Увидев, что семинария и впрямь вовсю уже действует, Алексей отправил телеграмму Василию Ермакову: «Вася приезжай семинарию». Тот вскоре примчался, и они вместе стали поступать, успешно сдали экзамены. Но тут оказалось, что принимают только с восемнадцати лет. Ермаков по возрасту подходил, а Ридигер нет. Никаких исключений не делалось. И это при том, что ректором семинарии в первый год её возрождённого существования являлся не кто иной, как протоиерей Иоанн Богоявленский — духовный наставник семьи Ридигер. Приняв Алексея в своём кабинете, он вместо слов утешения сделал ему настоящий подарок — пригласил юношу на торжества по случаю открытия духовных школ Северной столицы. Это событие происходило 14 октября, и на него прибыл сам Патриарх Алексий I (Симанский). В просторной домовой церкви Иоанна Богослова он отслужил литургию, затем в актовом зале академии произнёс речь. После торжественной части состоялся обед. Так будущий Патриарх Алексий II впервые в жизни видел и внимал речам Патриарха Алексия I. Горечь по поводу непоступления улетучилась, и он вернулся в Таллин полный самых приятных и благостных впечатлений.

Весь остаток осени, зиму и весну Алексей упорно готовился к тому, чтобы поступить сразу во второй класс. Он продолжал служить в таллинских храмах на разных должностях, доступных мирянам.

В это время Алексей Ридигер превратился в стройного молодого человека, красивого, с зачёсанными назад волнистыми волосами, с приятными манерами и ласковым, слегка насмешливым взглядом. Несмотря на устремлённость к духовной профессии, он был очень спортивным, занимался греблей и даже имел разряд в эстонском спортобществе «Калев», вновь возрождённом сразу после войны. Увлекался и шахматами. Обожал смотреть мотогонки, старался их не пропускать.

Прошёл год, и он снова отправился в Ленинград. Вступительные экзамены прошёл столь успешно, что его зачислили даже не на второй, а сразу на третий курс духовной семинарии!

Класс, в который он попал, состоял из молодых людей разного возраста. Алексей оказался самым младшим, остальным было по двадцать и более, некоторым под тридцать.

Семинаристы жили в общежитии по следующему распорядку: в шесть часов утра побудка, умывание, одевание и в половине седьмого — в храм на утреннее богослужение. В половине девятого в светлой и просторной столовой — завтрак, а уже без пятнадцати девять двойной звонок приглашал семинаристов в храм на молитву перед учёбой. В девять в аудиториях начинались лекции. В полдень обед и затем до четырёх часов снова лекции. Потом отдых и самостоятельные занятия. Вечернее богослужение, после него — ужин и тихий вечерний час, который заполнялся пением под фисгармонию или скрипку, чтением книг. В десять — молитва и сон.

Во время войны академию бомбили, и на одной из лестниц возникли трещины. И вот на Пасху 1947 года лестница не выдержала большого скопления народа и рухнула. Погибших не оказалось, но пострадало тридцать два человека, один сильно — перелом позвоночника, другие отделались переломами ног, рёбер, вывихами, ушибами. Ответственность взял на себя ректор протоиерей Иоанн Богоявленский, его уволили, а в июне того же года он принял монашеский постриг под именем Исидора и рукоположение во епископа Таллинского и Эстонского.

Академией и семинарией руководил митрополит Ленинградский и Новгородский Григорий (Чуков) — человек, пострадавший за веру во Христа. Его несколько раз арестовывали, в 1922 году приговорили к смертной казни по делу Петроградского митрополита Вениамина, но затем заменили казнь лагерем, после освобождения снова арестовывали, высылали... «Блаженны вы, когда будут поносить вас и гнать и всячески неправедно злословить за Меня», — говорит Спаситель (Мф. 5, 11), — «...и будете ненавидимы всеми за имя Моё, но и волос с головы вашей не пропадёт, — терпением вашим спасайте души ваши» (Лк. 21, 17—19).

В 1943 году Патриарх Сергий поручил Григорию, тогда ещё архиепископу Саратовскому и Сталинградскому, разработать проект воссоздания духовного среднего и высшего образования, а в 1946-м назначил председателем учебного комитета при Священном Синоде.

— В возрождённые духовные академию и семинарию в послевоенные годы он сумел привлечь кандидатов и магистров богословия дореволюционной духовной школы, которых знал и с которыми работал на ниве богословского образования и тем обеспечил преемство богословского образования в Русской Православной Церкви. Разработанная им система богословского образования выдержала испытание временем и позволила подготовить большое количество священно- и церковнослужителей, — вспоминал о нём Святейший в 2005 году.

Митрополит Григорий набрал в качестве преподавателей людей старой дореволюционной школы, они воспринимали возрождение духовных училищ как некое нежданное чудо, будто среди зимы повеяло весною. Все они понимали, что чудо может продлиться недолго, и старались использовать предоставленную возможность в полной мере.

Курс Нового Завета преподавал профессор-богослов в области патристики Александр Иванович Сагарда. До революции он читал лекции по истории Антиохийской богословской школы и древнецерковной сирийской литературы, переводил творения Иоанна Дамаскина. После революции где только не работал — в земельном отделе, на молочном заводе, в трамвайном ведомстве, в банно-прачечном комбинате, в коммунальном банке, в отделе снабжения Черноморского пароходства... Словом, микроскоп, которым забивают гвозди! И вот — чудо! Его вновь вернули преподавать то, что он знал лучше всего.

— Как же он переживал, когда кто-то из семинаристов оказывался неспособным достойно ответить на его вопросы!.. Помню, как однажды профессор взял в руки Евангелие и, показывая нам, произнёс, вкладывая всю свою душу в слова: «Вы должны полюбить эту книгу!» А когда Александр Иванович рассказывал о мучениках, волнения педагога достигали наивысшего градуса и были настолько сильны, что ему приходилось выходить из аудитории, чтобы успокоиться. Сколько лет миновало — десятилетия! — только эти картины до сих пор перед глазами, и убедительный трогательный голос Александра Ивановича Сагарды я слышу... — со слезой в голосе вспоминал о нём Святейший.

Патрологию, учение об Отцах Церкви, преподавал профессор Лев Николаевич Парийский, долгие годы вынужденный зарабатывать себе на жизнь одним только регентством и чтением в ленинградских храмах и лишь в 1944 году получивший должность секретаря и бухгалтера при Патриархе Алексии I.

Литургику, учение о церковном богослужении, преподавал выдающийся музыковед, специалист в области церковной истории, древнерусского церковно-певческого искусства, восточно-христианской гимнографии, преподаватель полифонии в Ленинградской консерватории Николай Дмитриевич Успенский. Будучи директором музыкального училища, он отказался от эвакуации из блокадного Ленинграда, чтобы только остаться со своими учениками, был сильно контужен во время очередной бомбардировки. А в богоборческую хрущёвскую оттепель