Толпа требовала головы высокопоставленных политиков, входивших в КЕП. Шейх-уль-исламу, который выступал в роли посредника, передали пять требований: уход в отставку великого визиря, военного министра и председателя парламента; смещение некоторых видных деятелей КЕП; полномасштабное применение исламского права; увольнение офицеров, которые были выпускниками военных академий, и восстановление в должностях тех, кто начинал карьеру с низших чинов; и обещание султана, что он не будет никого наказывать. Затем последовала стремительная развязка ситуации, в которой противоборствующие стороны оказались 13 апреля: правительство ушло в отставку, бунтовщики были помилованы, а султан пообещал уделять гораздо больше внимания исламскому праву. Некоторые историки считают этот контрпереворот делом рук Абдул-Хамида и его придворных, поскольку за «инцидентом 31 марта» явно стояли члены османской династии, среди которых был один из сыновей султана и один из его племянников, а также высокопоставленные придворные. Они же принимали участие и в планировании последствий контрпереворота.

КЕП быстро отреагировал на то, что он расценил как сделку между Абдул-Хамидом и бунтовщиками. Правительство действительно подало в отставку (хотя и под давлением), но действия султана были действиями самодержца, не связанного никакими статьями конституции и бросающего вызов парламенту. Спустя десять дней султан и его приближенные оказались изолированными во дворце Йыл-дыз, который был взят в осаду так называемой «армией действия». Это были войска, в основном входившие в состав главных сил Третьей армии. Во главе со своим командиром, Махмудом Шевкет-пашой, они спешно прибыли из Фессалоник. По словам Али Кевад-бея, к 27 апреля солдаты со штыками заполнили весь дворец, за исключением гарема, обитатели которого были изолированы и страдали от голода. Махмуд Шевкет уверял, что его войска пришли не для того, чтобы низложить султана, но на следующий день после горячей дискуссии в парламенте делегация депутатов, включавшая армянина Арама-эфенди, еврея Карасу-эфенди из Фессалоник и двух мусульман, Арифа Хикмет-пашу и Эсад-пашу, прибыла во дворец и объявила, что «народ» низложил султана. Попросив, чтобы ему разрешили удалиться во дворец Чыраган, Абдул-Хамид, который был не в состоянии признать, что он сам виновен в своем падении, повернулся к Али Кеваду и распек его за то, что тот присутствовал на церемонии принесения клятвы верности его брату, Решаду, который теперь стал султаном. Али Кевад сообщает о том, как он вытирал горькие слезы, когда уверял в своей преданности Абдул-Хамиду и государству. Али Кевад ожидал, что Абдул-Хамид переедет в Чыраган на следующий день, и был удивлен, когда той же ночью офицеры из окружения Махмуда Шевкета прибыли в Йылдыз и приказали сообщить султану о том, что он должен немедленно отбыть «ради его же собственной безопасности» в Фессалоники, где дислоцировалась Третья армия и находилась штаб-квартира КЕП. Абдул-Хамид с небольшой сумкой в руках и его ближайшее окружение (младший сын, Мехмед Абид-эфенди, пятый сын Абдурахим Хайри-эфенди и несколько наложниц) разместились в четырех экипажах и поехали на железнодорожный вокзал, откуда они отправились в изгнание. В прессе сообщалось, что на вокзале низложенный султан выпил стакан воды и наградил щедрыми чаевыми того человека, который принес ему воду. Огорченный неблагодарностью своего владыки, Али Кевад-бей наблюдал за тем, как они уезжали, а утром удалился в свой дом, находившийся в деревне Бебек, на берегу Босфора. В конституции не было предусмотрено низложение султана, и не признавался принцип народовластия, поэтому парламент не обладал исключительным правом санкционировать смещение султана. Руководители КЕП считали себя изъявителями воли народа по той причине, что именно их партия несла ответственность за восстановление конституции и за изменение государственного устройства после контрпереворота. Однако подобная точка зрения юридически ничем не подкреплялась. Но поскольку конституция провозгласила ислам государственной религией, его все еще можно было использовать для оправдания действий тех, кто управлял государством. Таким образом, решение низложить Абдул-Хамида получало законную силу, если это решение допускалось исламским правом, то есть фетвой шейх-уль-ислама. Делегация, которая отправилась в Йылдыз, чтобы сообщить султану о его низложении, располагала таким документом.

