Поскольку главные вожди до поры до времени предпочитали оставаться в тени (двое из них, Колиньи и Конде, даже находились при королевском дворе), организатором мятежа выступил мелкий дворянчик из Перигора Лa Реноди, ранее уже бывший не в ладу с законом: его судили в Дижоне как фальшивомонетчика. В Женеве, куда он бежал, скрываясь от французского правосудия, Ла Реноди встречался с Кальвином, поведав ему о планах преобразования Франции по образцу Швейцарской конфедерации. Однако в начале 1560 года его проект был в большей мере военный, нежели политический. Он собрал в Нанте вооруженные отряды, прибывшие из различных регионов Франции, и в марте повел их малыми группами, по возможности соблюдая конспирацию, к Блуа, где в то время находился двор. И все же ему не удалось перехитрить Гизов, своевременно принявших необходимые меры. Считая Блуа слишком уязвимым местом, они перевели королевскую семью в хорошо укрепленный замок Амбуаз, способный выдержать и осаду, и атаку со стороны противника.

Королевские отряды непрерывно патрулировали вокруг замка, прочесывая и окрестные леса. Однажды им удалось захватить в лесной чаще группу бедных крестьян, заявлявших, что они хотели встретиться с королем, клянясь при этом в своей преданности монарху. Франциск II обратился к ним из окна своей резиденции, после чего велел дать им немного денег и отпустить их восвояси. Уходя, крестьяне сообщили королю, что на подходе большой отряд вооруженных дворян. Одновременно по долине Луары к Амбуазу приближалось многочисленное войско во главе с Ла Реноди. Замок был окружен, и предводитель мятежников потребовал встречи с королем, однако, в отличие от крестьян, он не удостоился такой чести. Завязался бой, в ходе которого королевское войско под командованием герцога Гиза обратило отряд Ла Реноди в бегство, а сам он во время погони был убит. Множество знатных участников мятежа было захвачено в плен и приведено в Амбуаз.

Их ждала незавидная участь. По обычаю того времени им устроили во дворе Амбуазского замка показательную публичную казнь в назидание другим. Королевский двор, получив наглядное свидетельство того, какой размах приобретает мятеж, решил, что эта жестокая репрессивная мера должна нагнать страху на тех представителей знати, которые склонны были к неповиновению. Специальным королевским распоряжением всех нотаблей (членов королевского совета, королевских чиновников и принцев крови) долины Луары, от Нанта до Орлеана, обязали присутствовать на казни, для чего были возведены зрительские трибуны. Что же касается черни, то ее и приглашать не надо было: она сама валом валила поглазеть на кровавое зрелище.

На королевской трибуне бледный как смерть Франциск II сидел между супругой Марией и матерью. На казни присутствовал и второй сын Екатерины, десятилетний Карл Орлеанский. Зрелище было не детское, но положение обязывало: как потенциальный наследник престола принц обязан был присутствовать на мероприятии столь большой государственной важности. Для наших дней дело совершенно немыслимое. Современные критики Екатерины Медичи и это вменяют ей в вину, забывая, что государственного деятеля XVI века надо судить по законам его времени. Правда, и для тех времен нелегким испытанием было смотреть на то, как пятидесяти двум осужденным, одному за другим, рубят головы. На королевской трибуне находился и принц Конде, которого идущие на смерть приветствовали поклоном. Они кланялись своему вождю. Присутствующие смотрели на это, затаив дыхание. Однако Конде оставался невозмутимым, невзирая на то, что сильно было подозрение, что именно он является настоящим вождем мятежа. Были даже изъяты его бумаги, но ничего компрометирующего в них не нашли, а сам он отрицал все обвинения в свой адрес. Он знал, что никто из заговорщиков не предал и не предаст его.

По сигналу герцога Гиза публичная казнь началась. Осужденные мятежники один за другим поднимались на эшафот. Остальные тем временем хором распевали псалмы, и хор этот не умолкал на протяжении всей казни, всё более слабея по мере того, как отрубленные головы падали на доски эшафота. Последним оставался барон Кастельно, родственник Колиньи. Ему пришлось петь одному. Это особенно тронуло сердца присутствующих, и они принялись умолять короля пощадить его, но тщетно. Топор палача опустился и на шею последнего из осужденных. Конде, обратившись к сидевшему по соседству папскому нунцию, сказал: «Монсеньор, вы можете сообщить папе, что если французские дворяне умеют устраивать заговор, то они умеют и умирать». Примечательно, что он употребил слово «дворяне», а не «гугеноты»: религия в этих якобы религиозных войнах имела вторичное значение. В Амбуазе казнили не еретиков-гугенотов, а мятежников, посягнувших на освященную королевскую власть, совершивших непростительное святотатство. Однако гугенотская пропаганда очень умело обернула дело в свою пользу, сумев извлечь из провалившегося Амбуазского заговора большую моральную победу, представив Гизов и Екатерину Медичи как палачей французского народа.

Угроза миновала, но проблема осталась. Понимая это, Екатерина сделала шаг навстречу гугенотам, согласившись на предложение Колиньи созвать ассамблею нотаблей, которая и открылась в Фонтенбло 21 августа 1560 года. Прибыли принцы, и только Антуан Бурбон и Конде блистали своим отсутствием. Они явно что-то замышляли. Впрочем, у Конде имелись весьма веские основания опасаться за свою жизнь. На ассамблее впервые вышел на политическую арену Мишель Лопиталь. Екатерина выдвинула его на должность канцлера ради сохранения равновесия между Гизами и партией принцев крови, поддержанной коннетаблем Монморанси и Шатийонами. После Амбуазского заговора она охотно пожертвовала бы Гизами, если бы это могло унять ярость ее противников, но она понимала, что без Лотарингцев она останется один на один с гугенотами, от которых можно было ожидать любых неприятных сюрпризов. Составляя ничтожное меньшинство, не более пяти процентов населения королевства, они компенсировали количественный недостаток за счет качества, являясь наиболее активным и к тому же вооруженным меньшинством. Ради сохранения для сына короны Екатерина сохраняла Гизов.

Желая во что бы то ни стало не допустить возобновления военных действий, она, предоставив герцогу Гизу и Колиньи выпускать пар в нападках друг на друга, постаралась вступить в диалог с видными кальвинистскими пасторами, дабы выработать принципы мирного сосуществования двух религий. Лично она не испытывала враждебных чувств к гугенотам. Ее не смущало то, что они распевают псалмы по-французски (и сама она в молодости, по примеру Маргариты Наваррской, грешила этим), но беспокоило их неповиновение королевской власти. Гизам не слишком нравилась ее, как они полагали, непростительная мягкость по отношению к еретикам, однако, дабы выиграть время, они скрепя сердце согласились на временные уступки, приняв предложения Колиньи. Хотя гугенотам и было отказано в праве строить храмы, прекращались преследования тех из них, кто слушал кальвинистскую проповедь ради спасения своей души, а не для того, чтобы продемонстрировать непокорность официальным властям. Это компромиссное соглашение, касавшееся свободы совести, объединило большинство участников ассамблеи, и она завершила свою работу, приняв постановление о созыве Генеральных штатов, сессия которых должна была открыться в Орлеане 10 декабря 1560 года.