Среди монахов Кирилло-Белозерского монастыря не было единодушия. Влиятельный кирилловский старец Паисий Ярославов решительно встал на сторону великого князя.

В 1478 г. Иван III распорядился по-своему вотчинами новгородской церкви. В том же году он призвал к себе Паисия и после долгих уговоров убедил его принять пост игумена Троице-Сергиева монастыря. По замыслу Ивана III назначение нестяжателей на высокие посты позволило бы практически осуществить поучения Паисия и его учеников.

Старец Паисий пользовался большим влиянием при дворе. В 1479 г. он крестил первенца Ивана III и Софии Палеолог.

Вслед за раздором из-за Кирилл о-Белозерского монастыря последовал спор из-за обряда освящения главного храма государства.

Возведение нового Успенского собора в Кремле первоначально с благословения митрополита поручили православным русским мастерам. Их постигла неудача. Тогда Иван III выписал из Италии знаменитого архитектора Аристотеля Фиораванти. Руководство строительством перешло в руки еретиков-латинян. Собор был окончен к августу 1479 г. Именно церемония освящения и стала предметом раздора между светской и духовной властью. Верховный святитель, по мнению Ивана III, допустил ошибку — обошел собор крестным ходом против солнца. Великий князь остановил Геронтия и приказал идти по солнцу. Начался спор, в котором вместе с Иваном III против митрополита выступили некоторые из иерархов. Но они «свидетельство никоего не приношаху», иначе говоря, не привели никаких серьезных доказательств в пользу своей точки зрения. Глава церкви отстаивал одновременно и русскую старину, и византийскую традицию. «Егда преста диакон ходить в олтаре, — заявил он, — на правую руку ходить с кадилом». Так было принято на Руси. Правоту митрополита подтвердил игумен, совершивший паломничество на Афон. «В Святой горе, — сказал он, — видел, что так освящали церковь, а со кресты против солнца ходили». Власть была главным аргументом великого князя. Впредь до решения спора он строго запретил митрополиту освящать новопостроенные церкви столицы.

Вторжение Орды в 1480 г. на время приглушило распри. Но едва опасность миновала, конфликт вспыхнул с новой силой. Из-за запрета Ивана III вновь построенные в столице церкви оставались неосвященными более года. Недовольные этим священники и миряне склонны были поддерживать митрополита. Потеряв надежду переубедить Ивана III, Геронтий съехал с митрополичьего двора за город, в Симонов монастырь, и пригрозил сложить с себя сан, если государь будет настаивать на своем и не «добьет» ему челом.

Угроза открытого разрыва показала, что святитель готов прибегнуть к самым крайним мерам, чтобы добиться от монарха уважения к традиционному разграничению церковных и светских дел, обеспечивавшему церкви независимость в вопросах обрядности, имущественных правах и пр. В конце концов Иван III вынужден был уступить. Он послал к митрополиту своего сына и затем сам отправился в Симонов монастырь на поклон, обещая во всем слушаться святителя, а относительно хождения с крестами положился на его волю и старину. Геронтий пытался закрепить успех и добиться послушания от иерархов, не признававших его авторитет и выступавших приспешниками светской власти. Придравшись к нарушениям поста накануне Богоявления, митрополит заключил чудовского архимандрита Геннадия в ледник. Иван III постарался защитить своего «угодника» и «выпечаловал» архимандрита из ледника, указав на пример чудотворца, митрополита Фотия, который простил аналогичное прегрешение.

Попытка расправы с Геннадием обнаружила тот факт, что конфликт между светской и церковной властью разгорался все больше и больше. В ноябре 1483 г. глава церкви вторично покинул митрополичий двор. Желая при этом сохранить пути к отступлению, он указал в качестве предлога к отъезду на сбою болезнь. Как записал неофициальный летописец: «Геронтий митрополит хотел оставить митрополию и съеха в монастырь на Симоново, и с собою ризницу и посох взя, понеже болен». Поведение Геронтия доказывало, что он не желал расстаться со святительским саном.

Вот почему он забрал с собой в монастырь символ власти — митрополичий посох (при первом отъезде Геронтий оставил посох в Успенском соборе). Вместе с посохом глава церкви забрал ризницу с хранившимися в ней митрополичьими одеждами, церковной утварью и драгоценностями. Без «митрополичьего сана» ни один святитель не мог занять стол и служить митрополичью службу.

Глава церкви рассчитывал на то, что великий князь вновь, как и два года назад, посетит Симонов монастырь и заявит о своем послушании духовному пастырю. Однако он просчитался. Иван III попытался избавиться от строптивого владыки. Как повествует летопись, митрополит «оздраве и хоте опять на митрополию; князь же великий не восхоте его (Геронтия. — Р.С.) и (Геронтий. — Р.С.) неволею не остави митрополии; и посла (Иван III. — Р.С.) к нему Паисею и не може ввести его в то: (Геронтий. — Р.С.) многажды убегал из монастыря и имаша его и тужи много по митрополии».

Иван III обращался с Геронтием совершенно так же, как Дмитрий Донской с Киприаном, плененным в Москве. «Тужа по митрополии», владыка пытался покинуть монастырь и вернуться на митрополичий двор в Кремле. Но каждый раз его задерживали и силой возвращали в обитель. Фактически Симонов монастырь стал местом заточения главы церкви. Пленение Геронтия продолжалось несколько месяцев.

Порвав с Геронтием, Иван III предложил старцу Паисию занять митрополичью кафедру. «Князь же великий, — повествует церковный писатель, — поча думати с Паисеею, пригоже ли его (Геронтия. —Р.С.) опять на митрополию, хотяше бо его (Паисия. — Р.С.) одного на митрополию, он же не хотяше…»

Вмешательство светской власти в духовные дела, которому сопротивлялся владыка, приобрело огласку. Не считаясь с волей церковного руководства, Иван III стал назначать своих угодников на высшие церковные должности. Прошло совсем немного времени с тех пор, как Геронтий посадил чудевского архимандрита Геннадия в ледник. Великий князь решил назначить последнего архиепископом Новгорода. Новгородский владыка был вторым после митрополита иерархом церкви. Посвящение Геннадия в сан состоялось 12 декабря 1484 г., но его выборы имели место раньше. За три дня до поставления Геннадия симоновский архимандрит Нифонт получил сан суздальского епископа. — Игумен Нифонт не перечил государю, превратившему его обитель в место заточения митрополита, и послушание игумена было щедро вознаграждено.

Нифонт происходил из кирилловских старцев и, по-видимому, поддерживал дружбу с Геннадием, который писал единомышленнику письма из Новгорода.

Современники хорошо понимали положение Геронтия, когда подчеркивали, что великий князь вторично, возвел его на митрополию. Глубокой осенью 1484 г. владыка смог наконец вернуться на свой двор в Кремле. «В тот же день, — записал летописец, — по Кузьме Демьянове дни по осеннем (после 1 ноября. — Р.С.) возведе князь велики того же митрополита Геронтия на стол».

Среди святителей одним из самых близких к особе монарха лиц был Паисий. Его карьера поначалу сложилась неудачно, невзирая на покровительство государя. Подчинившись воле Ивана III, Паисий возглавил Троице-Сергиев монастырь, но оставался там недолго.