18 сентября командование альянса, зная от перебежчиков о бедственном положении осажденных, направило им второй ультиматум. В нем говорилось, что гарнизон должен сдаться немедленно, в противном случае через два часа начнется штурм и защитники города будут беспощадно уничтожены.

В ультиматуме также содержалось обещание отпустить по домам всех офицеров. Это обещание выглядело довольно цинично, так как союзники знали, что по парагвайским законам добровольная сдача в плен приравнивалась к государственной измене и каралась смертью.

К тому моменту многие парагвайские солдаты настолько ослабли от голода и болезней, что едва могли держать оружие. Поэтому на спешно созванном военном совете было принято единогласное решение: согласиться на капитуляцию с одним-единственным условием: не выдавать уругвайцев на расправу Флоресу.

Командир «Парагвайского легиона», полковник Федерико Гильермо Баес

За несколько минут до объявленного времени штурма на городском валу затрепетали белые флаги. Затем Эстигаррибиа с группой офицеров вышел из города и торжественно отдал шпагу бразильскому императору, сказав, что вынужден сделать это, поскольку его люди «более не в силах преодолевать голод и смерть». Вместе с ним сдались 5574 человека, в том числе 59 офицеров. Некоторые из них уже находились за гранью выживания и умерли в последующие дни, несмотря на то, что их начали кормить.

Никто из пленных офицеров не воспользовался обещанием союзников и не вернулся в Парагвай, где их ждала лишь позорная казнь. Более того, многие согласились вступить в Легион, хотя при отказе им, в отличие от рядовых солдат, не грозило рабство.

Полковника Эстигаррибию союзники тоже пытались склонить к сотрудничеству, зная о его высоком положении в обществе. Привлечение на свою сторону такого человека дало бы им сильный пропагандистский козырь. Его убеждали в том, что война ведется за освобождение парагвайцев от тирании, что альянс не стремится покорить Парагвай и не имеет каких-либо захватнических планов. Однако полковник наотрез отказался не только возглавить «легион предателей», но и вступить в него. Заочно приговоренный к расстрелу на родине, он просидел три с половиной года в Бразилии под домашним арестом и умер в 1869 году, не дожив всего нескольких месяцев до конца войны.

Узнав о падении Уругваяны, гарнизоны Итакуи и Сан Борхи ушли в Парагвай. Таким образом, из корпуса Эстигаррибии спаслось всего около двух тысяч человек, а остальные погибли в боях, умерли от голода и болезней либо оказались в плену.

Безвозвратная потеря 10 тысяч бойцов стала для Парагвая очень тяжелым ударом, ведь это составляло без малого четверть парагвайской армии. Тем более что союзники потеряли во много раз меньше и захватили почти все оружие экспедиционного корпуса. Период эйфории и быстрых удач парагвайской армии закончился первым жестоким поражением.

Крах уругвайской авантюры ознаменовал финал первого этапа Великой войны, в котором Парагвай обладал инициативой и вел активные наступательные действия. В создавшейся ситуации Лопес решил, что дальнейшее удержание плацдарма в Корьентесе становится бессмысленным и слишком опасным. На реке Парана хозяйничал бразильский флот, а высвободившиеся после капитуляции Уругваяны силы альянса могли в любой момент перейти в наступление. Признав провал своих планов прорваться к морю и «переформатировать» Уругвай, Лопес 3 октября отдал приказ об отводе войск с аргентинской территории.

Отступление парагвайцев из Корьентеса, Эмпедрадо и Бела Висты сопровождалось массовыми грабежами. С оккупированной территории угнали более 100 000 голов скота и вывезли все, что только можно, вплоть до дверей и оконных рам. Две недели парагвайские суда курсировали между Корьентесом и пристанью Пасо-де-ла-Патриа на парагвайском берегу Параны, приходя в город пустыми и уходя с набитыми трюмами. Опустошению подверглись не только магазины, гостиницы, частные дома и общественные здания, но и церкви. Корентинцы, опасаясь за свои жизни, не пытались этому мешать.

Надо сказать, что солдаты и офицеры армии Лопеса изначально вели себя на оккупированной территории далеко не лучшим образом, несмотря на официальные заявления о том, что вторжение было вызвано лишь стремлением помочь Корьентесу обрести независимость. Сказывалась многолетняя ксенофобская пропаганда, внушавшая парагвайцам чувство национального превосходства и презрения к иностранцам.

Парагвайские военные относились к местному населению заносчиво и грубо, а порой – жестоко. Широкую известность получил эпизод, когда они прямо на рыночной площади зарубили нескольких торговавших дровами и овощами крестьян-индейцев за отказ принимать в оплату парагвайские банкноты. Скорее всего, неграмотные крестьяне просто не поняли, что эти бумажки имеют какую-то ценность, а парагвайцы, не задумываясь, пустили в ход сабли.

Не меньшее возмущение вызвал арест пятерых жительниц Корьентеса, про которых кто-то донес, что их мужья служат офицерами в аргентинской армии. Заложниц вывезли сперва в Умаиту, а потом – в Асунсьон и четыре года продержали в тюрьме. Только в январе 1869 года их освободили вступившие в город бразильские войска, но одна из женщин к тому времени умерла.

Понятно, что подобные инциденты заставляли пересмотреть свое отношение к парагвайцам даже тех жителей Аргентины, которые до войны воспринимали их нейтрально или с симпатией. «Прощальное» разграбление Корьентеса еще более усилило антипарагвайские настроения и вызвало новый приток добровольцев в аргентинскую армию.

22 октября последний парагвайский батальон покинул Аргентину. Вместе с оккупантами бежали члены созданного ими из местных сепаратистов марионеточного правительства Корьентеса. Через три года Лопес, озлобленный очередной неудачей, прикажет их расстрелять.

28 октября в опустевший город вошли ополченцы Никанора Касереса, а 3 ноября в него вступила объединенная армия альянса. В тот же день в свою разгромленную резиденцию вернулся после полугодового отсутствия губернатор Мануэль Лагранья.

На весну 1866 года союзники запланировали перенос боевых действий на территорию противника. В организованных у слияния рек Парагвай и Парана военных лагерях началась концентрация войск для предстоящей десантной операции. В лагере Таланкора расположились бразильцы под командованием генерала Мануэла Луиса Озорио, в лагере Сан Косме – аргентинцы под руководством Бартоломе Митре, а в лагере Итати – уругвайцы, которых по-прежнему возглавлял Флорес. Вторжение планировалось начать, когда общая численность армий достигнет 50 тысяч штыков и сабель.

Узнав об этом от лазутчиков, парагвайцы пытались сорвать вражеские планы, действуя партизанскими методами. Через Парану по ночам переправлялись на лодках небольшие отряды, которые устраивали засады на дорогах, громили обозы, уничтожали склады, атаковали воинские колонны, а иногда и нападали на гарнизоны, нанося противнику ощутимый урон.