Еще один приоритет Батавской Республики заключался в лишении реформатской Церкви ее особого привилегированного статуса и тесных связей с государством, прекращении отстранения граждан Республики, не принадлежавших к реформатскому вероисповеданию, от занятия должностей в чиновничьем аппарате и городских органах власти, и их низшего статуса в ополчениях, цехах и университетах. Нидерландские католики, действительно, были одной из главных движущих сил Батавской революции, и ни один контраст между революционными переворотами на севере и юге в 1790-х гг. не является более поразительным, чем тот факт, что если бельгийское население в большинстве своем держалось в стороне от Революции, «импортированной» из Франции, то на севере католическое население (несмотря на усилия некоторых священников охладить революционные настроения) оказало энергичную поддержку атаке на старый режим. После радикального переворота в начале 1798 г. появилось значительное количество высших чиновников-католиков. Но и здесь Революция также потерпела неудачу из-за дальнейших событий. После 1798 г. католики начали исчезать из состава высшей администрации. Почти не было попыток перераспределить нидерландские крупные церкви, церковные школы и другое имущество, по большей части находившееся во владении реформатов. Значительный уровень влияния и предпочтение, отдаваемое реформатам при распределении помощи нуждающимся, также остались непоколебимы. Если католики, меннониты и евреи теперь в теории были уравнены в правах со всеми остальными гражданами, то фактически этого еще не произошло. Даже план центрального правительства, согласно которому в Амстердаме евреи — составлявшие в то время около 11% городского населения — должны были служить наравне с другими в ополчении, был решительно заблокирован vroedschap'ом.

Учитывая, что война парализовала торговлю, судоходство и рыболовство Республики, что в стране существовало широко распространенное недовольство против французских войск и их поборов с населения, и что, в целом, революционная война против европейских монархий велась в конце 1790-х гг. малоуспешно, порядок в Соединенных Провинциях поддерживался на удивление хорошо. Возрождение оранжистских настроений оставалось ограниченным. Воодушевленные военными успехами коалиции, сплотившейся против Франции, британское правительство и изгнанный штатгальтер в 1798 г. начали активно планировать реставрацию старой Республики во главе с Оранской династией, и именно в это время в Лондоне впервые был выдвинут план объединения Бельгии с северными Нидерландами для создания бастиона против Франции и революционной республиканской идеологии. Был сформирован англо-русско-оранжистский экспедиционный корпус. Вильгельм V учредил свою штаб-квартиру в Лингене, призвав нидерландский народ восстать против своих угнетателей и восстановить старую Республику под верховной властью Оранской династии. Произошли незначительные попытки восстания на востоке, без особых усилий подавленные гражданским ополчением. Однако, когда британский флот высадил 24 000-ную союзную армию, в большинстве своем состоявшую из закаленных британских солдат, на оконечности североголландского полуострова, Республика была ввергнута в смуту. На большинстве кораблей, оставшихся от нидерландского военно-морского флота, экипажи взбунтовались, подняли оранжистские флаги и капитулировали. Экспедиционный корпус, под командованием сэра Ральфа Эберкромби, оккупировал Хорн, Энкхёйзен и Алкмар и начал наступление на Харлем и Амстердам. Эберкромби отмечал, что даже самые благожелательно настроенные к ним нидерландцы «надевали оранжистскую кокарду, но больше не оказывали никакой поддержки». Франко-нидерландская армия, хотя и не превосходившая численностью захватчиков, оказалась более стойкой, чем ожидалось, и 6 октября 1799 г. разгромила британцев в битве при Кастрикуме, около Алкмара. Эберкромби отступил и вскоре после этого вторжение было отменено, солдаты погрузились на корабли и вернулись в Англию.

Батавская Республика с самого начала тяжело страдала от экономического коллапса и стремительного роста бедности и невзгод. Но стабильность и сплоченность нидерландского общества, по большей части, оставались в целости, также как и значительная часть традиционной ткани общественного контроля, образования, благотворительности и церковной жизни. Правда, и в городах и в сельской местности отмечался значительный рост преступности и бродяжничества, а также пьянства — перегонка джина была единственным процветающим видом деятельности в стране, если не считать проституции. Но количество заключенных в амстердамской тюрьме оставалось на редкость низким по английским стандартам, лишь несколько преступников было казнено за убийство и вооруженный грабеж, и улицы, по большей части, оставались и безопасными, и чистыми. Несомненно, как комментировал британский наблюдатель в 1800 г., форма старой Республики «должна пользоваться уважением за ее эффективность в отношении частных и домашних институтов жизни», отмечая, что «уровень жизни слуг в Соединенных Провинциях в целом намного превосходит условия жизни этого полезного класса людей в Англии». Несколько лет спустя итальянский чиновник Маттео Гальди, хорошо знавший Батавскую Республику изнутри, считал нидерландское общество образцом человеческого прогресса и порядка, эталоном для всей наполеоновской Европы.

Как и почему Батавская Республика рухнула всего через десятилетие после ее образования? В первую очередь, она была раздавлена под невыносимым бременем глобальной войны, зажата в тиски между непреодолимой мощью Наполеона и давлением британского могущества.

На море и в колониальной сфере Британия сметала всё на своем пути. Вскоре после бегства в Британию Вильгельма V убедили подписать так называемую «Циркулярную ноту из Кью» (февраль 1795 г.), приказывавшую губернаторам нидерландских колоний не оказывать сопротивления англичанам и передать свои форты, гавани и корабли в распоряжение Британии. Некоторые колониальные власти подчинились этому требованию, но многие были сбиты с толку и деморализованы приказами, создавшими затруднительную ситуацию, усугубленную тем фактом, что во всех колониях, а в особенности в Суринаме и Кюрасао, и чиновничий аппарат, и колонисты были разделены на две непримиримых фракции — «патриотов» и оранжистов. Губернаторы Малакки, Амбоины и западной Суматры в соответствии с «нотой из Кью» капитулировали без боя. Кочин сдался после непродолжительного пушечного обстрела. Остальные нидерландские анклавы в южной Индии были быстро захвачены. В феврале 1796 г. британцы завершили завоевание голландского Цейлона. К концу 1790-х гг. ост-индская империя и торговля Республики были сломлены и парализованы.

Британские войска захватили Южную Африку (население которой в основном испытывало патриотические и антибританские настроения) в сентябре 1795 г. Колония была возвращена Республике по Амьенскому договору (1802), но затем снова аннексирована Британией в 1806 г. Суринам и колонии в западной Гайане были завоеваны в 1799 г., последняя была включена на постоянной основе, наряду с Цейлоном и нидерландскими анклавами в южной Индии и Южной Африке, в состав Британской империи, а Суринам — в конечном счете, возвращен новому королевству Нидерландов в 1814 г. Кюрасао был оккупирован британцами в 1800 г. и также возвращен в 1814 г. Последним актом расчленения Нидерландской империи было британское завоевание Явы в 1811 г.