Если контрпереворот («Инцидент 31 марта») был почти бескровным, то кара, которую затем воздал за него КЕП, оказалась безжалостной. Среди почти восьмидесяти человек, сразу же отданных под трибунал и повешенных, было более пятидесяти солдат, два паши, и издатель газеты «Вулкан», Дервиш Вахдети, а также члены семейства Абдул-Хамида. Многие другие были заключены в тюрьмы, а простых солдат, которые приняли участие в мятеже, послали строить дороги на Балканах. «Инцидент 31 марта» получил резонанс в провинциях. Во время вспыхнувшего 13 апреля мятежа войск в Эрзинджане (вызванного слухами о том, что будет вновь введено исламское право), было разрушено местное отделение КЕП. В период между 14 и 16 апреля, в силу обстоятельств, которые до сих пор не вполне понятны, в Адане и в прилегающих к ней районах было совершено массовое убийство тысяч армян, а значительная часть города сожжена. В то время появились сообщения, в которых, ссылаясь на вполне надежные сведения, утверждалось, что сам султан распорядился произвести убийства и ликвидировать местное отделение КЕП, которое по-прежнему использовало идею «османизма» и рассчитывало на поддержку как мусульман, так и христиан, и что в этот регион были направлены агенты-провокаторы, которые подстрекали мусульманское население. Впрочем, в самом городе Адана мусульманские религиозные лидеры осудили бойню и выразили свою солидарность с армянской церковью.

Брат Абдул-Хамида, Решад, взошел на трон под именем Мехмеда V. Парламент признал, что османская конституция устарела, и в своем исправленном варианте, созданном летом 1909 года (с учетом тех испытаний, которым она подверглась во время недавних событий), конституция стала документом высшего приоритета. Властные полномочия султана официально были настолько ограничены, что теперь он мог только царствовать, а не править. Его функции в управлении государством теперь сводились к тому, что он только подтверждал решения, принятые парламентом или кабинетом министров. Это был весьма значительный отход от традиций прошлого. Благодаря «Инциденту 31 марта», на политической арене появилась такая сильная личность, как Махмуд Шевкет-паша, который теперь обладал значительной властью, так как являлся главным инспектором Первой, Второй и Третьей армий, дислоцированных в Стамбуле, Эдирне и Фессалониках соответственно. В сущности этот пост ставил его выше парламента и выше КЕП, инструментом которых он являлся во время руководимого ими низложения Абдул-Хамида. Недавно наделенный верховной властью парламент лишился ее еще до того, как был утвержден его состав. Причиной этого стало военное положение, введенное, когда Махмуд Шевкет шел маршем на Стамбул, чтобы низложить Абдул-Хамида и которое продолжало действовать в последующие годы.

Султан был отстранен от управления государством, и в последующие годы шла борьба за власть между новыми претендентами. Махмуд Шевкет-паша никогда не был членом КЕП и поэтому настаивал на том, чтобы армия оставалась вне политики: вскоре он обозначил свое намерение действовать, не взирая на конституционные ограничения. На выборах 1908 года КЕП получил большинство в парламенте, объединив своих кандидатов в единый блок под названием «Ассоциация за общественное благо». Однако грань отделявшая тех его членов, которые занимались исключительно политической деятельностью, от тех, кто принимал участие в военных акциях, была весьма размытой, как, впрочем, и грань, отделявшая официально признанных депутатов, получивших свои места благодаря попечительству КЕП, от «невидимок» из непарламентского подпольного комитета. Эти противоречия стали исчезать в 1909 году, когда комитет отказался от конспирации и стал официально зарегистрированной политической партией — партией единства и прогресса, которую также называли юнионистской партией.