4 ноября 1888 г. адмирал К. Н. Посьет был уволен в отставку от должности министра путей сообщения. Знающие его люди говорили, что ему не везло. Как моряк, он командовал фрегатом «Александр Невский», потерпевшим крушение, как министр путей сообщения, он понёс нравственную ответственность за крушение царского поезда на станции Борки.

Расследование причин катастрофы велось специальной комиссией во главе с выдающимся прокурором А. Ф. Кони. Спустя месяц после начала следствия, министр юстиции Н. А. Манасеин телеграммой вызвал в Петербург Кони «для представления государю личных объяснений по делу». Вместе с Манасеиным 23 ноября Кони прибыл в Гатчинский дворец. Для нас интересны не только причины происшедшего крушения, но и облик Александра III, который довольно подробно обрисовал в своих воспоминаниях талантливый юрист. Во дворце в «комнате, — вспоминал Кони, — очень небольшой, квадратной и низкой, с двумя небольшими окнами, выходившими в парк, покрытый свежим снегом, с очень скудной мебелью и небольшим столом посредине, покрытым до полу синим сукном с находившимися на нём горящей толстой восковой свечкой, подносиком с гусиными перьями и карандашами, белой протечной бумагой и холстяной тряпочкой для вытирания перьев, я увидел властелина судеб России. На нём была серая тужурка, из-под которой выглядывала русская рубашка с мягким воротником и рукавами, вышитыми русским цветным узором. Его рост и могучее телосложение казались в этой низенькой комнате ещё больше, и тощая фигура Манасеина, находившегося тут же представляла резкий контраст. Государь подал мне руку, сказал, что желал от меня лично слышать о подробностях дела крушения, указал мне на очень неудобный пуф, стоявший против него через стол, и закурил толстую папиросу, которую сменял несколько раз в течение нашего почти часового разговора» (161, т. 1, с. 449—450). Кони очень достоверно и ясно передаёт своё впечатление от встречи с первым лицом империи. «Передо мною, в двух шагах, — рассказывает Анатолий Фёдорович, — находился человек, который являлся выразителем государственного сознания стомиллионного народа и носителем в своей единой воле его благоденствия и несчастий… Никогда во время самых интересных и трудных обвинительных речей, приковывавших к себе общее внимание, когда в зале суда «man horte wie de Wolken ziehen» («было слышно, как плывут облака» (нем.)), я не встречал со стороны присяжных заседателей такого напряжённого внимания, такого стремления проникнуть, так сказать, в сердцевину каждого слова. Александр III, подпирая по временам голову рукою, не сводил с меня глаз, и взор его был совсем другим, чем холодный и недоброжелательный взгляд, виденный мною в 1885 году и потом неоднократно замеченный во время официальных приёмов и представлений. В этих глазах, глубоких и почти трогательных, светилась душа, испуганная в своём доверии к людям и беспомощная против лжи, к коей сама была неспособна. Они произвели на меня глубокое впечатление. Если Александр III так смотрел в лицо своим министрам при их докладах, то мне становится просто непонятным, как могли некоторые из них, нередко совершенно сознательно, вводить его в заблуждение и направлять его сильную волю на узкие и беспросветные пути. Или он так на них не смотрел, привыкнув к ним и замкнувшись в своём недоверии, или, в противном случае, он имел дело с людьми хотя и трусливыми, но глубоко нечестными. Вся его фигура, с немного наклонённою на бок головою, со лбом, покрытым глубокими морщинами — следом тяжёлых дум и горьких разочарований — вызывали в душе прежде всего чувство искренней жалости к человеку, поднявшему на плечи «бремена неудобоносимые». Кони прекрасно понимает мощь, величие и слабость венценосца: «От него — самодержца и повелителя всея Руси, могущего одним росчерком пера перевернуть весь наш гражданский и политический быт, одним мановением руки двинуть несметные полчища против действительных или предполагаемых врагов, — веяло такой беспомощностью по отношению к обману и лукавству окружающих, что солгать ему казалось мне равносильным нанесению удара дряхлому старику или малому, слабому ребёнку. Вся повадка государя давала чувствовать, что с ним не только должно, но и можно говорить смело и прямодушно… и я стал говорить со спокойствием и уверенностью, как говорил бы с обыкновенным и внимательным слушателем» (там же, с. 450—451). В самом начале своего доклада Кони подчеркнул, что в результате предварительного следствия установлено полное отсутствие следов какого-либо террористического акта. Затем он подробно обрисовал картину «преступной небрежности всех лиц», имевших отношение к катастрофе, что выразилось в неправильном составлении поезда, его тяжести, чрезмерном превышении скорости, некачественной постройке дороги, слабости полотна и «к опьянению усердия». Особое