После Клинковстрема консулом стал финн Густав Ньюбаум (Gustave Niebaum), предприниматель из компании «Аляска-Мерчантс» (Alaskan Commercial Company), которая возникла после закрытия Русско-Американской пушной компании. Если до этого Российское консульство размещалось в доме № 29 Саут-парка (South Park), то при Ньюбауме переехало в дом № 310 по улице Сан-соме (Sansome), а затем в № 411 1/2 по ул. Калифорния (California). Позднее, став Генеральным консульством, оно обрело постоянный адрес: комнаты № 9 и 10 в доме № 418 по той же ул. Калифорния. Среди первых генеральных консулов Российской империи был и В. А. Белецкий.

В те годы российское консульство в Сан-Франциско не играло большой роли из-за того, что город находился в стороне от вовлеченных в политику регионов. Но русский Дальний Восток частенько покупал здесь товары, в основном производственного назначения. Случалось, что заказы не выполнялись в срок или качество товаров не соответствовало нормативам. Например, 12 сентября 1899 г. газета «Владивосток» писала о низком качестве судовых машин, которые быстро выходили из строя.

Положение изменилось во время Русско-японской войны. Хотя Соединенные Штаты объявили нейтралитет, Сан-Франциско стал важным городом, где дипломаты собирали самую разнообразную информацию, а также оказывали помощь соотечественникам, которые хотели побыстрее вернуться на родину. 11 сентября 1904 г. сюда зашел на ремонт вспомогательный крейсер «Лена»,[23] которым командовал капитан А. Берлинский. Построенный англичанами, крейсер до 1903 г. эксплуатировался как грузопассажирский пароход Добровольного флота под названием «Херсон», затем был закуплен Морским ведомством и зачислен в состав Сибирской флотилии. В начале войны корабль вышел из Владивостока, чтобы контролировать перемещения японцев в Охотском море, но неприятель вынудил его уйти в Америку.

Нейтралитет США в Русско-японской войне обязывал капитана Берлинского и всю команду «Лены» покинуть порт в течение 48 часов либо находиться в Америке до конца войны. Берлинский заявил, что котлы в плохом состоянии и «Лене» требуется капитальный ремонт, прежде чем она сможет выйти в открытое море. После осмотра корабля Высший морской совет (ВМС) США подтвердил необходимость ремонта, и «Лена» была отправлена в Валехо, на Мэр-Айленд, где и находилась до конца войны. Команду крейсера полностью разоружили, а офицеров заставили подписать документ о невыезде из США без разрешения президента Рузвельта. Такое обещании дали все члены экипажа.

1 ноября 1904 г. на «Лене» скончался моряк Иван Песнов. На другой день газета «Валехо Ивнинг Кроникл» писала о его похоронах на военно-морском кладбище Мэр-Айленда: «За гробом шли сослуживцы покойного, офицеры в военной форме, а также капитан Берлинский с адмиралом Мак Калла ВМС США. Моряки несли огромное число венков и следовали за корабельным священником, облаченным в одежду православного священника: длинную фелонь из черного бархата, прошитую по краям серебряной нитью, епитрахиль и черную камилавку. В руках священник нес распятие из матового золота. За ним шла команда "Лены", а представители ВМС США замыкали процессию». В 1905 г. умер другой член команды «Лены» Петр Лобода, которого похоронили рядом с Иваном Песковым.

Во время вынужденной стоянки моряки «Лены» проводили соревнования по гребле на шлюпках, бывали на официальных приемах. Некоторые офицеры выписали свои семьи и снимали квартиры в Валехо до окончания Русско-японской войны и возвращения в Россию. Иногда в газетах появлялись сведения о правонарушениях русских моряков и нарушении обещания о невыезде из США, так что некоторых американцам пришлось выслать обратно в Россию.

