На вооружении люфтваффе состояло 808 Не-111 на 1 сентября 1939 г., в том числе 749 Не-111P и Не-111Н в составе 21 группы и одного стаффеля. Остальные 59 Не-111 были старыми машинами модификаций Е, F и J. С первых минут войны бомбардировщики нанесли удар по польским аэродромам, уничтожив на земле значительное количество самолетов противника, разрушив ВПП, аэродромные строения, склады топлива и боеприпасов. В первую неделю войны люфтваффе завоевали тотальное господство в воздухе. Бомбардировщики Не-111 практически безнаказанно наносили удары по тылам и линиям коммуникаций польских войск, а также по населенным пунктам Польши. Большинство германских бомбардировщиков, разрушивших Варшаву, составляли как раз Не-111. Польша сложила оружие 6 октября 1939 г., после чего в действиях Не-111 на Востоке наступил промежуток.

Три бомбардировочных эскадры и разведывательная группа, вооруженные Не-111, приняли участие в операции против Норвегии, которая началась 9 апреля 1940 г. Не смотря на потери от истребителей и зениток союзников, Не-111 обеспечивали авиационную поддержку германских частей в Норвегии с первого до последнего дня кампании. Кампания в Норвегии завершилась триумфом немцев 10 июня 1940 г.

К 10 июня Германия успела оккупировать Бельгию, Голландию и часть Франции. До начала кампании на Западе бомбардировщики He-111 вели пропагандистскую войны, сбрасывая на противника листовки.

Верхние поверхности Не-111Н-6 (T5+UH) временно окрашены в белый цвет. Снимок конца 1941 г. или начала 1942 г., Восточный фронт. Самолет принадлежит 1/Aufklarungsgruppe Ob.d.L (разведывательная группа при командующем люфтваффе). Группа занималась стратегической разведкой в интересах штаба люфтваффе. Вооружение с верхней и нижней стрелковых точек демонтировано в целях облегчения самолета.

Делегация офицеров люфтваффе прибыла на аэродром базирования дальнеразведывательной эскадрильи 1/1 Королевских ВВС Венгрии. Германские офицеры прибыли на самолете Не-111, который нередко использовался в качестве курьерского. Курьерские варианты не имели внутреннего бомбоотсека. Визит приурочен к награждению нескольких венгерских летчиков Железными крестами 1-го класса.

Не-111Н (1H+DN) из III/KG-26 в полете с подвешенной под фюзеляжем 1000-кг бомбой SC- 1000. В гондоле под фюзеляжем помимо пулемета MG-15 установлена 20-мм пушка MG- FF. III группа 26-й эскадры была переброшена в 1941 г. в Италию. Самолеты люфтваффе действовавшие на Средиземноморье^ несли вокруг фюзеляже полосы белого цвета.

Начавшееся 10 мая 1940 г. вторжение на Запад поддерживал с воздуха 641 бомбардировщик Не-111. Объектами ударов стали транспортные узлы, аэродромы, места скопления войск. Хейнкели из KG-4 подвергли жестокому налету Роттердам 14 мая 1940 г., под бомбами погибло 850 мирных жителей Роттердам. Союзники назвали налет «бомбовым террором». Франция подписала позорное перемирие с Германией 26 июня 1940 г. С окончанием Французской кампании большинство Не-111 было передислоцировано на аэродромы северной Франции, Голландии и Бельгии. На 13 августа 1940, день начала Битвы за Британию, в люфтваффе имелось 463 Не-111 (124 Не-111Р и 339 Не-111Н), которые были задействованы в «Налете орлов». В небе Англии быстро выявились слабые места Не-111: низкая скорость и неудовлетворительное оборонительное вооружение. Не-111 не могли противостоять «Харрикейнам» и «Спитфайрам». В августе потери в Не-111 составили 60 самолетов. В сентябре люфтваффе были вынуждены перейти от дневных налетов к ночным. Ночью бомбардировщики были менее уязвимы от британской ПВО, но точность бомбометания резко падала. Несколько Не-111, оснащенных радиотехническими системами наведения, использовались в качестве лидировщиков. Обычно использовалась система X-Gerate, позже применялась система Y-Gerate. Между тем, потери люфтваффе в бомбардировщиков продолжали расти. За первые три месяца 1941 г. было потеряно порядка 150 Не-111.

Подвеска 700-кг грузового контейнера под фюзеляж Не-111Н-6 из KG-4, Восточный фронт, 1943 г. Второй контейнер ожидает подвески. Грузовые контейнеры сбрасывались с самолетов на парашютах. Поверх стандартного камуфляжа нанесен «разрушающий» узор светло-серой краской RLM-76.

Взлетает Не-111 Н-6 из KG-26, Восточный фронт. На внешней подвеске – 1000-кг бомба S С-1000. Нижние поверхности самолета со времен битвы за Британию остались черными.

В ходе «ночного блитца», с сентября 1940 г. по май 1941 г., немецкая авиация бомбила Лондон, Ковентри и другие города Великобритании. В преддверии кампании на Востоке, большинство бомбардировщиков люфтваффе передислоцировали на восточные аэродромы, а Не-111 из числа оставшихся на Западе стали привлекаться для борьбы с судоходством противника. Позже Не-111 в этой роли сменили более современные Ju-88 и Do-217.

В декабре 1940 г. 76 бомбардировщиков Не-111 трех групп было переброшено из Норвегии на Сицилию. Отсюда с января 1941 г. самолеты начали совершать налеты на Мальту. Несколько доработанных в торпедоносцы Не-111 охотились за кораблями и судами союзников на Средиземном море. Налеты на Мальту и борьба с судоходством противника продолжалась в 1942 г. Не-111 добились определенных успехов ценой тяжелых потерь. С конца 1941 г. Не-111 действовали в Северной Африке в интересах войск Роммеля, однако такие полеты носили эпизодический характер.

Одна группа Не-111 принимала участия в кампании на Балканах - оккупации Югославии и Греции. Бомбардировщики наносили удары по скоплениям живой силы и техники, аэродромам, коммуникационным линиям. Кампания завершилась успешно для немцев в мае 1941 г.

В операции «Барбаросса» люфтваффе задействовали 212 Не-111Н и два Не-111P из 13 бомбардировочных групп. 11 Не-111 имелось в трех эскадрильях разведки погоды, развернутых на Восточном фронте. Вскоре после 22 июня на Восток с Запада перебросили еще два вооруженных Не-111 гешвадера. Не-111 составили основную часть ударных сил люфтваффе, бомбивших Москву и Ленинград летом и осенью 1941 г.

По мере продвижения германских войск вглубь территории Советского Союза удлинялись пути снабжения. Ужасающие русские дороги сильно затрудняли доставку всего необходимого для ведения войны, в том числе и запасных частей к бомбардировщикам Не-111. Качество аэродромов на Восточном фронте мягко говоря оставляло желать лучшего. В результате поломки стоек шасси на Не-111 стали обычным делом. В целях снижения вероятности поломок стоек пришлось пойти на снижение бомбовой нагрузки и запасов топлива на самолетах.