Крупной политической демонстрацией университетского студенчества явилась устроенная 24 октября 1889 г. Союзным советом землячества панихида по случаю смерти вождя русской революционной демократии Н. Г. Чернышевского. Участники панихиды в Москве двинулись после окончания её из церкви на Тверском бульваре к университету с пением революционной песни «Вы жертвою пали». В Саратов был послан делегат Союзного совета, который возложил венок от студентов Московского университета на могилу Чернышевского. В Петербурге на смерть Н. Г. Чернышевского студенты отозвались устройством в тот же день панихиды во Владимирском соборе, вылившейся в политическую демонстрацию с участием 1500 человек.

Новые волнения студенчества произошли весной 1890 г. в связи с введением в высшей технической и сельскохозяйственной школах тех же порядков, какие устанавливались новым университетским уставом. 7 марта студенты Московского университета в знак солидарности с протестом студентов Петровской сельскохозяйственной академии собрались на сходку, но были окружены казаками и арестованы. 600 человек были заключены в Бутырскую тюрьму, а затем подвергнуты репрессиям. Тогда же произошли бурные выступления студентов в Технологическом институте и в университете в Петербурге, в Сельскохозяйственном институте в Новой Александрии и т. д. Студенты выдвигали требования университетской автономии, возвращения к уставу 1863 г., отмены ограничений при поступлении в университеты, свободы преподавания, студенческих корпораций.

В 1891 г. полиция избила московских студентов, собравшихся на панихиду по случаю смерти соратника Чернышевского Н. В. Шелгунова, около 40 студентов было выслано из Москвы.

Большое общественное значение имела деятельность профессоров и студентов в борьбе с голодом и эпидемиями в 1891-1893 гг. Например, интеллигенция Московского университета вела самоотверженную работу, оказывая медицинскую помощь голодающему населению в Поволжье.

Новый этап в студенческом движении связан с распространением марксизма в среде учащейся молодёжи в 90-х гг. XIX в. В 1889 г. в Московском университете возник один из первых марксистских кружков в Первопрестольной, организованный студентом естественного отделения физико-математического факультета В. К. Курнатовским, ставшим затем одним из учеников и соратников В. И. Ленина. Курнатовский поступил в университет после исключения его за революционную деятельность из Петербургского университета. В Московском университете Курнатовский организовал сбор денег для политических ссыльных, установил связи с революционерами в Петербурге и Риге. Кружок Курнатовского занимался изучением и распространением марксистской литературы. В том же 1889 г. Курнатовский был арестован вместе с другими участниками кружка и выслан в Архангельскую губернию.

Некоторые студенты университета входили в состав марксистского кружка инженера Круковского. Из него выделились студенческие кружки в университете, также занимавшиеся изучением марксистской литературы. В 1892 г. кружок Круковского был арестован полицией. В том же году был организован новый кружок студентом медицинского факультета А. Н. Винокуровым. Этот кружок, в отличие от предыдущих, начал устанавливать связи с рабочими Москвы. Члены кружка самостоятельно переводили произведения Энгельса. В 1893 г. марксистский студенческий кружок в университете был организован студентом медицинского факультета А. И. Ульяновым, братом В. И. Ленина. В сентябре 1893 г. А. Н. Винокуров и С. И. Мицкевич создали организацию для пропаганды марксизма среди рабочих.

В конце 1893 г. в Москву приехал Ленин. На нелегальном собрании 9 января 1894 г. на Воздвиженке, произошёл известный диспут между народником В. В. Воронцовым и В. И. Лениным. На этом собрании присутствовали участники марксистских кружков, в том числе и студенты Московского университета. Хорошо аргументированное выступление В. И. Ленина, разоблачившее несостоятельность взглядов народников о якобы отсутствии капитализма в России, произвело большое впечатление на участников собрания.

Выражением политического протеста студентов Московского университета явились события, происшедшие 30 ноября 1894 г. на лекции В. О. Ключевского. Возмущение студентов было вызвано тем, что Ключевский незадолго до этого произнёс хвалебную речь в память Александра III. «Когда Ключевский появился на лекции, значительная часть студентов освистала его. На кафедру был положен текст речи Ключевского с вклеенным листком, на котором была напечатана на гектографе басня Фонвизина «Лисица-кознодей», заканчивавшаяся словами: «знатному скоту льстят подлые скоты» (144а, с. 360). Была выпущена также гектографированная листовка с резким осуждением позиции Ключевского.

Администрация университета прибегла к репрессиям, исключив 58 студентов за участие в выступлении против Ключевского. Но в ответ на это произошли новые сходки студентов, требовавших отменить решение об исключении. Для подавления волнений в университет прибыла полиция и жандармерия, арестовавшая несколько десятков студентов. Ещё 49 человек были исключены из университета и 55 — высланы из Москвы.

В связи с этими и другими арестами и высылками студентов в 1894 г. возникло «Общество вспомоществования», занимавшееся организацией материальной помощи сосланным и арестованным.

В целом, следует отметить, что к середине 90-х гг. политические тенденции в студенческом движении заметно усиливаются.

Выиграв сражение, народники проиграли войну. В 80-х гг. наблюдается процесс неуклонного вырождения народничества. Ошибочная тактика политического заговора, господство террористических методов борьбы над другими формами не могли привести к народной революции и неизбежно должны были закончиться крахом «Народной воли». Исполнительный комитет «Народной воли» в течение 1881-1882 гг. непрерывными арестами практически был уничтожен. Двое из трёх оставшихся на свободе его членов, Л. Н. Тихомиров и М. Н. Ошанина, вынуждены были скрыться за рубеж и с лета 1882 г. жить в Париже. Оставшуюся в России В. Н. Фигнер, девицу с ангельским лицом и кровавым туманом в голове, арестовали в феврале 1883 г. Наступил «важный драматический этап борьбы народовольцев с самодержавием». Среди народовольцев поползли слухи, вскоре подтвердившиеся, что в центре организации появился провокатор, который действует совместно с полицией. Как выяснилось, вскоре после 1 марта 1881 г. заведующим агентурой Петербургского охранного отделения был назначен крупный мастер полицейских провокаций, жандармский офицер, майор Г. П. Судейкин, ставший ближайшим сотрудником директора департамента полиции В. К. Плеве и министра внутренних дел Д. А. Толстого. С декабря 1882 г. в его руках сосредоточился весь политический сыск империи. Тогда же, 20 декабря в Одессе был арестован член военного центра «Народной воли» С. П. Дегаев, который во время следствия был завербован Судейкиным и стал осведомителем. По всей России разразился «шквал арестов». Дознания производились в 60 городах страны. По доносу Дегаева арестована упоминавшаяся выше Фигнер, разгромлена военная организация «Народная воля», задержано около 200 человек. В мае 1883 г. боязнь разоблачения привела Дегаева в Париж, где он признался Ошаниной и Тихомирову в своём предательстве. Условием сохранения ему жизни Тихомиров поставил убийство Судейкина. В октябре 1883 г. Дегаев вернулся в Россию и 16 декабря организовал в Петербурге на своей квартире зверское убийство Судейкина, после чего скрылся за границу. Отбыл в Канаду, затем в США, где под именем Александра Пелла окончил университет, со временем стал профессором математики в университете штата Южная Дакота, преподавал и в других местах.