В начале апреля 1905 г. русские моряки получили разрешение на ремонт «Лены» на судоверфи Юнион Айрон Воркс вблизи Сан-Франциско. В мае капитан Берлинский вернулся в Россию, и 1 августа новым командиром «Лены» стал капитан 2-го ранга Анатолий Августович Гинтер. 9 августа 1905 г. крейсер покинул Сан-Францисский судоремонтный завод после долгого капитального ремонта и совершил судовые испытания, на которых его сопровождал миноносец «Фокс» ВМС США. Затем крейсер вернулся на Мэр-Айленд, чтобы забрать экипаж и семьи русских моряков. Газета «Сан-Франциско Колл» от 28 октября 1905 г. пишет: «Впервые после того, как "Лена", избежав японцев, нашла убежище в гавани, она выглядит как настоящий военный корабль. Свежевыкрашенный, с начищенными до блеска пушками, он гордо плывет по волнам…»

29 октября 1905 г. крейсер «Лена» должен был выйти в море, чтобы вернуться в Россию, но произошло трагическое событие. «Отец Василий Осипов, священник "Лены", умер на корабле вчера в 4 часа утра», — сообщила газета «Сан-Франциско Колл» в тот же день. Отход отложили до 1 ноября 1905 г., а отца Василия похоронили на Сербском кладбище в Кольме. Его могила стала одной из первых на этом знаменитом кладбище.

Судьба же «Лены» во многом повторила жизнь русских эмигрантов. В 1906 г. ее вернули Добровольному флоту, а уже в 1916 г. вновь мобилизовали, зачислив в состав Черноморского флота уже под старым названием «Херсон». В 1920 г. этот транспорт с белыми частями генерала Врангеля ушел в Бизерту. После 1926 г. «Херсон»-«Лену» продали на слом.

Последним генеральным консулом, назначенным Российской империей, стал А. М. Выводцев. Это был профессиональный дипломат. После окончания юридического факультета Новороссийского университета в Одессе он продолжил образование в Вене и Лемберге (Львов). На дипломатическую службу Артемий Маркович поступил в 1875 г., затем был чиновником Одесского окружного суда и Министерства иностранных дел. Вскоре его назначили вице-консулом в Гамбург, потом он занимал дипломатические должности в Сингапуре, Триесте, Кёнигсберге и Нагасаки. 6 апреля 1915 г. действительного статского советника Выводцева назначили генеральным консулом в Сан-Франциско. Он подал в отставку после Февральской революции 1917 г., а во время Гражданской войны стал во Владивостоке дипломатическим представителем Омского правительства.

После отставки А. М. Выводцева Временное правительство назначило генеральным консулом Юрия Сергеевича Романовского. Он также был опытным дипломатом. После окончания Лазаревского института восточных языков служил драгоманом Российского посольства в Тегеране, затем вице-консулом в Чикаго. Романовский оказал огромную помощь русским иммигрантам, особенно тем, кто стремился получить образование в Америке. Он скончался 1 сентября 1933 г. в Лос-Анджелесе. Российское же генеральное консульство в Сан-Франциско перестало существовать гораздо раньше: оно самозакрылось в ноябре 1924 г. из-за недостатка средств.

«В этот момент, — писал 21 ноября 1924 г. в «Русской жизни» А. М. Выводцев, вернувшийся к этому времени из Владивостока в Сан-Франциско и служивший чиновником в банке, — я считаю долгом привести на память согражданам, что я недавно был еще генеральным консулом в Сан-Франциско, и хотя в эпоху захвата власти оставил эту должность, но все же сохранил неофициально свои дружеские отношения с иностранными консулами-коллегами, и это дает мне повод и возможность теперь, хотя неофициально предложить свои услуги и услуги Итало-Американского банка, через особый русский отдел, всем тем, которые нуждаются в компетентных справках, советах, направлении, посильной помощи, удостоверениях, переводах и юридической консультации. Приходите ко мне, как дети к отцу, во всех случаях сомнений и недоумения, и я отдаю в ваше полное распоряжение весь мой опыт, приобретенный во время 45-летней консульской службы почти во всех странах мира как представитель истинной России».