внимание он обратил на хищнические действия правления частной компании, безответственное растление служебного персонала, стремление любым путём к наживе, с одной стороны, и формальное, попустительское отношение Министерства путей сообщения, с другой. Как отмечает Кони, Александр III слушал его сначала молча, затем прерывал вопросами, без всяких «признаков нетерпения». «Вы, значит, — спросил государь, — отдадите под суд всех лиц, о которых говорите?» — «Я не имею на это права, — ответил Кони, — я могу только предложить судебному следователю привлечь в качестве обвиняемых членов правления, управляющего, инспектора Кронеберга, машинистов и инспектора высочайших поездов барона Таубе, но привлечение генерал-адъютантов Посьета и Черевина, а также барона Шернваля как действительного тайного советника зависит не от меня, а должно совершиться в особом порядке, с соизволения Вашего Величества и по постановлению Государственного совета» (там же, с. 456—457). Кони добавил к сказанному, что ответственность министров и высших должностных лиц вообще слабо определена законом и необходимо было бы дать этому вопросу «большую определённость». Александр III согласился с этим и тут же дал указание министру юстиции подготовить проект соответствующего закона. «Итак, — сказал государь Кони, — ваше мнение, что здесь была чрезвычайная небрежность?» — «Если характеризовать всё происшествие одним словом, независимо от его исторического и нравственного значения, — ответил Кони, — то можно сказать, что оно представляет сплошное неисполнение всеми своего долга. Из железнодорожных служащих, в сущности, исполнили свой долг только Витте и Васильев». Надо отметить, что железнодорожная катастрофа в Борках послужила стимулом для головокружительной карьеры будущего министра путей сообщения, финансов и председателя Совета министров Российской империи С. Ю. Витте. Незадолго до катастрофы он, будучи управляющим Юго-Западных железных дорог, подал рапорт министру путей сообщения, в котором предупреждал о возможных опасностях при движении тяжёлого императорского состава с повышенной скоростью по отечественным путям «со сравнительно лёгкими рельсами (у нас в то время рельсы были обыкновенно от 22 до 24 фунт в погонном футе, а за границей… от 28—30 и более фунт…), при наших деревянных шпалах (за границей — металлические шпалы), при нашем балласте (у нас балласт песочный, тогда как за границей почти везде балласт из щебёнки) — путь, естественно, является неустойчивым» (84, т. 1, с. 194). Александр III, прощаясь, поблагодарил Анатолия Фёдоровича за его работу и за интересный доклад и пожелал успеха в завершении трудного дела. При этом, признает Кони, «он, конечно, бессознательно пожал мне своей железной рукой руку так сильно, что, когда я вышел из кабинета, пальцы у меня были совсем белые» (161, т. 1, с. 458). По возвращению в Харьков, Кони с участием следователя Марки и прокурора Дублянского предъявил обвинение некоторым должностным лицам дороги, а затем в начале января 1889 г. убыл в Петербург. По желанию императора 6 и 13 февраля в Мариинском дворце состоялось особое совещание при Государственном совете, на котором был рассмотрен вопрос о возможности привлечения к ответственности Посьета, Шернваля и Черевина. На совещании присутствовали великие князья Михаил Николаевич и Владимир Александрович, председатели департаментов Государственного совета и министры внутренних дел, юстиции, императорского двора, морского ведомства, сменивший Посьета Г. Е. Паукер, Государственный секретарь А. А. Половцов. Суть дела докладывал А. Ф. Кони. За привлечение к ответственности Посьета и Шернваля (Черевин был реабилитирован) высказались оба великие князя, Манасеин, Воронцов-Дашков, Паукер, Половцов и Стояновский; против: Абаза, Николаи, Толстой и Чихачёв. В соответствии с новым, разработанным министром юстиции Манасеиным, рассмотрение вопроса продолжилось в департаменте гражданских и духовных дел Государственного совета. В результате Посьет и Шернваль отделались выговором, даже без занесения его в формуляр. Как признавался Кони, он был «возмущён до боли», а Манасеин «подавлен и сконфужен». Когда министр юстиции в Гатчине доложил царю о результатах обсуждения дел в департаменте Государственного совета, тот проговорил: «Как?.. Выговор и только? И это всё?! Удивляюсь!.. Но пусть будет так. Ну, а что же с остальными?» — «Они, — объяснил Манасеин, — будут преданы суду Харьковской палаты и в ней судиться». — «И будут осуждены?» — спросил государь. «Несомненно!» — «Как же это так? Одних судить, а другим мирволить? Это неудобно и несправедливо. Я этого не хочу! Уж если так, то надо прекратить всё дело; я их хочу помиловать, тем более, что в Харькове есть обвиняемые, которых искренно жаль» (161, т. 1, с. 485). Так закончилось дело о железнодорожной катастрофе.