Свои официальные услуги Коперник оказывал на посту хранителя счетного стола капитула. Он и Гизе — второй хранитель — работали бок о бок, собирая платежи с богатых господ, купивших у епархии землю или промыслы. Они также управляли благотворительными фондами и вкладывали деньги в различные рискованные предприятия, например в строительство таверны и постоялого двора во Фрауэнбурге. Хранители занимались покупками — как собственности, так и некоторых припасов, таких как «пушки, ружья, свинец и порох для обороны собора», и выплачивали жалованье соборному проповеднику.

Вероятно, именно во время исполнения обязанностей хранителя, в 1531 году, Коперник и написал свой недатированный «Хлебный тариф». Этот рукописный документ был призван зафиксировать цену ежедневно необходимой крестьянину булки хлеба в один пфенниг, одновременно защищая интересы принадлежавшей капитулу пекарни. Он рекомендовал привести вес однопфенниговой булки в соответствие со стоимостью зерна. Подойдя к проблеме с характерной для него скрупулезностью, он рассчитал скользящую шкалу, чтобы учесть широкий спектр предполагаемых колебаний рынка. Когда урожай выдавался щедрым и зерно продавалось по бросовой цене, скажем, по девять шиллингов (54 пфеннига) за мешок, то их однопфенниговая булка хлеба весила бы больше фунта. Однако в неурожайные годы цена на зерно могла подскочить до 64 шиллингов за мешок, и в этом случае Коперник предлагал, чтобы булка уменьшалась в размере до одной шестой фунта. Капитул при этом мог возместить другие затраты на производство (жалованье пекаря, дрожжи) за счет продажи отрубей и мякины.

На посту хранителя Коперник часто ездил в Гейльсберг в качестве врача капитула, потому что епископ Фербер не отличался крепким здоровьем. Доктор Коперник несколько раз консультировался о его лечении с врачами короля. Казалось, силы уже не вернутся к епископу, который из-за болезни стаи частично недееспособным много лет назад. Он был вынужден отправлять доверенных лиц на встречи, где требовалось его участие. К 1532 году, в возрасте 61 года, проблемы со здоровьем заставили его назначить коадъютора, который должен был помогать епископу, а впоследствии сменить его. Неудивительно, что на эту роль он выбрал Гизе. Однако король Сигизмунд вмешался и отдал пост профессиональному дипломату по имени Иоганн фон Хофенс, которого часто называли Иоганн Флаксбиндер, потому что его предки занимались изготовлением канатов, и который писал поэмы и письма под псевдонимом Иоганн Дантиск (или Ян Дантышек), взятым в честь родного Данцига.

Дантиск долгие годы подбирался к доходной должности каноника. В 1514 году король выдвинул его коадъютором при Андреасе, но папский двор утвердил другого кандидата. Внезапная смерть другого каноника в 1515 году вновь позволила королю предложить Дантиска в качестве преемника, но на этот раз против выступили и капитул, и папа. Тем не менее король продолжал благоволить Дантиску, помня о пространной любовной поэме, которую тот написал тремя годами ранее к свадьбе Сигизмунда и Барбары. (В 1515 году молодая королева уже лежала в могиле. Она умерла в возрасте 20 лет, рожая свою вторую дочь.)

Очередную попытку стать каноником Дантиск предпринял в 1528 году, когда представлял Польшу при испанском дворе, вскоре после того, как успешно договорился о том, чтобы новая королева Сигизмунда — Бона Сфорца — получила желанный титул герцогини Бари. Третья заявка Дантиска даже была поддержана капитулом, но снова провалилась в Риме. Наконец, с четвертой попытки, в 1529 году, он добился своего. И буквально на следующий год, как будто в награду за упорство, король назначил каноника Дантиска епископом Кульмским. В расположенной неподалеку от Вармии Кульмской епархии находился цистерцианский монастырь, где стала монахиней сестра Коперника Барбара. Хотя Кульм не мог сравниться с Вармией по политическому влиянию или богатству, Дантиск с удовольствием предвкушал, как наденет митру. Однако он оставался в Испании еще два года, чтобы завершить там свою миссию, а также чтобы получить духовный сан и стать священником, как это требовалось для вступления в епископский сан.

Иоганн Дантиск, епископ Вармийский

Вернувшись в Польшу в 1532 году в качестве назначенного епископа Кульмского, он оказался сильным кандидатом на роль коадъютора немощного епископа Фербера. Ожидая исхода этого соперничества, он пригласил двух знакомых каноников — Коперника и Феликса Райха (но не Гизе) — на свою долгожданную церемонию введения в должность, которая должна была состояться в Лёбау в воскресенье, 20 апреля 1533 года. Оба приглашенных каноника отказались прийти.

«Ваше Преосвященство, достойный отче во Христе! — писал Коперник. — Я получил Ваше письмо, которое не оставляет сомнений в Вашей доброте, милости и расположении ко мне… Это, конечно же, может быть отнесено не на счет оказанных мною услуг, но скорее, по моему мнению, на счет хорошо известной щедрости Вашего Преосвященства. Хотел бы я когда-нибудь действительно стать достойным этого! Мне не хватает слов, чтобы описать, как счастлив я обрести такого покровителя и защитника.

Ваше Преосвященство, однако, просит меня присоединиться к вам 20 числа сего месяца. Хотя я сделал бы это с превеликим удовольствием, ведь у меня есть веская причина, чтобы посетить столь видного друга и покровителя, к несчастью, в это время каноник Феликс и я вынуждены из-за неких дел и по неотложным обстоятельствам оставаться на своих местах. Посему я прошу Ваше Преосвященство извинить мое отсутствие. В любое другое время я безоговорочно готов приехать к Вашему Преосвященству, перед которым я во многом в долгу, и делать то, что Вам угодно, если Ваше Преосвященство даст мне об этом знать. Я сознаю, что впредь мне будет должно не столько удовлетворять Ваши просьбы, сколько исполнять Ваши распоряжения».

Тем не менее он продолжал избегать контактов с ним. Два года спустя, отказываясь от приглашения на свадьбу в семье Дантиска, Коперник извинялся за то, что все еще не посетил Лёбау. На этот раз он сожалел, что некие новые неотложные обязанности в Вармии не дают ему явиться на бракосочетание. «Потому соблаговолите извинить меня и сохранить ваше прежнее отношение ко мне, несмотря на мое отсутствие, ибо мысленное единение обычно значит даже больше, чем личная встреча».

Коперник не мог бесконечно держаться в стороне от Дантиска. 1 июля 1537 года епископ Фербер умер от удара, пока доктор Николай мчался к его постели. Вскоре после этого, как и было предопределено, каноники избрали Дантиска епископом Вармийским. Что же до освободившегося места епископа в Кульме, то его занял Тидеман Гизе. Ему пришлось уехать от Коперника и других старых знакомых в гораздо более бедную Кульмскую епархию к юго-западу от Вармии, хотя пост каноника в Вармии за ним сохранился.

Видимо, все минувшие годы Дантиск таил злобу на пренебрегавших им каноников Вармии, и теперь это проявилось в мстительном поведении. Он начал с Гизе. Коадъюторское состязание с ним грозило стать слишком напряженным, и Дантиск решил навсегда лишить Гизе шансов на епископство в Вармии, даже в случае смерти Дантиска. Хотя Гизе был на пять лет старше Дантиска и вряд ли мог его пережить, последний все-таки хотел уничтожить даже малейший шанс. С этой целью он приказал, чтобы Гизе, епископ Кульмский, отказался от поста каноника в Вармии. Он также требовал от Коперника продавить отставку Гизе через официальные каналы капитула.