Вплоть до конца 1946 года в советской зоне оккупации продолжали появляться листовки, которые призывали к борьбе против Красной Армии и коммунистов. Что касается реакции советской стороны, то она не скрывала, что «вервольфы» пытались посеять ужас среди мирных жителей. Террор не был преувеличением. Ночью на 12 августа 1945 года саботажники уничтожили товарный поезд в тюрингском городке Мюльхаузен. В 1946 году в Берлинской администрации произошел взрыв, при котором погибло и было ранено 15 человек. Несколько подобных случаев произошло в Мекленбурге. В Зенфтеберге нацистские партизаны смогли перебить железнодорожный караул, после чего был пущен под откос поезд с продовольствием. В ответ на эти вылазки НКВД предпринял ответную кампанию террора. В июне 1945 года силами НКВД были уничтожено около 600 «вервольфов». В 1946 году в одной только Саксонии было ликвидировано сорок две группы нацистских партизан. Всего же на территории советской зоны оккупации к октябрю 1946 года было убито 3336 человек, состоявших в «Вервольфе». Параллельно с этим шла активная борьба с «пособниками». В лагерях оказалось около 240 тысяч немцев, заподозренных в помощи «вервольфам». Треть из этих людей так больше никогда и не вернулась на родину.

По оценкам НКВД, главная цель групп «Вервольфа», продолживших свое существование после войны, заключалась в том, чтобы спровоцировать военные действия между Союзниками и Красной Армией, а также способствовать росту антисоветских настроений в Польше и Чехословакии. Как говорилось в одном из документов, смысл их деятельности сводился к тому, чтобы «участвовать в подготовке к войне против Советского Союза на стороне англо-американцев, которые расценивали нацистское подполье в этом деле как незаменимый инструмент». Это не было просто идеологической фантазией. В Силезии была обезврежена группа «вервольфов», которая в своей деятельности активно использовала пропаганду восстановления прежних национальных границ. При допросе «вервольфов», пойманных в Южной Моравии, некоторые из них заявили, что они ожидали помощи от американцев, которые должны были сбрасывать с самолета оружие и боеприпасы. Те же «вервольфы» свидетельствовали, что должны были способствовать продвижению американцев на Восток. После достижения этой цели из их числа должны были быть сформированы особые полицейские отряды.

Были и другие примеры. На территории Западной Германии начиная с 1944 года стали создаваться особые группы «вервольфов», которые маскировались под антифашистов. Им создавалась соответствующая легенда, а затем их забрасывали на территорию Польши, где они должны были наладить контакт с поляками. В руках НКВД оказалась инструкция одной из таких групп. В ней рекомендовалось втереться в доверие к полякам, что могло впоследствии не только помочь избежать депортации, но и устроиться на работу. Под видом инженеров и технических специалистов «вервольфы» должны были вести шпионаж, а по возможности и саботаж на польских предприятиях. Речь фактически шла о создании разветвленной подпольной организации, которая должна была осуществлять диверсии в глубоком тылу противника. Для пущей убедительности «вервольфам» помогали наладить связи с польскими социалистами и коммунистами. Неудивительно, что советские оккупационные власти с большим скепсисом относились к немецким антифашистам, готовым к активному сотрудничеству. Именно по этой причине в Восточной Германии и прилегающих территориях летом 1945 года были «демонтированы» все местные структуры «Антифа». В одном из отчетов НКВД говорилось, что «Антифа» была просто пропитана нацистами.

Но наиболее активно НКВД боролся с «Вервольфом» в Австрии. Когда в августе 1945 года Штирия перешла под контроль британцев, то местное военное руководство с удивлением отметило, что «русские весьма успешно справились с «вервольфами», а руководство последних оказалось в советских лагерях. В некоторых областях Австрии НКВД и офицеры Красной Армии проводили казни без суда и следствия. 19 мая 1945 года в городах Шайбенр и Кирхенштайг было ликвидировано восемь человек, подозреваемых в помощи «вервольфам». Полковник НКВД, осуществлявший свою деятельность в одном из районов Саксонии, докладывал в центр, что угроза «Вервольфа» была устранена уже в начале 1946 года. Операция «вервольфов», подготовленная в 1947 году, была раскрыта. «Вервольфы» планировали произвести взрыв в центре Вены, но агент, внедренный в среду «вервольфов» (!!!), тут же сообщил об этом оккупационным властям.

Дольше всех «вервольфы» смогли просуществовать в этнических немецких общинах Чехословакии и Польши. Во-первых, здесь они могли рассчитывать хотя бы на номинальную поддержку местного населения. Во-вторых, части НКВД в большинстве случаев здесь были заняты расправами с местными националистами. В особенности это касалось Польши. Кроме этого, новые режимы в Польше и Чехословакии испытывали явный недостаток специалистов в области контрразведки, которые могли бы грамотно противостоять немецким партизанам. Эта проблема была частично решена в конце 1945 года, когда польские и чехословацкие спецчасти начали совместную деятельность по искоренению «вервольфов» на своей территории. Им удалось преуспеть в этом деле, хотя некоторые группы «вервольфов» продолжали свои вылазки в 1946-м и даже 1947 году. Однако Советский Союз и его сателлитов волновал более широкий спектр вопросов: будут ли использоваться против СССР немецкие офицеры и разведчики, захваченные западными державами? Ожидали ли «вервольфы» поддержки с Запада? Существовала ли законспирированная сеть, которая могла использоваться Западом для войны против СССР?

Поначалу западные державы весьма охотно снабжали руководство советской оккупационной зоны сведениями о действиях «вервольфов» и их тактике. Но после того как стало ощущаться приближение «холодной войны», эти сведения становились все скуднее, пока и вовсе их поступление не прекратилось. Подобное положение вещей вызвало обеспокоенность у советской стороны хотя бы потому, что стали возникать подозрения, что западные спецслужбы стали рассматривать «вервольфов» не как врагов, а скорее как потенциальных союзников. Документы НКВД показывают, что уже в 1946 году западные державы посылали в советскую зону оккупации специальные отряды немцев, которые должны были не только осуществлять шпионаж, но и вести террор в отношении местных коммунистов и служащих Красной Армии. Интересно, что эти отряды получили название «Эдельвейс-пираты». Именно так называлось стихийное молодежное движение, которое в годы нацистской диктатуры пыталось составить конкуренцию гитлерюгенду. Документы британской разведки действительно подтверждают, что начиная с 1947 года Красная Армия больше не рассматривалась Англией как союзная сила. Следствием этого стало убеждение, что необходимо использовать против русских силы антисоветского сопротивления. Некоторые исследователи утверждали, что американцы в данной ситуации были бы рады использовать силы все еще сохранившихся «вервольфов». Некоторые немецкие офицеры, которые в 1945 году сдались в плен американцам, обладали немалыми сведениями относительно «Вервольфа» и его подразделений, действовавших на Восточном фронте. Американцы заинтересовались этими данными. Так в определенный момент нацистское сопротивление стало превращаться в антисоветское движение, осуществлявшее свою деятельность под патронажем спецслужб США. В конце 40-х годов некоторые из этих немецких офицеров неожиданно оказались в Саксонии (советская зона оккупации) в надежде восстановить связи с прежними членами «Вервольфа» и ячейками нацистского подполья, которое было создано еще в 1945 году. Все эти миссии были не просто рискованны, а смертельно опасны. Попадание в руки НКВД могло означать смерть.