После торжественного примирения царя и царицы могла состояться формальная церемония бракосочетания брата и сестры, если этого не произошло на более раннем этапе их беспокойного совместного царствования. Однако уже к концу октября стало ясно, что перемирие себя исчерпало. Цезарю стало известно, что Потин (возможно, с ведома юного царя) тайно приказал Ахиллу (тому самому, который убил Помпея и продолжал выполнять функции командующего) стягивать войска к Александрии. В середине ноября Цезарю сообщили, что этот Ахилл с 20 тысячами воинов идет на столицу. Это было довольно разношерстное войско, состоявшее из габинианцев, мятежников, преступников, бывших пиратов и беглых рабов. Учитывая пятикратное численное превосходство противника, Цезарь послал за подкреплениями в Сирию и Малую Азию, а также направил к Ахиллу парламентеров – двух ученых мужей Диоскурида и Серапиона, выполнявших важные миссии при Птолемее XII. Однако Ахилл приказал убить парламентеров. Один из них (точно неизвестно, кто именно) действительно был убит, а второй был тяжело ранен, но друзьям удалось спасти его жизнь.

Ахилл со своим войском вошел в Александрию. Ни из «Записок о гражданской войне» Цезаря, ни из более поздней «Истории» Диона Кассия мы не узнаем подробно о том, что происходило в городе на первом этапе, но известно, что сам Цезарь вместе с Клеопатрой и Птолемеем XIII оказались в осаде в царском дворце. Цезарю пришлось взять Птолемея XIII под домашний арест, чтобы лишить врагов ключевой фигуры и представить их действия как авантюру преступной банды, а вовсе не как акцию законного государя. Осада дворца внесла существенные перемены в жизнь всех его обитателей, включая Клеопатру. Ночи она проводила с Цезарем, а днем становилась свидетельницей сражений, кипевших на суше и на море. Прямые атаки Ахилла на дворец были отбиты римскими легионерами, искусными в уличных боях. На море в это время решался вопрос «кто кого?». В Большой гавани стояло 72 египетских корабля – численно египетский флот более чем в два раза превосходил флот Цезаря. Ахилл готовился к захвату египетского флота, и, если бы ему это удалось, Цезарь оказался бы окруженным многократно превосходящими силами врага и отрезанным от мира. Но Цезарю удалось опередить Ахилла и захватить флот самому. Это – один из тех случаев, когда жалеешь о лаконизме его «Гражданских войн», предпочитая узнать подробный рассказ об этом событии, который, может быть, услышала от Цезаря Клеопатра вечером того же дня. Нет точных сведений, принимал ли сам полководец участие в этой операции, но известно, что его военные корабли вышли из дворцовой гавани и напали на египетские суда, которые были взяты на абордаж. На стороне египтян было численное превосходство, но они, хотя являлись хорошими моряками, не были готовы к подобной атаке. Но так как у Цезаря не было достаточного количества людей, чтобы распоряжаться всем флотом, он приказал, учитывая остроту ситуации, сжечь захваченные корабли, что и было исполнено. При этом пламя пожара перекинулось на некоторые портовые сооружения, и сгорели привозные книги, предназначенные для библиотеки в Александрии (а не она сама, как иногда ошибочно полагают).

Эта победа Цезаря обеспечила ему и следующую, свидетельницей которой, конечно, была Клеопатра. У входа в Александрийскую гавань высился Фаросский маяк, величайший в мире, который имел стратегическое значение. Как писал сам Цезарь, «из-за узости выхода из гавани корабли не могли войти в нее без согласия тех, кто держал маяк в своих руках». Поэтому он, пользуясь тем, что противник был занят наземными операциями, высадил десант и захватил Фаросский маяк, оставив там гарнизон. В результате он обеспечил себе возможность снабжения войск зерном и доставки подкреплений (см. Цезарь. Записки о гражданских войнах).

Боевые действия на суше не приносили ощутимого результата ни одной из сторон, так как улицы не обеспечивали свободы для маневра. Цезарь тем временем окружил дворцовый район укреплениями и велел соорудить форт у входа в гавань. Между тем во дворце также были враги. Арсиноя, единокровная сестра Клеопатры, терпеть не могла римлян и не хотела примириться с тем, что она все еще не в своей резиденции на Кипре. Арсиное удалось тайно бежать из дворца к Ахиллу, к великой радости последнего, как и всех врагов римлян. Она тут же была провозглашена египетской царицей, после чего начатую ими войну против Цезаря уже нельзя было больше рассматривать как мятеж против законной власти.

