За заговором против Шуйского стоял самый влиятельный среди русских претендентов на трон Василий Васильевич Голицын. Он в свое время казнил Федора Годунова, он руководил убийством Лжедмитрия I. Он вдохновлял и взявшего на себя непосредственное исполнение свержения Шуйского Захария Ляпунова.

Захарий, истинный представитель «удалого полустепного дворянства», как характеризовал его Ключевский, был «человек решительный, заносчивый и порывистый; он раньше других чуял, как поворачивает ветер, но его рука хваталась за дело прежде, чем успевала подумать о том голова».

Сподвижник Лжедмитрия II боярин князь Дмитрий Трубецкой 16 июля обратился к москвичам с лукавым предложением: они «ссаживают» несчастливого царя Василия, а он проделывает то же с самозванцем. Голицын и его команда эту идею подхватили.

17 июля 1610 года Захарий Ляпунов и Иван Никитич Салтыков с группой своих единомышленников, в основном рязанских дворян, собрали на Красной площади внушительную толпу и обратились к ней с предложением свергнуть царя. Одновременно заговорщики врывались в дома знатнейших бояр, в патриаршие палаты. Гермогена и бояр потащили на Красную площадь. Решили не штурмовать охраняемый кремлевский дворец, а сначала переместить людей в Замоскворечье, где стояли войска, развернутые против Лжедмитрия II. В военном лагере за Серпуховскими воротами собрался своего рода Земский собор с участием думских бояр, патриарха и взбунтовавшегося народа.

За низложение Шуйского агитировали Голицыны, Мстиславский, а также возвратившийся в Москву бывший «глава тушинского правительства» митрополит Филарет Романов. Отец будущего царя был взят в плен царскими войсками под Волоколамском. Шуйский не осмелился судить авторитетного «воровского патриарха», как называли Филарета, и опрометчиво разрешил ему остаться в столице. А патриарх Гермоген фактически простил Романова, объявив его жертвой Лжедмитрия II, и признал его право на прежний сан ростовского митрополита. На Соборе же Гермоген защищал царя Василия, но это был глас вопиющего в пустыне.

Чтобы убедить Шуйского отречься, в Кремль с мандатом от толпы направили Воротынского, Федора Шереметева и патриарха со всем Священным собором. И здесь не обошлось без нижегородского следа. Свояк Воротынский обещал Шуйскому в случае добровольного отречения выделить ему отдельное удельное княжество со столицей в Нижнем Новгороде. Василий твердо отказался оставлять трон. Тогда его силой отвели на его старый боярский двор и приставили стражу.

После этого Собор направил гонцов в лагерь Лжедмитрия, который стоял уже у Данилова монастыря, с требованием арестовать «царька» как договаривались. Но Трубецкой в ответ предложил открыть ворота для торжественного въезда в столицу «истинного царя Дмитрия». В этих условиях Шуйский вновь поднял голову и предпринял попытку возвращения.

Тогда заговорщики для надежности решили радикально лишить Василия возможности вновь занять престол. Собрав немногих стрельцов и толпу москвичей, Захарий Ляпунов, Гаврила Пушкин явились на двор Шуйского, прихватив с собой монаха из Чудова монастыря. Дворяне крепко держали сопротивлявшегося изо всех сил самодержца, пока чернец совершал обряд пострижения. После чего «инока Варлаама» на крытой повозке отвезли в Чудов монастырь, приставив к нему охрану. Патриарх Гермоген так и не признает пострижения Шуйского.

Низложению Шуйского пытались придать видимость решения «всей земли», но реально царя от власти отстранил не Собор, а группа оппозиционно настроенной элиты. Свергая его, ни заговорщики-бояре, ни москвичи не договорились о преемнике. А ведь престолонаследие на протяжении всей российской истории всегда было центральным вопросом политики и главным источником смут. «Москва лишилась правительства в такую минуту, когда крепкая и деятельная власть была ей очень необходима. Враги подходили к стенам самой Москвы, владели западным рубежом государства, занимали города в центральных и южных областях страны. С этими врагами необходимо было бороться не только за целость государственной территории, но и за независимость самого государства, потому что их успехи угрожали ему полным завоеванием», — справедливо замечал Платонов.

Нужно было что-то быстро решать. Патриарх и духовенство настаивали на избрании русского царя. Гермоген называл молодого Михаила Федоровича Романова, а другие духовные лица отдавали предпочтение князю Василию Васильевичу Голицыну. Московский служилый и тяглый люд стоял в основном за Романова. Он имел в глазах людей наибольшие права на трон как двоюродный племянник последнего законного царя Федора Иоанновича. Ляпунов и рязанцы продвигали Василия Голицына. Но Боярская дума во главе с Федором Мстиславским категорически заблокировала его избрание. Бояре все больше склонялась к кандидатуре королевича Владислава, отчасти учитывая неудачный опыт царей из бояр — Бориса Годунова и Василия Шуйского, отчасти ожидая от Владислава встречных милостей. Но, главное, из-за очень хорошо им известных симпатий к Лжедмитрию II московских низов, уже привыкших к переворотам.

Обсуждалась и кандидатура шведского принца. В августе Делагарди обратился с письмом к новгородцам и москвичам, категорически предостерегая их от избрания на русский престол сына польского короля. Советовал сделать царем одного из сыновей Карла IX. Но после клушинского предательства шведов такой вариант уже не проходил.

В результате никто из претендентов так и не получил поддержки большинства ни в Думе, ни на Земском соборе. Решили отложить принятие столь необходимого в тот момент решения до того, как в столицу съедутся представители «всей земли». В провинцию помчались гонцы с наказом выбирать из всех чинов по человеку для участия в избирательном соборе. Но кто же будет осуществлять верховную власть до выборов нового царя?

Семибоярщина. Каковы были основы ее легитимности? «По давней традиции Боярская дума выделяла в период междуцарствия особую комиссию из своего состава для управления страной, — объяснял Скрынников. — Следуя обычаю, Земский собор поручил дела — впредь до съезда представителей провинции — семи избранным боярам. Так образовалась знаменитая московская Семибоярщина. В нее вошли Федор Мстиславский, Иван Воротынский, Василий Голицын, Иван Романов, Федор Шереметев, Андрей Трубецкой и Борис Лыков. Дворяне, приказные люди, стрельцы, казаки, гости и черные люди немедленно принесли присягу на верность временному боярскому правительству. Со своей стороны бояре обязались „стоять“ за Московское государство и подготовить избрание нового царя „всей земли“».

Однако уже через неделю ситуация кардинально поменялась. Жолкевский подошел к Москве и разбил свой лагерь на Хорошевском поле. И вступил в переговоры одновременно и с Семибоярщиной, которой предложил присоединиться к Смоленскому договору об избрании царем Владислава; и с Лжедмитрием II — о совместном штурме Москвы. Семибоярщина оказалась перед нелегким выбором. Ключевский писал: «Ей пришлось выбирать между двумя соискателями престола: Владиславом, признания которого требовал шедший к Москве Жолкевский, и самозванцем, тоже подступавшим к столице в расчете на расположение к нему московского простонародья. Боясь вора, московские бояре вошли в соглашение с Жолкевским на условиях, принятых королем под Смоленском».