Главным делом Алексеева в Сибири, помимо завершения коллективизации, стала фабрикация двух огромных дел, уничтоживших и стёрших в лагерную пыль тысячи крестьян и интеллигентов — «заговора в сельском хозяйстве» и «белогвардейского заговора». Удар по «бывшим» — офицерам и священникам, торговцам и служащим царского и колчаковского правительств, зажиточным крестьянам — был беспощадным. Новый полпред утёр нос спецам своего предшественника Л. М. Заковского, которые посадили и расстреляли очень многих, но так и не смогли представить московскому начальству убедительных доказательств существования масштабной общесибирской повстанческой организации.

Ещё в 1931 г. работники Секретно-политического отдела усиленно разрабатывали дело «Паутина», утверждая, что «факт существования на территории ЗСК широко разветвлённой и сложно построенной, многочисленной по составу к-р организации является установленным». Считалось, что в Сибири под прикрытием Общества по изучению Сибири и её производительных сил (ОИС) — крупнейшего в регионе научного общества — осуществлялась консолидация вредительской организации, а Совет ОИС формировался из лидеров «отраслевых вредительских групп». По агентурной разработке «Паутина» проходили бывший генерал-лейтенант, главком Уфимской директории Василий Болдырев, известный учёный-библиограф, директор краевой библиотеки Пантелеймон Казаринов, писатель Максимилиан Кравков, а также около тридцати других видных интеллигентов Новосибирска, Томска и Омска, впоследствии большей частью осуждённых по делу «белогвардейского заговора» и другим делам.

Однако людям Заковского не удалось осудить даже «головку» общесибирской заговорщицкой организации. Напрасно замначальника Особого отдела СибВО А. К. Залпетер в апреле 1931 г. просил, чтобы на Лубянке сняли показания против В. Г. Болдырева с арестованных в рамках огромного дела «Весна» военачальников А. А. Свечина и А. А. Балтийского — те не дали никаких компрометирующих материалов против Болдырева, арестованного по прямому предложению начальника Особого отдела союзного ОГПУ Я. К. Ольского. Заковский в ответ заявил, что полагаться на благоприятные для Болдырева показания Свечина и Балтийского не стоит, предложив подчинённым искать «новые факты на Болдырева» на месте. Но те не справились с поручением полпреда. В итоге Болдырев, проведший несколько месяцев за решёткой, был освобождён.

В докладной записке по «Паутине» от 17 октября 1931 г. говорилось, что следствие по делу арестованных членов контрреволюционной группы ОИС и Западно-Сибирского географического общества закончено и направлено в Коллегию ОГПУ. Но дело оказалось прекращено и возвращено в Новосибирск — с указанием, что в следственных и оперативных материалах нет доказательств наличия сговора обвиняемых, заранее обусловленного образа действия, целевой установки, нелегальных организационных связей, то есть всех тех «элементов, присущих оформленной подпольной организации». Почти одновременно с «Паутиной» лопнуло дело о вредителях в Сибирском геодезическом управлении. Арестованные по указанным делам восемь человек были освобождены, причём пятеро из них дали подписку о сотрудничестве с ОГПУ…

На основе дела «Паутина» в феврале-марте 1932 г. стали формироваться новые агентурные дела с разбивкой по отраслям: «Плановики», «Историки», «Географы», «Геодезисты», «Мистики», «Мелиораторы», «Растениеводы» и др. Именно эти разработки легли в основу фабрикации «белогвардейского заговора». Алексеев, прочно устроившийся в Новосибирске, в конце 1932 — начале 1933 гг. настроил аппарат на то, чтобы материалы по отдельным «антисоветским группировкам» были выделены в два сверхкрупных производства. Были заброшены составленные ещё при Заковском планы использовать Болдырева «втёмную» для легендирования существования в Сибири заговорщицкой организации и ведения оперативной игры с белоэмигрантами.

Фактически Алексеев выполнял указание Сталина, отправившего в декабре 1932 г. на места записки зампреда ОГПУ Г. Е. Прокофьева и начальника ЭКО ОГПУ Л. Г. Миронова о разоблачённых контрреволюционных организациях в Ветеринарном управлении Наркомзема СССР и Трактороцентре. Вождь приказал: «Ввиду исключительного значения рассылаемых материалов предлагается обратить на них серьёзное внимание». Фабрикация громких заговоров («белогвардейского» и «сельскохозяйственного») началась немедленно после сталинского указания и была успешно завершена к весне и лету следующего, 1933 г. Одновременно с ними было сфабриковано и менее крупное так называемое «лесное дело», по которому в июне 1933-го Коллегия ОГПУ и местная тройка осудили 338 работников лесного хозяйства[51].

Трудно сказать, имел ли Алексеев опыт крупных провокаций в период работы особоуполномоченным при СОУ и в Информационном отделе союзного ОГПУ. Скорее всего, имел, поскольку уже воронежский опыт его деятельности оказался исключительно богат на фабрикацию массы контрреволюционных организаций, а сибирский этап в этом отношении — вообще нечто выдающееся.

Собственно, выдумать повстанческую или шпионско-диверсионную группу было не так чтобы очень сложно — «враги» были под рукой всегда. Гораздо труднее было обеспечить видимость правдоподобия шитых белыми нитками следственных материалов. Выручала провокация, то есть участие в оперативных мероприятиях (под видом завзятых контрреволюционеров) штатных и особенно внештатных сотрудников госбезопасности, которые брали на себя роль организаторов и активистов той или иной «организации». Аппарат, подобранный Алексеевым, мастерски проделывал такие штуки. Даже совершенно отпетому Заковскому ни разу не удалось в Сибири состряпать такого дела, по которому можно было бы разом расстрелять тысячу человек. Николай Николаевич старательно продвигал по служебной лестнице самых умелых фальсификаторов, вроде С. П. Попова или И. А. Жабрева, доросших впоследствии до начальников региональных управлений НКВД.

Самого Алексеева в 37-м не допрашивали относительно нарушений законности в период работы в провинции, поскольку следователей интересовали сведения о «шпионско-заговорщицкой деятельности» бывшего резидента и полпреда. Но от многих подчинённых Алексеева такие показания взяли. Ниже будет процитирован рассказ о методах своей работы одного из ближайших подручных Алексеева — начальника Барнаульского оперсектора ОГПУ Ивана Жабрева, имевшего огромный специфический опыт и фабриковавшего липовые повстанческие организации ещё в бытность своей службы в Новониколаевской губчека.

В течение 1930–1933 гг. Жабрев упрятал за решётку более четырёх тысяч «врагов»: в 1930-м арестовал в Бийском округе свыше 1.500 человек, в 1931–1932 гг. в Барнаульском оперсекторе «ликвидировал 37 к-р повстанческих организаций с количеством участников 1.409 человек, 128 к-р группировок повстанческих, вредительских, срывательских и т. п. с количеством участников 1.120 человек». За эти отменные успехи он был переведён в Новосибирск и назначен начальником СПО полпредства ОГПУ по Запсибкраю. Три года спустя он покинул Сибирь, а в конце 1938 г. Жабрева арестовали как «заговорщика». Помимо информации о мифическом заговоре в НКВД, следователи на всякий случай выпытали из него сведения о «вредительской работе», поскольку «избыточные» репрессии с окончанием ежовщины трактовались как антисоветское стремление озлобить население и настроить его против сталинского руководства.