На Шелони Холмский неожиданно для себя столкнулся с новгородским войском, посланным против псковичей. Некоторое время обе рати шли по разным берегам реки. Следуя давнему обычаю, новгородцы перед боем затеяли словесную перепалку: «По оной стране реки Шелони ездяще, и гордящеся, и словеса хулные износяще на воевод великого князя, еще же окаяннии и на самого государя великого князя словеса некая хулная глаголаху, яко пси лаяху».

14 июля завязалась битва. Новгородская судовая рать «бишася много и побиша москвич много» на переправе. Но когда новгородцы погнали москвичей за Шелонь, на них из засады ударили татары, присланные на помощь воеводе.

Новгородцы дрогнули и побежали. Конный полк архиепископа Феофила еще мог исправить положение. Но его воеводы не двинулись с места, заявив, что они посланы только против псковичей. Скорее всего воеводы действовали в соответствии с инструкциями, полученными от владыки.

Основные потери в средневековых битвах войска несли во время отступления. Москвичи преследовали новгородцев 12 верст. В битве на Шелони пало до 12 тысяч новгородцев. Еще 2 тысячи попали в плен. В числе пленных были главнейшие новгородские посадники и бояре. Явившись в Русу, Иван III учинил суд и расправу над правителями Новгорода Великого.

Дмитрий Борецкий и трое других посадников подверглись наказанию кнутом, после чего им отсекли голову. Василий-Казимир и трое других бояр были отправлены «в оковы» в тюрьму Коломны. С пленников «добрых людей» был взят откуп, «мелких людей» отпустили так.

27 июля великий князь прибыл на Коростыню, где начал переговоры о мире с представителями Новгорода.

11 августа был подписан мирный договор. Очевидно, Иван III очень спешил. На то были причины.

Противники Москвы не отказались от планов создания широкой коалиции против Москвы. Если бы им удалось втянуть в войну с Россией Литву, Большую Орду и немецкий орден, тогда Москве предстояла бы тяжелая затяжная война.

Иван III желал избежать такой войны. Он принял главное требование новгородцев — сохранение вечевого строя в Новгороде. Это требование отразилось в Яжелбицком договоре с Россией и в проекте договора с королем Казимиром. Великий князь должен был понять, что новгородцы не поступятся вольностью.

В основу договора 1471 г. был положен Яжелбицкий договор 1456 г. В руки Ивана III попал проект договора с Казимиром. Главный пункт нового договора воспрещал новгородцам «отдаватися» под власть короля. Иван III принял от Новгорода выкуп — 16 000 рублей, ровно столько, сколько предложили ему новгородцы.

Новгород сохранил право приглашать на престол князей, исключая недругов Москвы. Все население Новгорода было приведено к присяге. В тексте договора новгородцы еще именовались «Великим Новгородом, мужами вольными», но «отчина» великого князя Новгород обязался не отступать от Москвы. Московские власти не решились упразднить в Новгороде вечевой строй. Последующие события обнаружили полную несовместимость республиканских и монархических порядков.

Осенью 1475 года Иван III явился в Новгород «миром», но его сопровождала внушительная сила. По традиции новгородских должностных лиц могли судить лишь Совет господ и вече Новгорода. Но Иван III пренебрег законом и традицией. Предлогом для расправы с новгородскими посадниками стала жалоба жителей Славковой улицы. Бояре Славецкого конца, по наблюдениям В. Л. Янина, тяготели к союзу с Москвой, бояре Неревского конца — к Литве. Распри между «концами» Новгорода сопровождались взаимными нападениями и грабежами. Пострадавшие жители Славковой улицы подали Ивану III жалобу на В. Ананьина и 24 других лица. Иван III не стал выяснять степень вины каждого боярина, но использовал жалобу, чтобы покончить со своими политическими противниками. Григорий Туча, названный в числе четырех главных инициаторов разбоя, а также В. Никифоров избежали ареста. В. Ананьин и три других боярина были под стражей отправлены в Москву. Имя боярина И. Офонасова ни в каких жалобах не фигурировало. Тем не менее его увезли в Москву вместе с В. Ананьиным. Офонасова обвинили в том, что он мыслил «датися за короля». По традиции великий князь не имел права судить новгородцев «на Низу», в пределах Владимирского и Московского княжеств. Архиепископ Феофил пытался выручить арестованных бояр и предпринял путешествие в Москву, но его миссия не имела успеха.

