Региональные структуры «Вервольфа» прекращали свою деятельность в различных условиях и по разным причинам. Многие из старших офицеров СС, словно одражая своему рейхсфюреру, пытались договориться сдаче Союзникам. Некоторые предпочитали просто скрыться в неизвестном направлении. Группенфюрер СС Хайнц Рейнефарт был арестован по приказу Гитлера, когда пытался со своим окружением, «вервольфами» и полутора тысячами ополченцев из Фольксштурма, скрыться из осажденной крепости Кюстрин. Между тем на местах предпочитали не сообщать в центр, что фактически распускались организации «Вервольфа». Наиболее известен пример штирийского «Вервольфа», который был распущен 4 мая 1945 года гауляйтером Юберрайхтером. Некоторые из «вервольфов» оказались просто «людьми из ниоткуда». Они не могли сдаваться, но и не имели желания дальше сражаться. Летом 1945 года части НКВД чуть южнее Берлина задержали двух подозрительных лиц. Ими оказались два вконец деморализованных «вервольфа», чей отряд был покинут командиром в первых числах мая. В течение нескольких месяцев отряд, теряя людей (вначале в нем числилось 123 человека), бесцельно курсировал вокруг местечка Люкенвальде.

Но далеко не все «вервольфы» после поражения в войне прекратили свою деятельность. Часть из наиболее фанатичных национал-социалистов еще весной 1945 года, когда крушение рейха стало неизбежным, начала планировать свою послевоенную деятельность. Основная их тактика заключалась в том, чтобы затаиться на время и дождаться момента, когда наступят более подходящие условия для саботажа и партизанских вылазок. Американским оккупационным властям удалось заполучить сведения о тайной встрече «вервольфов» из подгруппы «Вила, секции 4 е», в ходе которой было решено, что все участники группы должны были изображать из себя антифашистов. Этот маскарад, по задумке «вервольфов», мог позволить им втереться в доверие оккупационным властям. Воспользовавшись этим доверием, «вервольфы» должны были проникнуть в органы власти и новые военизированные формирования (полиция, немецкая охрана объектов и т. д.). При этом среди «вервольфов» продолжала сохраняться строжайшая дисциплина. Подобные инструкции получила и группа «вервольфов» из Южной Баварии, которую возглавлял бывший офицер гестапо по имени Хабер. Их план состоял в том, чтобы никак не проявлять себя в первые два месяца оккупации. Но при этом члены группы должны были сеять среди мирного населения слухи, вызывающие бурное недовольство американскими оккупантами. В основном слухи сводились к живописанию изнасилований, которые творили темнокожие солдаты американской армии. После недолгого затишья «вервольфы» должны были начать крупномасштабную кампанию, в ходе которой бы осуществлялись саботаж и убийства сотрудников новой администрации. Все распоряжения о прекращении деятельности, которые были изданы Дёницем, напрочь игнорировались.

Кроме этого, по всей стране действовало нескольких отрядов-шатунов. Они обычно устраивали небольшие террористические вылазки. В мае 1945 года маршал авиации Теддер, кроме всего прочего занимавший пост в союзном командовании, отмечал, что после войны «вервольфы» не доставляли особых неприятностей, за исключением небольших вылазок, которые осуществлялись крошечными группами мужчин или подростков. В июне 1945 года союзническая контрразведка сообщала, что после капитуляции Германии наблюдались лишь отдельные случаи вооруженных нападений и саботажа, которые были организованы «вервольфами». Приведу несколько примеров: в Фульде нацистские партизаны пытались терроризировать местного секретаря компартии; в городе Фрейинг, лежащем на юго-востоке Баварии, было совершено несколько актов саботажа. Там же активно распространялась нацистская пропаганда и периодически совершались нападения на американских солдат. На холмах близ Штутгарта несколько «вервольфов» обстреляли из гранатомета колонну американских грузовиков. В ходе перестрелки почти все нападавшие были убиты. В Нюрнберге бывший рядовой Ваффен-СС Альфред Зитцманн возглавил группу «вервольфов», которые должны были взорвать здание суда, где должен был проводиться суд над нацистскими преступниками. План провалился. Союзническая контрразведка не исключала, что именно эта группа была причастна к взрывам денацификационных судов в других городах Германии.

