Флорентийская уния имела приверженцев в России. В юности Софья Палеолог пользовалась покровительством папского престола. Ее воспитателем был грек Виссарион, рьяный поборник унии.

Но, прибыв в Москву, Софья очень скоро поняла, что в России сторонники унии не могут рассчитывать на успех. По этой причине царьградская царевна настойчиво искала опору среди епископов ортодоксального направления. Геннадий Гонзов стал одним из них.

На протяжении веков московские иерархи при всяком затруднении обращались к главе вселенской церкви — царьградскому патриарху. Заключение унии и падение Византии поставили их в трудное положение.

В 1489–1491 гг. на Русь был приглашен ученый медик из Любека Никола Булев. Булев должен был помочь московитам в составлении Пасхалий. Иван III оценил его познания и сделал своим придворным врачом. Правоверный католик Булев отстаивал идею церковной унии и выступал рьяным противником ереси. Находясь на службе у Геннадия, доктор перевел с латинского языка сочинение Самуила Евреина против иудейской веры.

При Софийском доме издавна существовали богатейшая на Руси библиотека и книжная мастерская со штатом книжников, переводчиков и писцов. Среди софийских книжников выделялись двое братьев — архидьякон Софийского собора Герасим Поповка и Дмитрий Герасимов. Будущий знаменитый дипломат Дмитрий Герасимов родился, по всей видимости, в Новгороде и получил образование в одной из школ Ливонии, благодаря чему овладел немецким и латинским языками. В ранней молодости он перевел на русский язык латинскую грамматику Доната, что показывало уровень его образованности. Герасимов начал карьеру как переписчик владычной мастерской, которую возглавлял его брат архидьякон Герасим Поповка. В 1499 г. в мастерской была перебелена так называемая Геннадиевская Библия — полный свод библейских книг в переводе на славянский язык. Никаких данных о том, что инициатором этого предприятия выступил Иван III или московский митрополит, нет. На первом листе Библии имеется запись о том, что рукопись изготовлена в Новгороде Великом на архиепископском дворе «повелением архидиакона инока Герасима Поповки» дьяками Василием Иерусалимским, Гридей Исповедницким и Клементом Архангельским. Библия была едва ли не самой значительной русской книгой XV в. и включала не только давно известные, но и впервые выполненные переводы библейских книг.

Видимо, именно греки внушили архиепископу Геннадию мысль о возможности сотрудничества с католиками. Начав работу над Библией, Геннадий пригласил на службу в Софийский дом Вениамина, доминиканского монаха из Хорватии. «Презвитер, паче же мних обители святого Доминика, именем Вениямин, родом словенин, а верою латынянин» был, по его собственным словам, знатоком латинского языка и «фряжска». Вениамину принадлежала ведущая роль в составлении новгородского библейского свода. Примечательно, что доминиканец целиком ориентировался на латинские рукописи, часть из которых он привез с собой. Следствием явился заметный сдвиг славянской Библии с греческого русла в латинское (И. Е. Евсеев). По наблюдению Г. Флоровского, составители библейского свода «ни к греческим рукописям, ни даже к греческим изданиям в Новгороде не обращались», но использовали Вульгату в латинском оригинале и чешском переводе. Наиболее образованные книжники Вениамин и Дмитрий Герасимов при составлении комментария к библейским текстам широко использовали немецкий энциклопедический словарь Рейхлина, выдержавший в Европе до 1504 г. 25 изданий.

В Новгороде культурно-религиозное влияние Запада сказывалось ощутимее, чем в Москве, и тут раньше обнаружился контраст между новой теологией Запада и традиционным богословием, некогда составлявшим основу христианского учения. Западное богословие заново открыло для себя античную философию, что послужило толчком для разработки концепций теологии на новых основах. Восточная греческая церковь предпочитала схоластике мистические искания. На Руси наибольшую восприимчивость к новым идеям проявляли образованные новгородцы. В своих богословских исканиях они шли значительно дальше, чем могли позволить себе московские ортодоксы. На этой почве и возникло одно из интереснейших явлений русской общественной мысли — новгородское «вольнодумство», объявленное ересью.

Начало конфликту между еретиками и ортодоксами положили не столько богословские споры, сколько практика церкви. В Москве процветала продажа церковных должностей. Про архиепископа Геннадия говорили, будто он затратил на приобретение должности две тысячи рублей, неслыханно большую сумму денег. Игумен псковского Немцова монастыря Захарий, будучи противником симонии, не желал подчиняться авторитету архиепископа, к чьей епархии принадлежал его монастырь. В качестве республики Псков сохранял политическую независимость от Новгорода, и это позволило Захарию открыто выступить с обвинениями против Геннадия. В течение трех лет игумен рассылал повсюду грамоты, в которых называл Геннадия еретиком. В свою очередь, архиепископ заклеймил как еретиков Захария и двух новгородских священников, Алексея и Денисия.

Обвинения в ереси могли привести священников на костер. Но новгородский архиепископ не мог казнить священнослужителей без приказа государя. А такого приказа, судя по всему, не последовало.

Московский князь, очень возможно, симпатизировал вольнодумцам. Во всяком случае, он взял под свою защиту главных еретиков священников Алексея и Денисия и дал им назначения в Кремле. Алексей стал протопопом главного храма — Успенского собора, а Денисий — священником кремлевского Архангельского собора, усыпальницы московских государей.

Затеяв борьбу с еретиками, Геннадий вскоре же обнаружил, что вольнодумство и ересь успели проникнуть в столицу православной Руси. Среди московских вольнодумцев самой заметной фигурой был дьяк Федор Курицын, близкий ко двору Ивана III. Ему и другим еретикам открыто покровительствовала мать наследника трона Дмитрия-внука Елена Волошанка. Федор Курицын критиковал монашество и развивал мысль о свободе воли («самовластии души») человека, которому образование и знание дают свободу, ибо он узнает, где добродетель, где порок, где пьянство, где невежество.

Русское вольнодумство и ереси конца XV — начала XVI в. получили неодинаковую оценку в литературе. В советской историографии их трактуют как реформационно-гуманистическое движение, направленное против феодальной церкви. В ереси видят «одну из форм классового протеста социальных низов против феодального гнета», ее распространение связывают с резким обострением классовой борьбы (А. А. Зимин, Я. С. Лурье). Следует заметить, однако, что никаких следов классовой борьбы в указанный период обнаружить не удается.

После смерти Геронтия церковь возглавил Зосима, терпимо относившийся к московским еретикам. Избрание Зосимы сняло вопрос о суде над ближним дьяком Ивана III Федором Курицыным и другими московскими еретиками. Однако новгородские еретики были осуждены церковным судом. Их обвинили в жидовстве. Главным обвиняемым на московском процессе стал игумен Захарий, не имевший никакого отношения к «жидовствующим». Судилище над мифической сектой тайных иудеев завершилось тем, что новгородских еретиков отправили в Новгород и выдали Геннадию. По приказу владыки палачи сожгли на голове осужденных шутовские колпаки из бересты. Другие еретики были замучены в тюрьме.