Эти события, должно быть, привели Клеопатру в ярость. Однако она могла утешиться, узнав о том, что произошло дальше. У Арсинои был советник, евнух Ганимед, которого она, очевидно, сделала тогда главой импровизированного правительства. Однако тут же возникли разногласия между Ганимедом и Ахиллом, причем группы сторонников того и другого старались подарками и посулами обеспечить поддержку военных. Потин, находившийся во дворце вместе с юным царем, узнав об этой ссоре, тайно отправил своих людей к Ахиллу, обещая свою безусловную поддержку, а также желая сообщить о своем намерении бежать из дворца вместе с юным Птолемеем, чтобы поддержать Ахилла прежде, чем командование перейдет к Арсиное и Ганимеду. Однако благодаря доносу цирюльника Потина его посланцы были схвачены людьми Цезаря. Потин был арестован и казнен, а поскольку он являлся высшим сановником, то Цезарь, вероятно, объявил о его казни от имени Клеопатры, а возможно, и Птолемея XIII.

Следующей жертвой междоусобицы стал Ахилл. Без поддержки своего наставника Потина он не смог контролировать недисциплинированное войско, вскоре потерпел поражение в борьбе с Ганимедом и был убит. Ганимед, возглавивший борьбу с римлянами, действовал активно – пытался сколотить новый флот, заблокировал все дороги, ведущие во дворец, и накачал морской воды в колодцы, которыми пользовались римляне. Но римские солдаты за одну ночь вырыли новые колодцы, а через два дня из Малой Азии в Александрию прибыла долгожданная флотилия с подкреплением.

Приблизительно в декабре 48 года до н.э. Клеопатра почувствовала, что она беременна. Однако война продолжалась, не принося существенных сдвигов. В феврале следующего года Эвфранор, командующий римским флотом, пользуясь базой у Фаросского маяка, захватил весь остров Фарос, разграбив и разрушив дома богатых александрийцев.

Поскольку они были в основном политическими противниками Клеопатры, это происшествие едва ли могло ее встревожить. Однако события, происшедшие на другой день, не могли не вызвать беспокойства, потому что происшествие это едва не стоило Цезарю жизни. Это произошло, когда римляне пытались полностью установить контроль над дамбой, соединявшей Фарос с александрийским берегом. Когда римские солдаты, которыми в этом случае командовал Цезарь, достигли ближайшего к берегу конца дамбы и начали сооружать баррикаду, им помешал египетский десант. В это время военные корабли римлян, стоявшие у берега, вдруг начали уходить, что вызвало тревогу среди римских легионеров. Бросив работу, они стали садиться на любые лодки или суда, находившиеся поблизости, или нырять с дамбы в море, надеясь доплыть до кораблей. Дальнейшее описывает неизвестный римский командир, автор «Александрийской войны» (возможно, Авл Гирций). Цезарь, отчаявшись удержать своих солдат, вынужден был сам оставить место внезапного нападения, чтобы достичь своего корабля. Однако вместе с ним туда устремилась толпа беглецов, создав опасную ситуацию на борту. Поняв, что может произойти, Цезарь прыгнул в воду и поплыл к одному из ближайших кораблей. Оттуда он отправил лодки, чтобы помочь своим людям, попавшим в беду, и спас немалое их число. Его же собственный корабль опрокинулся, а те, кто не успел бежать оттуда, погибли (см. Александрийская война). «В то время, – сообщает Плутарх, – он держал в руке несколько документов, и ни одного из них не уронил в воду, хотя его обстреливали со всех сторон. Держа документы в одной руке, он плыл, пользуясь для этого лишь свободной рукой», (см. Плутарх. Цезарь.) Теперь полководец снова должен был заняться дворцовыми делами. Если Арсиноя бежала к врагам, то юный Птолемей XIII по-прежнему оставался под домашним арестом, а противоречия между ним и сестрой оставались постоянным источником интриг и беспокойства. Цезарь решил обезопасить Клеопатру и себя самого от тайного противника в собственном доме. Он освободил Птолемея и отправил в город «для принятия командования царской армией». Цезарь тем самым давал понять, что, если война перестала быть просто мятежом, то нужно использовать авторитет царя, пусть и несовершеннолетнего, чтобы восстановить порядок в стране. В действительности он явно хотел вызвать разногласия между советниками Птолемея и Арсинои. Однако и после этого египтяне продолжали ожесточенно сражаться с римлянами. Правда, юный Птолемей сразу же стал предпринимать меры, чтобы оттеснить Арсиною. Он провозгласил себя главнокомандующим и объявил о намерении продолжать военные действия против Цезаря. Возможно, в это время Клеопатра развелась с Птолемеем (египетские законы предусматривали такую возможность). Арсиноя вынуждена была уступить первенство Птолемею. Что же до Ганимеда, то он, как видно из источников, в дальнейшем не играл сколько-нибудь существенной роли.