Кроме террористических вылазок, «вервольфы» в самых разнообразных областях оставляли свои пропагандистские надписи на стенах, разбрасывали агитационные брошюры и подкидывали «пособникам врагов» угрожающие листовки. Нередко вслед за листовками шли нападения. Осенью 1945 года американские оккупационные власти, уже было забывшие о «вервольфах», вновь обратили внимание на нацистских подпольщиков. На этот раз «Вервольф» считался едва ли не самой серьезной угрозой для новых властей. В августе 1945 года при таинственных обстоятельствах гибнут один из берлинских банкиров, согласившийся сотрудничать с Советами, и начальник полиции района Зеледорф. В Рейнланде 18 июня на растяжке подорвался бургомистр одного из городков, когда он ехал на своем мотоцикле. В Баварии в 1945–1946 годах произошло несколько громких политических убийств. В течение нескольких лет после окончания войны нацистские подпольщики продолжали обрезать телефонные провода, минировать дороги и совершать вооруженные вылазки. Нападения происходили на офицеров Седьмой армии США. Есть подозрения, что авария самолета фельдмаршала Монтгомери, которая произошла 22 августа 1945 года, была подстроена саботажниками из состава Вервольфа». В городке Аурих, который лежит на северо-западе Германии, женщиной-«вервольфом» был убит британский офицер. Когда в американской зоне оккупации в августе 1946 года началась денацификационная чистка университетов, то почти сразу же пропал один из инициаторов ее организации Эдвард Хартшорн. Его тело нашли в лесу. Он был повешен. По стилю убийства это больше напоминало не диверсии «вервольфов», а приговоры «судов Фемы». Убийство Хартшорна очень тяжело сказалось на реформе высшего образования в послевоенной Германии.

Об уровне активности «вервольфов» после окончания войны говорят несколько фактов. Даже в 1947 году, то есть два года спустя после немецкой капитуляции, военные суды Союзников все еще продолжали выносить смертные приговоры нацистским партизанам, продолжались повальные аресты. В июне 1945 года только в Северном Руре по подозрению в причастности К «Вервольфу» было арестовано более двух тысяч человек. Всего же в западной зоне оккупации находилось боке 80 тысяч политических заключенных, которые были брошены в лагеря и тюрьмы только с одной целью — подорвать силы нацистского сопротивления. В принципе, летом 1945 года американцы и англичане смогли в определенной мере достигнуть этой цели — они ликвидировали сеть «Вервольфа». Но это вовсе не значило, что им удалось полностью уничтожить сопротивление. Его огонь еще продолжал тлеть, мешая урегулированию ситуации в Германии. Если посмотреть на действия Союзников в 1945–1946 годах, то можно обнаружить, что борьба с мелкими неорганизованными терактами была более сложным делом, чем раскрытие и ликвидация централизованной сети «Вервольфа».

В советской зоне оккупации дела обстояли еще хуже. Борьба с «вервольфами» на территории ГДР и ряда других восточноевропейских стран продолжалась едва ли не до начала 50-х годов. Советская контрразведка вполне справедливо полагала, что «вервольфы» не собирались отказываться от партизанской и диверсионной борьбы после поражения Германии. У НКВД имелось достаточное количество сведений, которые говорили о том, что многие группы «Вервольфа» были просто на время законсервированы. Их деятельность постепенно стала набирать обороты летом 1945 года. Группа «вервольфов», сформированная в померанском городке Бютов, совершила удивительный рейд, добравшись едва ли не до Австрии. Задержанные британской контрразведкой «вервольфы» из этой группы поведали, что они не собирались складывать оружие, несмотря на все приказы. Многие из «вервольфов» намеревались активно бороться против Красной Армии. Отчеты НКВД содержат множество примеров. Вот один из них. В лесу около г. Лобен совершались неоднократные нападения на советских военнослужащих. 30 мая 1945 года частями НКВД здесь была ликвидирована партизанская группа, состоявшая из 16 человек. Или другой пример — в августе 1945 года в Вене и пригородах прогремело несколько взрывов — «вервольфами» были взорваны зал, где собирались местные коммунисты, и электрическая подстанция.