В зимних условиях, особенно на Восточном фронте, самолеты окрашивались по верхним поверхностям белой смывающейся краской или известью. Краска или известь иногда наносились равномерно, что давало сплошную белую окраску машины сверху и сбоку; однако чаще всего краска/известь наносились не очень тщательно или — из-за воздействия атмосферных факторов — белая окраска облазила, что создавало интересный визуальный эффект. На самолетах, действовавших ночью, светло-голубой цвет RLM 65 иногда заменялся на черный RLM 22 Schwarz. Некоторые машины из ночных штурмовых эскадрилий окрашивались также дополнительными пятнышками или «змейками» светло-серого (RLM 76 Hellgrau) или светло-голубого (RLM 65 Hellblau) цветов поверх стандартного камуфляжа верхних поверхностей.

Прототип версии С оставался цвета натурального металла. Как единственное обозначение нес флаг со свастикой на хвосте. Серийные самолеты версии С получили стандартную окраску RLM 70/71/65 с расположением цветов, аналогичным версии B/R. Обозначения государственной принадлежности состояли из шести балочных крестов (Balkenkreuz) и двух свастик (Hakenkreuz). Кресты черного цвета с белой обводкой наносились снизу и сверху на обоих крыльях и с левой и с правой сторон фюзеляжа. Форма и размеры креста изменялись в течение всего периода службы Ju 87 в Люфтваффе, что можно видеть на цветных планшетах, показывающих способы окраски отдельных версий «штуки». Свастики наносились на обе стороны вертикального киля. До осени 1939 черная свастика размещалась в центре белого круга, расположенного на красной полосе, как на государственном флаге Третьего рейха. В дальнейшем свастику рисовали прямо на камуфляже, причем черный силуэт имел белую обводку, снаружи окантованную тонкой черной обводкой. В конце 1939 изменилось месторасположение свастики — из середины вертикального оперения она передвинулась ближе к переднему краю вертикального стабилизатора. Надписи и эксплуатационные обозначения наносились по всему самолету согласно установленному образцу. Кодовые обозначения, символизирующие принадлежность к соответствующей части, наносились по обеим сторонам фюзеляжа. Перед крестом, слева от него, рисовались буква и цифра, обозначающие код части (например, Т6 означало StG 2), после креста следовали индивидуальная буква самолета в эскадрилье и буква, обозначающая номер эскадрильи. Штаб эскадры или штабная эскадрилья в качестве последней имели букву А, а индивидуальная буква всегда была голубой. Индивидуальные буквы самолетов, принадлежащих к штабам групп, всегда были зелеными, а последняя буква обозначала соответствующую группу: I. — В, II. — С, III. -D, IV. - F, V. - G. Индивидуальные цвета и буквенные символы каждой эскадрильи представлены в таблице. Самолеты также носили эмблемы частей, чаще всего на передней части фюзеляжа, на капоте двигателя или под фонарем кабины. Размещение и некоторые примеры эмблем показаны на цветных планшетах. Окраска и обозначения дополнялись элементами быстрой идентификации самолета. Чаще встречалось окрашивание нижних частей оконцовок крыльев в белый цвет и белый пояс вокруг фюзеляжа для машин, действовавших в Африке и в бассейне Средиземного моря, или тех же элементов в желтый цвет — на Восточном фронте, а также в период балканской кампании весной 1941. Во время операции «Марита» часто в желтый цвет окрашивали полностью капот двигателя и руль направления, а изредка даже элероны горизонтального оперения. Самолеты, использовавшиеся союзниками немцев, оставались чаще всего в первоначальной заводской окраске (цвета RLM 70/71/65). Венгерские Ju 87 А окрашивались согласно схемам Люфтваффе в стандартные цвета RLM 61/62/63/65.

Ju 87 R-2 из StG 2 в «песочном» камуфляже, наложенном на стандартную «европейскую» окраску (RLM 70/71/65). На вертикальном киле белый заводской номер 6117.

Ju 87 D-l/trop. (GP+YA) в одноцветной «песочной» тропической окраске.

Цвет инд. буквы I. группа II. группа III. группа IV. группа V.группа белый 1 эскадрилья Н 4 эскадрилья М 7 эскадрилья R 10 эскадрилья U 13 эскадрилья X красный 2 эскадрилья К 5 эскадрилья N 8 эскадрилья S 11 эскадрилья V 14 эскадрилья Y желтый 3 эскадрилья L 6 эскадрилья Р 9 эскадрилья Т 12 эскадрилья W 15 эскадрилья Z

Хорватские ВВС возникли вместе с хорватским государством в 1941. Хорватия получила небольшое количество самолетов Ju 87 R-2 (5–6 экземпляров) и 15 машин Ju 87 D. Эти самолеты использовались для борьбы с партизанами Тито, а шесть Ju 87 D в конце лета 1944 принимали участие в боевых действиях против Советской армии.

Уже в 1940 с помощью немецких военных советников в Венгрии сформировали первую часть пикирующих бомбардировщиков. Это была состоявшая из двух эскадрилий 1-я отдельная бомбардировочная группа (1. Onallo Zuhanobombazo Osztaly). Она была оснащена самолетами Ju 87 В-2 и несколькими Ju 87 А и служила исключительно как экспериментальная учебная часть. В 1942 и в начале 1943 летчики Magiar Kiralyi Legiero (венгерских ВВС) прошли переподготовку на самолеты Ju 87 D-5, а в мае 1943 прошла реорганизация военной авиации, в результате чего появилась 102/1 Zuhanobombazo Osztaly (102/I группа пикирующих бомбардировщиков), вооруженная вначале 12 машинами версий D-3 и D-5. Первым командиром части стал капитан Ено Короши, а первую боевую акцию группа провела в августе 1943 в Белоруссии в окрестностях Гомеля (это была бомбардировка позиций советских партизан). В сентябре 1943 командиром стал капитан Гёза Левей. До конца октября 1943 группа выполнила свыше 1000 боевых вылетов, понеся значительные потери, из-за которых вынуждена была возвратиться в Венгрию. В июне 1944 группа полностью восстановила свою боеспособность и вновь была направлена на Восточный фронт. Действуя с аэродромов, расположенных на территории Польши (Замость, Краков-Раковец и Пржемысль), оперировала там вместе с немецкой SG 77 в качестве штурмовой части до августа 1944. В августе 102/1 группа была перевооружена на самолеты «Фокке-вульф» Fw 190.