Добиваясь полного подчинения Новгорода, Иван III задался целью упразднить особый новгородский суд, заменив его великокняжеским. Вопрос о ликвидации вечевого строя был отложен на будущее.

Новгородские послы именовали московского князя «господином». Такое обращение символизировало равенство сторон: «Господин Великий Новгород» вел переговоры с «господином великим князем». Весной 1477 г. в Москву потянулись новгородцы — «жалобщики на посадников и на бояр». Летописи поясняют, что среди «жалобщиков» были не только «вдовы и черницы», но и «посадницы и мнози жития новгородцы», среди них сторонники Москвы посадник Василий Никифоров и боярин Иван Кузьмин. Вместе с другими Иван III принял «Назара Подвойского да Захарья дьяка вечного». В дальнейшем никто не мог установить, кого представляли названные лица. По московской летописи, их прислал архиепископ Феофил. В устюжской летописи имя владыки не названо. На приеме во дворце Назар и Захарий на московский манер называли Ивана III и его сына «государями», отступив от принятого обращения «господин». Московские власти использовали их обмолвку, чтобы возможно скорее довести дело до разрыва с Новгородом. Московские послы Ф. Д. Хромой-Челяднин и И. Б. Тучко-Морозов явились в Новгород и, ссылаясь на слова Назара и Захария, потребовали официального признания за Иваном III титула государя новгородского, а также устройства великокняжеской резиденции на Ярославом дворище в Новгороде, замены новгородского суда судом московского государя. Вече выслушало послов и заявило, что Новгород не санкционировал никаких перемен в титулатуре московского князя. «Мы, — говорили новгородцы, — с тем не посылали, то посылали бояра, а народ того не ведает». Назар и Захарий были объявлены вне закона. Распри между сторонниками и противниками Москвы фактически привели к падению боярского правительства.

Боярин В. Никифоров, который втайне от Новгорода поступил на службу к Ивану III и принес ему присягу, был убит на вече. В страхе перед разбушевавшейся толпой прочие бояре разбежались. Посадник В. Овинов с братом укрылись на архиепископском дворе. В отличие от Никифорова Овинов был увезен в Москву под стражей и не целовал крест Ивану III. Тем не менее народ не пощадил его. Архиепископ не смог защитить братьев. Их убили на владычном дворе. Влиятельные бояре Л. Федоров и Ф. Захарьин были посажены под стражу.

Вече отпустило московских послов «с честью», но все требования Ивана III решительно отклонило.

9 октября 1477 г. Иван III с войском выступил в поход на Новгород. В пути к нему присоединилась тверская рать. В ноябре московские, тверские и псковские отряды окружили Новгород со всех сторон. Новгородцы деятельно готовились к обороне. Городские укрепления включали каменный Детинец (Кремль) и «город» с мощным поясом укреплений. Чтобы не допустить штурма со стороны реки, воевода В. Гребенка-Шуйский и жители спешно соорудили деревянную стену на судах, перегородив Волхов. Новгородцы рассчитывали на то, что многочисленная неприятельская армия, собранная в одном месте, не сможет обеспечить себя продовольствием и рано или поздно отступит, спасаясь от голода и сильных морозов. Расчеты новгородцев оправдались лишь отчасти. Ивану III пришлось распустить половину войска, чтобы воины могли добыть продовольствие грабежом. Исключительную услугу Москве оказал Псков, доставивший в лагерь великого князя обозы со съестными припасами.