Зосима полагал алхимическое окрашивание металлов своего рода духовной практикой. Адепт очищал их природу на химическом уровне и одновременно улучшал через это свою душу. При помощи алхимии было возможно побороть злых демонов, поработивших человека, и духовно переродиться. При этом Панополит предполагал, что алхимия, целью которой является только нажива, — это ловушка демонов, с помощью которой они держат в узде алчных людей. В трактатах Зосимы прослеживаются четкие параллели между его алхимической философией и гностическими ритуалами. Алхимик не просто очищал неблагородные металлы, делая из них золото, он проводил церемонию гностического «крещения» металлов. Для этого использовалась «божественная вода»: свинец погружали в верхний отсек наполненного серным реагентом керотакиса. Этот двухкамерный алхимический сосуд выполнял символическую роль купели. Серные пары поднимались и воздействовали на металл, который постепенно растворялся и трансформировался в сульфид свинца. Он конденсировался в верхних частях сосуда и стекал вниз. Жидкость нагревали снова, и цикл повторялся много раз. В итоге получался продукт в виде черной однородной массы, которую считали первоматерией. Ее нужно было очистить при помощи паров ртути, серы и мышьяка. В ходе этого процесса цвета субстанции менялись последовательно от черного к белому и красному.

Восходящие пары именовались древнегреческим словом «бафе», однокоренным с глаголом «бапто», от которого происходит термин «баптизм», или крещение. Изначально это слово означало просто «красить» или «окунать». Пары трактовались Зосимой как «душа», заключенная в «теле» металла. Только под воздействием стихии огня ей удавалось покинуть косную природу неблагородного вещества. Пробуждая «душу», скрытую в металле, алхимик выступал в роли посредника бога, дарующего освобождение душам, страждущим освобождения. Вместе с металлами очищался и сам экспериментатор, так как во время операции преображения неблагородного металла в драгоценный сам бог являл свою силу. Полученное «золото» служило знаком ритуального совершенствования алхимика, вестью о том, что его душа после смерти освободится от контроля демиурга и воссоединится с богом. Похожий ритуал, предполагающий очищение души при помощи сакрального созерцания, был в неоплатонической системе Ямвлиха, современника Зосимы.

Итак, духовная алхимия Зосимы — это попытка проиграть события герметического свода, описывающие низвержение человека в бездну материального мира, в обратном порядке; попытка усовершенствовать мир, полный косной материи и пагубного влияния демонов, огораживающих людей от восхождения к богу.

В других трактатах Зосима вводит множество аллегорических образов, которые затем прямо повлияют на иконографию средневековой алхимии. Борьбу воды и огня, в которой побеждала вода, Панополит представлял как любовное слияние мужчины и женщины, порождающих андрогина — существо, обладающее признаками обоих полов. Редкий иллюстрированный европейский трактат по алхимии обходился без этого образа (см. здесь). В своих знаменитых видениях египетский алхимик персонифицирует металлы и даже алхимические процессы: так появляются жрец Ион (это имя обозначало процесс окрашивания), дракон и несколько металлических человечков, которых сегодня назвали бы гомункулами. Один из них обращается к Зосиме: «Явился некто на рассвете, поспешая, и одолел меня, и разрубил меня мечом, расчленив по складу гармонии». Затем жрец велит Зосиме разрубить тело другого человечка: «Отсеки ему голову, предай тело его закланию и разруби плоть его на куски, дабы сперва сварить ее исправно, а затем передать на место казней».

Зосима писал, что его учителем был сам Демокрит, греческий философ, предположивший существование атомов. Конечно, на самом деле это было невозможно, т. к. философ жил на несколько сотен лет раньше. Жизнеописание псевдо-Демокрита было составлено в IV в. алхимиком Синезием: атомист якобы пришел из Абдер в Египет, чтобы научиться истинной мудрости. Там, в храме Мемфиса, его и египетских жрецов якобы посвятил в тайное искусство алхимии знаменитый персидский маг Останес. Египет в те времена находился под властью персов, а Останес, согласно легендам, был настолько влиятельным, что даже сопровождал персидского царя Ксеркса во время завоевательных походов в Грецию и попутно обучал покоренные персами народы магии. Демокрит после этой судьбоносной встречи создал четыре книги об окрашивании, т. е. о том, как, окрасив неблагородные металлы, камни или ткани, создать фальшивые золото, серебро, драгоценные камни или поддельный пурпур.

Кем же был таинственный Останес, и можно ли предположить, что персидская алхимия действительно повлияла на александрийскую? Весьма вероятно, что нет, т. к. Останес был легендарной фигурой. К тому же, до нас не дошли персидские тексты, описывающие алхимические техники, подобные египетским. Несмотря на то, что сами египтяне называли «персидской» традицию алхимии, якобы принесенную магом Останесом, в те времена в эллинистическом мире было принято называть «магами» не столько самих персидских жрецов, сколько любого человека, сведущего в магии, астрологии и т. д., и происходящего из Вавилона, где этим искусствам обучали.

Мы немного знаем о персидской алхимии, однако ученым хорошо известны аналогичные греческим тексты из Месопотамии: самый ранний протоалхимический клинописный памятник датируется XIII в. до н. э. Шумеро-аккадская алхимия повествует о тех же четырех темах, связанных с окрашиванием и подделкой. Более того, по-видимому, именно из Вавилона алхимия и пришла в Египет. Свидетельством этому служат необычные ингредиенты, которые, следуя за своим духовным отцом Останесом, дословно перечисляет псевдо-Демокрит. Алхимик указывает, что для создания ванночки для окрашивания камней необходимы медная ржавчина, а также «желчь мангуста и грифа». Эти необычные компоненты являются лишь зашифрованными именами настоящих веществ, которые греко-египетские алхимики скрывали от профанов: к примеру, в алхимических папирусах среди реагентов часто упоминаются «человеческие экскременты», которые, впрочем, обозначали всего лишь чеснок. Обычно расшифровка передавалась изустно, а на письме ингредиенты намеренно скрывались эзоповым языком или тайнописью в надежде, что если непосвященный украдет текст рецепта, вместо изготовления золота он лишь отравится парами фекалий.

Желчь мангуста и желчь грифа ничем принципиально не отличаются. Уже это заставляет предположить, что эти понятия являлись зашифрованными алхимическими ингредиентами. Однако ключ к расшифровке находится не в египетском или греческом, а в аккадском языке. Слово «шикку», т. е. «мангуст», является омофоном слова «шику», обозначающего медь плохого качества. «Гриф», звучащий на аккадском как «эру», также является омофоном слова, обозначающего медь. Загадки, легко разгадываемые ученым носителем аккадского языка (для коего они и предназначались), стали принципиально нерешаемыми для алхимиков эллинистического Египта, не владевших месопотамским наречием. Таким образом, мы можем проследить цепочку передачи алхимического знания от вавилонских табличек XIII.до н. э. до византийского трактата XI в., содержащего рецепты египетских златоделов.

Части тела здесь рассматриваются как ингредиенты, участвующие в алхимических процедурах. Зосима называет этот процесс «философическим четвертованием» (см. здесь). Плоть нужно «разрубить», то есть — приготовить металлы для смешения в алхимическом сосуде для тетрасоматы, четверного сплава олова, железа, свинца и меди, из которого затем родится первоматерия. После всех операций по очищению и дистилляции (образно переданных как снятие скальпа и декапитация), алхимику явится медный гомункул. Его нужно будет сварить заживо на алтаре, формой похожем на алембик, чтобы тот превратился в серебряного. Серебряного же человечка необходимо подвергнуть пытке огнем: так он станет совершенным золотым гомункулом.