответственному походу готовились тщательно. Дождавшись новгородцев, псковичей и войска из Твери, государь позаботился о том, чтобы армию возглавил лучший военачальник. Выбор пал на опытного князя Щеню, что задело боярина Кошкина, считавшего бесчестьем служить под началом князя. Государь же не собирался ставить под удар судьбу кампании ради удовлетворения амбиций вельможи и твердо указал на его место: «Тебе стеречь не князя Даниила; стеречь тебе меня и моего дела… ино не сором тебе быть в сторожевом полку».

14 июля 1500 г. на берегах реки Ведроши под Дорогобужем сошлись русская и литовская рати. Войско великого князя литовского возглавлял известный полководец гетман князь Константин Иванович Острожский, торопившийся атаковать передовой русский полк до подхода основных сил. План не удался, поскольку русские воины, преследуемые гетманом, успели добраться до основных сил под командованием князя Щени. Князь Острожский не осмелился немедленно атаковать многочисленную армию, и два дня оба войска стояли друг против друга, разделенные небольшим притоком Ведроши – рекой Тросной. Исход битвы решила атака засадного полка, обратившая литовцев в бегство, которое затруднялось тем, что мост через Тросну был разрушен по приказу Щени. Множество литовских воинов попало в этот день в плен, живым взяли и самого гетмана Острожского. Иван III, узнав о победе, отправил одного из бояр «спросить воевод о здоровье», за признанные неоспоримые заслуги первым высокой чести удостоился Щеня. Следующим успехом русской армии стало взятие Торопца – города на северо-западе относительно основного театра военных действий.

В следующем, 1501 г. почти не было слышно лязга оружия. Александр и Иван III, занятые другими проблемами, решили повременить с активными действиями. Спокойствие на полях сражения компенсировалось кровопролитной битвой за Мстиславль, которому отводилась роль нового плацдарма для наступления на Смоленск. Ограбив окрестности Мстиславля и побив множество литовцев, русская армия так и не взяла город.

Впрочем, горевать Ивану III не пришлось, ведь в 1502 г. на владения Александра напал не только крымский хан, но и молдавский господарь Стефан. Настал удобный момент для осады Смоленска. Главой осаждающего войска великий князь назначил младшего сына Дмитрия Жилку, под началом которого стояли такие опытные воеводы, как князь Холмский и Кошкин. Осада Смоленска длилась меньше месяца; как и под Мстиславлем, перебили много литовцев, но крепость оказалась неприступной. Неудача под Смоленском во многом объяснялась скорым отходом русских войск, прослышавших о движении большого литовского войска. Дальнейшее продолжение войны с Литвой представлялось нежелательным, в том числе и потому, что Иван III постепенно начинал ощущать телесную немощь, усиливавшуюся с приходом старости.

Дипломаты обоих государств немало потрудились, пытаясь угодить своим князьям. Ключевым вопросом было признание Литвой захваченных русскими войсками земель, хотя де-факто эта огромная территория, приблизительно треть от Великого княжества Литовского, вошла в состав России. Шестилетнее Благовещенское перемирие стало большим и, вероятно, последним успехом правления Ивана III, жить которому оставалось немногим больше двух лет. Василий III доведет до конца начатое отцом и в 1514 г. захватит Смоленск.

В последние годы княжения Ивана III внешнеполитическим направлением, превратившимся позднее в одно из важнейших, стала экспансия в сторону Прибалтики. Присоединив Новгород и Псков, необходимо было защитить их интересы, прежде всего в сфере торговли с другими государствами.

Камнем преткновения для коммерции русских купцов в конце XV в. стала Ливония, вступившая в сговор с городами Ганзейского союза, в чьих интересах была торговля по Балтийскому морю. В результате соглашения между ними никто не покупал товары у русских напрямую, единственным источником сбыта оставались ливонцы. Действенным способом разрешить проблему явилось наращивание военного потенциала государства хотя бы для того, чтобы торговые партнеры стали сговорчивее, чувствуя за спинами русских торговцев силу оружия. Большое значение имели и дипломатические методы, ведь, кроме Ливонии и Ганзы, имелись еще Швеция и Дания, пока прохладно относившиеся к своему соседу.

В таком контексте протекали военные конфликты России и Ливонии второй половины XVI в. В 1463 г. Ливонский орден заключил девятилетний мир с Псковом, за которым теперь стояла Москва. Впрочем, магистр вскоре нарушил соглашение в 1469 г. и снова развязал войну. Жители Пскова на этот раз прямо обратились в Москву, откуда к западным рубежам двинулась внушительная рать под командованием известного воеводы князя Холмского. Немцы не стали искушать судьбу и начали переговоры. Военные действия начались снова в 1480 г., когда орден воспользовался тем, что поход Ахмата на юге сковывал Ивана III по рукам и ногам, но после завершения «стояния на Угре», русская армия вторглась на территорию противника и захватила там два города. Ливонцы вновь капитулировали.

В 1491 г. сложилась интересная внешнеполитическая ситуация. Подходил срок завершения десятилетнего мира с орденом, желавшим продлить добрососедские отношения, а в «странной войне» с Литвой после смерти короля Казимира ожидался перелом.