КПЕ не имел никакого отношения к анатолийским бунтам, зато активную роль в них сыграла «Лига частной инициативы и децентрализации». В отличие от КПЕ, который делал ставку на чиновников, интеллектуалов и армейских офицеров, эта находившаяся в Париже организация, которую Сабахеддин-бей создал в ответ на отделение КПЕ, установила прочные связи с провинциальными лидерами Анатолии и имела своих доверенных лиц в этом регионе. Своим сотрудничеством с дашнаками Сабахеддин-бей добился того, что армяне и мусульмане выступили единым фронтом против правительства, причем не только в Эрзуруме, но и в других местах, где в 1905–1907 годах происходили массовые волнения. Один авторитетный в недавнем прошлом исследователь сделал следующий вывод: «Мы можем с уверенностью утверждать, что младотурки за границей и в восточной Малой Азии были инициаторами преобразования беспорядков регионального уровня в окончательно сформированное движение, боровшееся за принятие конституции».

В 1907 году в Париже состоялся второй съезд османской оппозиции под председательством Ахмеда Ризы, Сабахеддин-бея и представителя дашнаков Хачатура Малумяна. Съезд проходил в напряженной атмосфере, и сомнения КПЕ в необходимости союза с армянской организацией (на самом деле их сотрудничество с самого начала было неискренним) впоследствии стали вполне очевидными благодаря документальным свидетельствам лидеров КПЕ. Как бы там ни было, но провал, которым закончилась эта попытка объединить ведущие младотурецкие организации, был отодвинут на второй план ходом последующих событий, когда факел протеста перешел от эмигрантских организаций, вынужденных распространять свои послания через печатное слово к активистам внутри империи. Участие, которое младотурки приняли в анатолийских беспорядках 1905–1907 годов, было лишь предвестием грядущих событий.

В сентябре 1906 года в Фессалониках была основана тайная организация, получившая название «Османское общество свободы» (ООС), которая стала новой базой КПЕ внутри империи. Главной фигурой в ООС являлся почтовый служащий, (Мехмед) Талат-бей, а среди других членов-учредителей (многие из которых прежде входили в состав старого КЕП) были землевладелец, бухгалтер и лейтенант. Другие офицеры армии, которая дислоцировалась в районе Фессалоник, также были привлечены в ООС, и среди них был майор (Исмаил) Энвер. В сентябре 1907 года произошло слияние ООС и КПЕ. И хотя Османское общество свободы лишилось своего названия, оно продолжало существовать как автономная организация. В документе, определявшем условия, на которых эти две организации объединялись, утверждалось, что «главной целью» объединенного комитета является «приведение к исполнению провозглашенной в 1876 году конституции Мидхат-паши».

Слияние позволило КПЕ использовать в качестве надежного фундамента присутствие ООС в Фессалониках и переориентировать эту организацию на решение новых задач, а также убедить ее в необходимости как можно быстрее сместить Абдул-Хамида и восстановить конституционное правительство. Обновленный КПЕ составил свои нормативные документы, взяв в качестве образцов положения, которыми руководствовались активисты-дашнаки и члены Внутренней македонской революционной организации (ВМРО), основанной в Фессалониках в 1893 году. Целью этой организации было создание Македонского государства на пространстве, включавшем в себя территории многонациональных османских провинций Косово, Монастир и Фессалоники. Это южнобалканское государство должно было простираться от Албании до Фракии. В 1895 году внутри ВМРО появилась раскольническая фракция, выступавшая за освобождение Македонии от турок и превращение ее в часть объединенной Великой Болгарии. В это же время граничившие с Македонией недавно созданные государства Болгария, Сербия и Греция, выдвинули неприемлемые территориальные претензии, которые ВМРО пыталась опровергать. Борьба, которую вели эти соседние государства за то, чтобы утвердить свои права на Македонию, сначала носила религиозный и культурологический характер и велась в первую очередь институтами, которые могли сплотить сторонников той или иной конфессии. Болгарский экзархат был создан в 1870 году, а интересы греков поддерживал патриарх в Стамбуле. Сербия, находившаяся в худшем положении, все же добилась формальной конфессиональной независимости от патриарха, когдав 1902 году учредила епархию Скопье. Энергичное пропагандистское соперничество с целью добиться преданности христиан этих османских провинций стало причиной серьезного беспокойства правительства Абдул-Хамида, которое понимало, что вскоре последует вмешательство великих держав.

Тем временем КПЕ становился подлинно революционной организацией, которая вербовала людей, готовых пожертвовать собой ради идеи, поощряла политические убийства и санкционировала ликвидацию любого, кого она считала «источником опасности». Но в ней проводились довольно забавные ритуалы: тем, кого принимали в ее ряды, завязывали глаза, одну руку кандидат должен был положить на священную для исповедуемой им религии книгу, а другую на кинжал, или револьвер, или османский флаг. Кроме того, у КПЕ был свой герб, который один из самых современных исследователей этой организации описывал следующим образом:

Опыт ведения партизанских действий, которым обладала ВМРО, лег в основу тактики ударных отрядов, сформированных из входивших в КПЕ офицеров, в то же самое время партизанские группы из мусульман были организованы в тех районах Македонии, где уже действовали отряды противников ВМРО. Эти партизанские группы предложили свою помощь КПЕ ради того, чтобы спасти оставшиеся европейские провинции империи от дальнейшего расчленения. После слияния двух организаций КПЕ за год с небольшим удалось открыть свои отделения в более чем 75 балканских городах и в самом Стамбуле, хотя в Анатолии успехи оказались скромнее. Обновленный КПЕ считал революционные преобразования невозможными без участия в них армии, на которую он возлагал все свои надежды. Комитет тщательно разрабатывал агитационную деятельность и особое внимание уделял пропаганде среди войск, которые несли службу на западном побережье Анатолии, поскольку именно эти подразделения должны были использоваться для подавления революции.

«Македонский вопрос» был одной из сложнейших проблем, с которыми столкнулось османское правительство. Не было той основы, которая могла бы объединить три провинции в единую македонскую общность, а османские силы безопасности не справлялись с возложенной на них задачей по пресечению вспышек насилия между разнообразными этническими и религиозными группировками. В 1897 году русский царь Николай II и австрийский император Франц-Иосиф заключили тайное соглашение о разделе османских Балкан. Спровоцированный ВМРО кровопролитный мятеж 1903 года вновь свел вместе русского царя и австрийского императора. Результатом их обсуждений (в ходе которых были приняты во внимание рекомендации Великобритании) стал ряд предложений, включавших в себя назначение русского и австрийского советника губернатору каждой из трех македонских провинций, передачу командования силами безопасности в Македонии европейцу, и комплектацию сил безопасности христианами и мусульманами пропорционально тому, какую часть от общей численности населения они составляли. Кроме того, на Россию и Австрию возлагалась ответственность за обеспечение спокойствия в назначенной для каждой из них части Македонии. Турки были вынуждены в целом принять эти предложения, но с помощью умелой дипломатии и всякого рода увиливаний сумели воспрепятствовать их реализации. В апреле 1905 года в Македонии имели место бунты, направленные против подушного налога и налога на домашний скот. По своим масштабам, эти бунты были сравнимы с аналогичными волнениями в Анатолии.